糖基化依賴細(xì)胞粘附分子（GlyCAM-1）是粘液素（mucin）糖蛋白家族的成員,是乳腺細(xì)胞合成的一種乳脂球膜蛋白（MFGMPs）的重要組成部分。GlyCAM-1在乳腺發(fā)育和泌乳中發(fā)揮著重要作用,為探究該基因的序列特征、核苷酸序列變異和表達(dá)特征,以高泌乳量的小尾寒羊（泌乳高峰期和空懷期）和低泌乳量的甘肅高山細(xì)毛羊（泌乳高峰期）的乳腺組織為研究對(duì)象,利用克隆測(cè)序、RT-qPCR、生物信息學(xué)等方法克隆綿羊GlyCAM-1基因的編碼區(qū),分析GlyCAM-1的理化性質(zhì)和蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu),并檢測(cè)GlyCAM-1基因的組織表達(dá)特性。結(jié)果表明,綿羊的GlyCAM-1基因CDS區(qū)全長(zhǎng)465 bp,編碼154個(gè)氨基酸。測(cè)序結(jié)果表明,在該基因CDS區(qū)檢測(cè)到7個(gè)SNPs,其中2個(gè)為同義突變,5個(gè)為錯(cuò)義突變。GlyCAM-1二級(jí)結(jié)構(gòu)主要以α-螺旋和無規(guī)則卷曲為主,延伸鏈則散布于整個(gè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)中。String分析結(jié)果表明,GlyCAM-1蛋白與CD34、MadCAM-1都作為L(zhǎng)-選擇素（L-selectin）的配體發(fā)揮作用;RT-qPCR結(jié)果表明,GlyCAM-1基因表達(dá)具有組織特異性、品種特異性和時(shí)空特異性,乳腺、... 

【文章來源】：核農(nóng)學(xué)報(bào). 2020,34(08)北大核心CSCD

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【部分圖文】：

GlyCAM-1氨基酸序列的同源性分析

以小尾寒羊的乳腺cDNA為模板,用RT-PCR進(jìn)行擴(kuò)增,PCR產(chǎn)物用1.5%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)。結(jié)果表明,目的片段條帶(465 bp)跟預(yù)期結(jié)果一致(圖1)。測(cè)序后獲得該基因的完整CDS區(qū)序列,大小為465 bp,編碼154個(gè)氨基酸。序列已提交至GenBank,登錄號(hào)為MH917952.1。通過BLAST分析發(fā)現(xiàn),MH917952.1與山羊的GlyCAM-1具有較高的序列同源性(98.7%),與黃牛GlyCAM-1之間的同源性為88.96%。利用GenBank中山羊(Capra hircus)、野牦牛(Bos mutus)、黃牛(Bos taurus)、藏羚羊(Pantholops hodgsonii)、大鼠(Rattus norvegicus)、小鼠(Mus musculus)和人類(Homo sapiens)GlyCAM-1的氨基酸序列,結(jié)合本研究中獲得的MH917952.1構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹。由圖2可知,MH917952.1首先與山羊的GlyCAM-1序列聚到一支,然后與藏羚羊、野牦牛和黃牛的序列聚到一起,說明獲得的MH917952.1為綿羊的GlyCAM-1序列。

綿羊GlyCAM-1蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu)由76個(gè)α-螺旋(helix)(49.35%)、73個(gè)無規(guī)則卷曲(coil)(47.40%)和5個(gè)延伸鏈(extended strand)(3.25%)組成。磷酸化位點(diǎn)檢測(cè)結(jié)果表明,該蛋白功能區(qū)域富含絲氨酸(16個(gè))和蘇氨酸(10個(gè))磷酸化位點(diǎn)。GO功能注釋結(jié)果表明,GlyCAM-1基因主要注釋到蛋白質(zhì)結(jié)合、離子結(jié)合及細(xì)胞粘附等生物學(xué)過程中。KEGG分析結(jié)果表明,GlyCAM-1基因注釋到細(xì)胞粘附分子代謝通路中。String分析結(jié)果表明,GlyCAM-1同催乳素(prolactin,PRL)蛋白、粘膜血管貼壁細(xì)胞黏附分子1(mucosal vascular addressing cell adhesion molecule 1,MadCAM-1)、CD34和L-選擇素(L-selectin)具有直接的聯(lián)系(圖3)。2.3 GlyCAM-1基因核苷酸序列變異特征分析

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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碩士論文
[1]整聯(lián)蛋白alpha6、beta4介導(dǎo)層黏連蛋白作用調(diào)控乳腺上皮細(xì)胞[D]. 劉暢.東北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012



本文編號(hào)：3605624