五指山近交系小型豬骨髓和臍帶間充質(zhì)干細胞的全基因組甲基化和轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析
發(fā)布時間:2022-01-20 11:04
不同組織來源的間充質(zhì)干細胞(mesenchymal stem cells, MSCs)由于其所處的微環(huán)境不同,它們的生物學(xué)功能也存在著一定的差異。由于人類的MSCs來源有限,因此動物來源的MSCs在細胞治療中的潛在價值受到了科研人員的重視。而豬MSCs來源豐富,并與人的MSCs相似,使得MSCs在應(yīng)用于人類治療之前,可以先用豬源的MSCs作為模型進行臨床之前的初步研究。近交系小型豬個體相似性高,其MSCs體系更穩(wěn)定,有利于建立可靠的、標(biāo)準(zhǔn)的體外評價體系。本研究利用組織貼壁法分離培養(yǎng)了五指山近交系小型豬(Wuzhishan pig, WZSP)的骨髓MSCs (bone marrow MSCs, BMMSCs);和臍帶MSCs (umbilical cord MSCs, UCMSCs),并通過細胞表面抗原測定及成骨、成脂分化誘導(dǎo)等方法對所獲得的細胞進行鑒定;通過免疫富集DNA甲基化測序(Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing, MeDIP-Seq)和轉(zhuǎn)錄組測序(RNA-seq),構(gòu)建了其全基因組甲基化和轉(zhuǎn)錄組圖譜并分析兩者的關(guān)系,分析不...
【文章來源】:中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京市
【文章頁數(shù)】:84 頁
【學(xué)位級別】:博士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
第一章 文獻綜述
1.1 MSCs的研究進展
1.1.1 MSCs的生物學(xué)特性
1.1.2 MSCs的臨床應(yīng)用
1.1.3 骨髓間充質(zhì)干細胞(bone marrow MSCs,BMMSCs)和臍帶間充質(zhì)干細胞(umbilical cord MSCs,UCMSCs)
1.2 DNA甲基化研究進展
1.2.1 全基因組甲基化分析的方法
1.3 RNA-seq研究進展
1.3.1 轉(zhuǎn)錄組學(xué)的主要研究方法
1.3.2 RNA-Seq技術(shù)的應(yīng)用
1.4 五指山小型豬近交系(Wuzhishan pig,WZSP)簡介
1.5 本研究的目的及意義
第二章 WZSP MSCs的分離、培養(yǎng)與鑒定
2.1 試驗材料
2.1.1 實驗動物及樣品采集
2.1.2 主要儀器和設(shè)備
2.1.3 主要試劑、耗材及溶液配制
2.2 試驗方法
2.2.1 WZSP MSCs的原代分離、培養(yǎng)與鑒定
2.3 結(jié)果與分析
2.3.1 WZSP MSCs分離、純化及形態(tài)學(xué)觀察
2.3.2 豬UCMSCs和BMMSCs的鑒定
2.3.3 豬UCMSCs和BMMSCs的成骨成脂分化
2.4 討論
第三章 WZSP MSCs的全基因組甲基化、轉(zhuǎn)錄組測序及其聯(lián)合分析
3.1 試驗材料
3.1.1 實驗動物及樣品采集
3.1.2 主要儀器和設(shè)備
3.1.3 主要試劑和耗材
3.2 試驗方法
3.2.1 基因組DNA的提取
3.2.2 MeDIP-seq文庫構(gòu)建及前期數(shù)據(jù)處理
3.2.3 總RNA的提取
3.2.4 RNA-seq文庫構(gòu)建
3.2.5 Gene Ontology和KEGG pathway分析
3.2.6 反轉(zhuǎn)錄
3.2.7 RT-qPCR
3.2.8 Sequenom mass ARRAY(?)的甲基化驗證
3.2.9 遷移能力檢測
3.3 結(jié)果與分析
3.3.1 BMMSCs和UCMSCs的全基因組甲基化情況
3.3.2 BMMSCs和UCMSCs的全基因組轉(zhuǎn)錄組情況
3.3.3 BMMSCs和UCMSCs的全基因組甲基化和轉(zhuǎn)錄組的聯(lián)合分析
3.4 討論
第四章 全文總結(jié)
4.1 本研究的主要結(jié)論和創(chuàng)新點
4.2 本研究的不足之處和下一步的計劃
致謝
參考文獻
個人簡歷
附錄
【參考文獻】:
期刊論文
[1]表觀遺傳、環(huán)境與疾病[J]. 師明磊,趙志虎. 中國醫(yī)藥生物技術(shù). 2013(05)
[2]全基因組DNA甲基化圖譜及其在動物遺傳育種中的研究進展[J]. 趙敬賢,張路培,高會江,李俊雅,許尚忠,高雪. 生物技術(shù)通報. 2013(09)
[3]間充質(zhì)干細胞研究進展[J]. 李忠俊,相麗欣,葉興德. 中國輸血雜志. 2013(04)
[4]轉(zhuǎn)染isl1基因促進骨髓間充質(zhì)干細胞向心肌樣細胞分化[J]. 李杏肖,李曉紅,林秋雄,肖定璋,劉曉穎,單志新,朱杰寧,麥麗萍,夏慧蘇,余細勇. 中國病理生理雜志. 2012(01)
[5]轉(zhuǎn)錄組研究新技術(shù):RNA-Seq及其應(yīng)用[J]. 祁云霞,劉永斌,榮威恒. 遺傳. 2011(11)
[6]DNA甲基化的生物學(xué)應(yīng)用及檢測方法進展[J]. 武立鵬,朱衛(wèi)國. 中華檢驗醫(yī)學(xué)雜志. 2004(07)
博士論文
[1]小鼠骨髓間充質(zhì)干細胞亞群向心肌樣細胞分化實驗研究[D]. 賀繼剛.蘇州大學(xué) 2013
碩士論文
[1]Vimentin影響五指山小型豬間充質(zhì)干細胞遷移的研究[D]. 何微.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2013
本文編號:3598708
【文章來源】:中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京市
【文章頁數(shù)】:84 頁
【學(xué)位級別】:博士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
第一章 文獻綜述
1.1 MSCs的研究進展
1.1.1 MSCs的生物學(xué)特性
1.1.2 MSCs的臨床應(yīng)用
1.1.3 骨髓間充質(zhì)干細胞(bone marrow MSCs,BMMSCs)和臍帶間充質(zhì)干細胞(umbilical cord MSCs,UCMSCs)
1.2 DNA甲基化研究進展
1.2.1 全基因組甲基化分析的方法
1.3 RNA-seq研究進展
1.3.1 轉(zhuǎn)錄組學(xué)的主要研究方法
1.3.2 RNA-Seq技術(shù)的應(yīng)用
1.4 五指山小型豬近交系(Wuzhishan pig,WZSP)簡介
1.5 本研究的目的及意義
第二章 WZSP MSCs的分離、培養(yǎng)與鑒定
2.1 試驗材料
2.1.1 實驗動物及樣品采集
2.1.2 主要儀器和設(shè)備
2.1.3 主要試劑、耗材及溶液配制
2.2 試驗方法
2.2.1 WZSP MSCs的原代分離、培養(yǎng)與鑒定
2.3 結(jié)果與分析
2.3.1 WZSP MSCs分離、純化及形態(tài)學(xué)觀察
2.3.2 豬UCMSCs和BMMSCs的鑒定
2.3.3 豬UCMSCs和BMMSCs的成骨成脂分化
2.4 討論
第三章 WZSP MSCs的全基因組甲基化、轉(zhuǎn)錄組測序及其聯(lián)合分析
3.1 試驗材料
3.1.1 實驗動物及樣品采集
3.1.2 主要儀器和設(shè)備
3.1.3 主要試劑和耗材
3.2 試驗方法
3.2.1 基因組DNA的提取
3.2.2 MeDIP-seq文庫構(gòu)建及前期數(shù)據(jù)處理
3.2.3 總RNA的提取
3.2.4 RNA-seq文庫構(gòu)建
3.2.5 Gene Ontology和KEGG pathway分析
3.2.6 反轉(zhuǎn)錄
3.2.7 RT-qPCR
3.2.8 Sequenom mass ARRAY(?)的甲基化驗證
3.2.9 遷移能力檢測
3.3 結(jié)果與分析
3.3.1 BMMSCs和UCMSCs的全基因組甲基化情況
3.3.2 BMMSCs和UCMSCs的全基因組轉(zhuǎn)錄組情況
3.3.3 BMMSCs和UCMSCs的全基因組甲基化和轉(zhuǎn)錄組的聯(lián)合分析
3.4 討論
第四章 全文總結(jié)
4.1 本研究的主要結(jié)論和創(chuàng)新點
4.2 本研究的不足之處和下一步的計劃
致謝
參考文獻
個人簡歷
附錄
【參考文獻】:
期刊論文
[1]表觀遺傳、環(huán)境與疾病[J]. 師明磊,趙志虎. 中國醫(yī)藥生物技術(shù). 2013(05)
[2]全基因組DNA甲基化圖譜及其在動物遺傳育種中的研究進展[J]. 趙敬賢,張路培,高會江,李俊雅,許尚忠,高雪. 生物技術(shù)通報. 2013(09)
[3]間充質(zhì)干細胞研究進展[J]. 李忠俊,相麗欣,葉興德. 中國輸血雜志. 2013(04)
[4]轉(zhuǎn)染isl1基因促進骨髓間充質(zhì)干細胞向心肌樣細胞分化[J]. 李杏肖,李曉紅,林秋雄,肖定璋,劉曉穎,單志新,朱杰寧,麥麗萍,夏慧蘇,余細勇. 中國病理生理雜志. 2012(01)
[5]轉(zhuǎn)錄組研究新技術(shù):RNA-Seq及其應(yīng)用[J]. 祁云霞,劉永斌,榮威恒. 遺傳. 2011(11)
[6]DNA甲基化的生物學(xué)應(yīng)用及檢測方法進展[J]. 武立鵬,朱衛(wèi)國. 中華檢驗醫(yī)學(xué)雜志. 2004(07)
博士論文
[1]小鼠骨髓間充質(zhì)干細胞亞群向心肌樣細胞分化實驗研究[D]. 賀繼剛.蘇州大學(xué) 2013
碩士論文
[1]Vimentin影響五指山小型豬間充質(zhì)干細胞遷移的研究[D]. 何微.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2013
本文編號:3598708
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