發(fā)布時(shí)間：2022-01-16 04:37

　　番鴨是優(yōu)良的瘦肉型肉鴨,但由于就巢性強(qiáng),繁殖力低的原因在一定程度上影響了它的養(yǎng)殖效益。轉(zhuǎn)錄組深度測序技術(shù)（RNA-Seq）是最近發(fā)展起來的利用深度測序技術(shù)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析的技術(shù),這為深入研究禽類繁殖相關(guān)基因提供了一個(gè)更高的平臺。本研究以就巢期和產(chǎn)蛋期的番鴨為材料,利用Illumina HiSeqTM2500對下丘腦、垂體、卵巢三種組織的混合樣品進(jìn)行RNA-seq測序。得到如下結(jié)論：1.通過對構(gòu)建的2個(gè)cDNA文庫進(jìn)行測序,每個(gè)文庫獲得超過2百萬條高質(zhì)量的序列信息,共得到約10.87 Gb的數(shù)據(jù)量。獲得了總長度約為8752.11Mb,平均長度為202 bp的序列。每個(gè)樣本均有50%以上的序列可以比對到參考基因組上。2.對基因的表達(dá)量分析后發(fā)現(xiàn)：就巢狀態(tài)與產(chǎn)蛋狀態(tài)下的差異表達(dá)基因有1459個(gè),上調(diào)表達(dá)635個(gè),下調(diào)表達(dá)824個(gè)。與公共數(shù)據(jù)庫NR、Swiss-Pro、KEGG、COG、和GO的Blast比對,1382個(gè)差異表達(dá)轉(zhuǎn)錄本得到功能注釋,占總數(shù)的94.72%。其中1382個(gè)Unigene與NR數(shù)據(jù)庫有同源比對信息,439個(gè)Unigene能夠注釋到COG的25個(gè)功能類別上,1308個(gè)Un... 

【文章來源】：福建農(nóng)林大學(xué)福建省

【文章頁數(shù)】：83 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 緒論
    1 家禽就巢機(jī)制和產(chǎn)蛋性能研究進(jìn)展
        1.1 家禽就巢和產(chǎn)蛋內(nèi)分泌機(jī)理
        1.2 家禽就巢和產(chǎn)蛋的分子水平研究
    2 轉(zhuǎn)錄組及測序技術(shù)進(jìn)展
        2.1 轉(zhuǎn)錄組和轉(zhuǎn)錄組學(xué)
        2.2 基因測序技術(shù)
            2.2.1 第一代測序技術(shù)
            2.2.2 第二代測序技術(shù)
            2.2.3 第三代測序技術(shù)
        2.3 RNA-seq技術(shù)
            2.3.1 RNA-seq技術(shù)的優(yōu)勢
            2.3.2 RNA-seq技術(shù)的流程
        2.4 高通量測序技術(shù)在畜禽領(lǐng)域的應(yīng)用
    3 本課題研究的目的及意義
第二章 就巢期與產(chǎn)蛋期番鴨組織RNA-seq
    1 引言
    2 試驗(yàn)材料與方法
        2.1 試驗(yàn)材料
        2.2 主要儀器
        2.3 試驗(yàn)方法
            2.3.1 樣品RNA的提取
            2.3.2 RNA樣品的檢測
            2.3.3 cDNA文庫的制備
            2.3.4 Illumina HiSeq~(TM) 2500測序
            2.3.5 原始數(shù)據(jù)的處理與初步分析
            2.3.6 測序數(shù)據(jù)的深度分析
    3. 結(jié)果與分析
        3.1 RNA的質(zhì)量檢測
        3.2 原始數(shù)據(jù)的處理與初步分析
            3.2.1 測序質(zhì)量值分布檢查
            3.2.2 堿基分布檢查
            3.2.3 測序產(chǎn)量統(tǒng)計(jì)與評估
            3.2.4 測序數(shù)據(jù)與參考基因組的比對及隨機(jī)性評估
        3.3 基因表達(dá)分析
            3.3.1 基因表達(dá)定量
            3.3.2 不同樣品表達(dá)量比對
        3.4 差異表達(dá)分析
            3.4.1 差異表達(dá)篩選
            3.4.2 差異表達(dá)基因統(tǒng)計(jì)
            3.4.3 差異表達(dá)基因聚類分析
        3.5 基因功能注釋
            3.5.1 差異表達(dá)轉(zhuǎn)錄本注釋
            3.5.2 差異表達(dá)轉(zhuǎn)錄本的COG注釋
            3.5.3 差異表達(dá)轉(zhuǎn)錄本GO功能注釋及分類統(tǒng)計(jì)
            3.5.4 差異表達(dá)轉(zhuǎn)錄本GO富集層次分析
            3.5.5 差異表達(dá)轉(zhuǎn)錄本的KEGG Pathway分析
        3.6 可變剪接事件統(tǒng)計(jì)與分析
            3.6.1 外顯子跳躍
            3.6.2 內(nèi)含子保留
            3.6.3 第一個(gè)外顯子可變剪接
            3.6.4 最后一個(gè)外顯子可變剪接
            3.6.5 5’端可變剪接
            3.6.6 3’端可變剪接
        3.7 基因結(jié)構(gòu)的優(yōu)化與新基因的統(tǒng)計(jì)和功能注釋
            3.7.1 基因結(jié)構(gòu)優(yōu)化的結(jié)果
            3.7.2 新基因的統(tǒng)計(jì)
            3.7.3 新基因的功能注釋
        3.8 SNP分析
    4 討論
總結(jié)與展望
    1. 總結(jié)
    2. 展望
參考文獻(xiàn)
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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碩士論文
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本文編號：3591950