為研究牛源多殺性巴氏桿菌（Pasteurella multocida,Pm）Oma87基因的分子特征及同源性,本研究對莢膜血清A型（capsular serotype A,Pm8）Oma87基因進行擴增、克隆和測序,利用在線軟件對其進行分子特征、抗原性及遺傳進化分析。結(jié)果顯示,Oma87基因全長為2 376 bp,編碼791個氨基酸;氨基酸序列分析發(fā)現(xiàn),該蛋白為酸性的親水性蛋白,穩(wěn)定性高,具有信號肽結(jié)構(gòu)但不存在跨膜區(qū)域;二、三級結(jié)構(gòu)分析發(fā)現(xiàn),該蛋白為無規(guī)則卷曲及多段延伸鏈所形成的"N"字型三維立體結(jié)構(gòu)。遺傳進化分析顯示,新疆分離株P(guān)m8 Oma87基因與其他不同地域的牛源A型Pm和部分豬源A型Pm的同源性較近,與其他型Pm的同源性較遠;通過VaxiJen軟件分析發(fā)現(xiàn),Oma87蛋白的保護性抗原的總體預(yù)測值為0.5478,高于正常閾值0.4,證明Oma87蛋白可作為免疫原性蛋白,為進一步研究Oma87蛋白奠定了理論基礎(chǔ)。 

【文章來源】：中國畜牧獸醫(yī). 2020,47(07)北大核心

【文章頁數(shù)】：7 頁

【部分圖文】：

Oma87基因PCR擴增結(jié)果

將測序結(jié)果與GenBank 基因庫參考序列進行同源性比對,本研究測得的牛源A型Pm8的Oma87基因與美國牛源A型Pm(USDA-ARS-USMARC-59962、USDA-ARS-USMARC-60381)、德國牛源A型Pm 36950以及中國豬源A型Pm(BS168、HB03)、美國豬源A型Pm標準菌株ATCC43137的Oma87基因序列同源性為100%;與緬甸、印度、伊朗和馬來西亞牛源B型Pm(標準菌株NCTC10323、p52、Pm0001和PMX)的Oma87基因序列同源性為98.82%～99.12%;與中國山羊源A型Pm NH01、印度綿羊源D型Pm CSWRI/AH/PmD16的Oma87基因序列同源性為98.53%;與美國、德國和荷蘭的人源Pm的Oma87基因序列同源性為95.58%～95.66%。系統(tǒng)進化樹分析結(jié)果表明,中國新疆牛源A型Pm的Oma87基因序列與其他牛源A型Pm的Oma87基因相同,與部分豬源A型Pm的Oma87基因相同;與牛源B型Pm的Oma87序列不同,同源性大約為99%;與人源Pm Oma87基因的親緣關(guān)系較遠,同源性約為95.6%(圖6)。圖3 Oma87蛋白二級結(jié)構(gòu)預(yù)測

Oma87蛋白二級結(jié)構(gòu)預(yù)測

【參考文獻】：
期刊論文
[1]羊源多殺性巴氏桿菌ompW基因的克隆及生物信息學(xué)分析[J]. 李寶寶,張振興,黃海峰,張萌萌,鄭義盈,王成強,章瀘尹,安琪,楊小健,聶鑫,曹瑞勇,朱姝,王鳳陽,杜麗.  中國畜牧獸醫(yī). 2019(01)



本文編號：3572115