母雞的卵泡發(fā)育受多種激素的調(diào)控,是雞產(chǎn)蛋性狀的分子生物學(xué)基礎(chǔ)。在產(chǎn)蛋高峰期的母雞卵巢中,8-13個直徑為6-8mm的小黃卵泡中有一個經(jīng)選擇進(jìn)入等級卵泡階段,快速生長發(fā)育直至排卵,即為卵泡選擇。卵泡選擇是維持正常產(chǎn)蛋的關(guān)鍵過程,目前已有研究證明多種激素、生長因子及其受體參與卵泡選擇,調(diào)控卵泡的發(fā)育。對雞卵泡選擇分子機(jī)制的研究,有助于鑒定雞及其它家禽產(chǎn)蛋性狀的關(guān)鍵基因,為提高雞的產(chǎn)蛋和繁殖性能提供理論依據(jù)。為了進(jìn)一步揭示雞卵泡選擇的分子機(jī)制,本研究對等級前卵泡（6-8mm小黃卵泡,S）和剛進(jìn)入等級發(fā)育的卵泡（12-15mm卵泡,一般為F6,F）進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組、蛋白質(zhì)組和磷酸化蛋白質(zhì)組的測序和生物信息學(xué)分析,鑒定出兩個發(fā)育時期卵泡的差異表達(dá)基因、蛋白和蛋白磷酸化位點,進(jìn)一步分析了影響卵泡選擇的基因和蛋白質(zhì),以及在雞卵泡選擇過程的作用機(jī)制。結(jié)果如下:（1）雞小黃卵泡與F6卵泡的轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析。轉(zhuǎn)錄組測序共檢測到20,679個表達(dá)基因,以|log2（FoldChange）|>1和padj<0.05為篩選差異基因的標(biāo)準(zhǔn),共篩選到差異表達(dá)基因855個,其中上調(diào)基因202個,下調(diào)基因653個。... 

【文章來源】：山東農(nóng)業(yè)大學(xué)山東省

【文章頁數(shù)】：108 頁

【學(xué)位級別】：博士

【部分圖文】：

產(chǎn)蛋雞腹腔中發(fā)育不同時期的各級卵泡（Wangetal.,2017）

采用轉(zhuǎn)錄組、蛋白質(zhì)組和磷酸化蛋白質(zhì)組方法分析雞卵泡選擇的分子機(jī)制22（6）在沉淀中加入1mL70%乙醇，輕輕振蕩讓沉淀飄起，4℃7500×g離心5min，洗滌RNA，棄掉乙醇。（7）將離心管蓋打開，室溫晾干后，加入50μL無RNA酶水溶解，-80℃冰箱保存。（8）RNA質(zhì)量及濃度檢測：用紫外分光光度計檢測A260/A280、A260/A230的值，并用電泳檢測RNA的質(zhì)量和濃度。2.2.1.2轉(zhuǎn)錄組文庫構(gòu)建與測序轉(zhuǎn)錄組文庫的構(gòu)建由北京諾禾致源生物信息科技有限公司（Novogene，Beijing）完成。利用Illumina的NEBNextUltraTMRNALibraryPrepKit。通過Oligo(dT)磁珠富集帶有polyA尾的mRNA，合成cDNA片段，經(jīng)過末端修復(fù)和純化連接，用AMPureXPbeads篩選篩選250-300bp左右的cDNA，獲得文庫質(zhì)檢合格后進(jìn)行Illumina測序。本研究中轉(zhuǎn)錄組建庫測序流程如下：圖2-1轉(zhuǎn)錄組測序流程（北京諾禾致源）Fig.2-1TheworkflowofRNA-seq（Novogene）2.2.1.3信息分析流程去除測序獲得的原始數(shù)據(jù)中質(zhì)量低的reads，獲得后續(xù)分析是用的cleanreads。測序質(zhì)量利用Q20（測序錯誤率1%堿基數(shù)目比）和Q30（測序錯誤率0.1%的堿基數(shù)目比）衡量，并對cleanreads序列與參考序列進(jìn)行比對。隨后進(jìn)行定量，差異顯著性分析，功

山東農(nóng)業(yè)大學(xué)博士學(xué)位論文23能富集等分析。信息分析流程如圖2-2所示。測序獲得的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)上傳到NCBISequenceReadArchive（SRA,https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/），登陸號為SRP236909。圖2-2轉(zhuǎn)錄組生物信息分析流程圖Fig.2-2Theworkflowoftranscriptionalbioinformaticsanalysis2.2.1.4測序數(shù)據(jù)注釋使用HISAT2v2.0.5軟件（Mortazavietal.,2008）將CleanReads與參考基因組雞（Gallusgallus）進(jìn)行快速精確的比對，獲取Reads在參考基因組上的定位信息，并將比對上的reads進(jìn)行分類注釋。2.2.1.5基因表達(dá)分析使用subread軟件中的featureCounts工具（Liaoetal.,2014），根據(jù)基因比對在參考基因組上的位置信息，分別過濾掉比對質(zhì)量值低于10的reads、非成對比對上的reads和比對到基因組多個區(qū)域的reads，從而統(tǒng)計每個基因從起始到終止范圍內(nèi)覆蓋的reads數(shù)目。FPKM（FragmentsPerKilobaseoftranscriptperMillionfragmentsmapped）指每百萬堿基對測序的轉(zhuǎn)錄本序列片段的每千堿基片段的預(yù)期數(shù)量，作為衡量轉(zhuǎn)錄本或基因表達(dá)水平的指標(biāo)（Trapnelletal.,2010）。對樣品進(jìn)行重復(fù)性驗證。用皮爾遜相關(guān)系數(shù)的平方(R2)來反映兩個變量線性相關(guān)程度,其絕對值越大，表示相關(guān)性越強(qiáng)。據(jù)各樣本所有基因的FPKM值計算組內(nèi)及組間樣

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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碩士論文
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本文編號：3561134