旨在克隆民豬hnRNPUL1基因全長(zhǎng)編碼區(qū)（complete coding sequence, CDS）序列并進(jìn)行可變剪接分析,研究其組織表達(dá)和亞細(xì)胞定位情況。本研究以3頭3月齡民豬為試驗(yàn)材料,利用RT-PCR技術(shù)克隆hnRNPUL1基因CDS及可變剪接體,應(yīng)用qRT-PCR檢測(cè)其在心、肝、脾、肺、腎、胃、大腸、小腸、背肌、腿肌等組織中的表達(dá)情況,同時(shí),在生物信息學(xué)預(yù)測(cè)的基礎(chǔ)上,通過(guò)融合表達(dá)綠色熒光蛋白的方法鑒定核定位序列。研究結(jié)果表明,豬hnRNPUL1基因（GenBank accession No.:MN399154） CDS全長(zhǎng)2 580 bp,預(yù)期編碼的多肽鏈存在著hnRNPs家族的特征性結(jié)構(gòu)域——SAP、SPRY和AAA;豬hnRNPUL1普遍表達(dá)于所檢測(cè)的各組織中,其中在脾臟中表達(dá)量最高,在腿肌中表達(dá)量最低;核定位序列（NLS）位于多肽鏈的133～430 aa處,與生物學(xué)信息學(xué)預(yù)測(cè)的結(jié)果存在著偏差;同時(shí)獲得了2個(gè)變異剪接體和11種可變剪接片段。本研究結(jié)果對(duì)進(jìn)一步揭示豬hnRNPUL1基因功能及轉(zhuǎn)錄調(diào)控機(jī)制提供了基礎(chǔ)。 

【文章來(lái)源】：畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2020,51(03)北大核心CSCD

【文章頁(yè)數(shù)】：9 頁(yè)

【部分圖文】：

豬hnRNPUL1核苷酸序列

豬hnRNPUL1組織表達(dá)譜

通過(guò)RT-PCR和克隆、測(cè)序獲得了豬hnRNPUL1的全長(zhǎng)編碼區(qū)序列,長(zhǎng)度為2 580 bp(圖1、圖2),預(yù)期編碼859個(gè)氨基酸殘基的多肽鏈,分子量為98.06 ku,等電點(diǎn)為8.26,平均親水性為-0.986(親水性)。其與人(NP_008971.2)、鼠(NP_659171.1)、牛(NP_001076935.1)hnRNPUL1蛋白的同源性分別為96.97%、89.56%、95.47%。利用SMART程序預(yù)測(cè),發(fā)現(xiàn)其存在著SAP、SPRY和AAA結(jié)構(gòu)域,分別位于多肽鏈的3～37、257～390和426～571 aa處。通過(guò)BLAT程序(https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat)分析,確定其含有15個(gè)外顯子。利用核定位序列預(yù)測(cè)軟件發(fā)現(xiàn),在多肽鏈的2～30和498～507 aa處存在2個(gè)核定位序列(nuclear location sequence, NLS)。將該序列已經(jīng)提交到GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)得到序列登錄號(hào):MN399154。圖2 豬hnRNPUL1核苷酸序列

【參考文獻(xiàn)】：
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