H5N1亞型高致病性禽流感（HPAIV）在過去十幾年的爆發(fā)和流行為養(yǎng)禽業(yè)和公共衛(wèi)生造成了巨大的威脅。雞和鴨對H5N1亞型禽流感的易感性表現(xiàn)出巨大的差異，雞感染后死亡率極高，而鴨作為禽流感病毒的自然儲存宿主僅僅表現(xiàn)出微弱的癥狀或沒有癥狀。大量的研究多集中在流感病毒的演化、宿主適應(yīng)性和疫苗研制，很少有研究關(guān)注著兩個物種不同易感性的機制。我們的研究總體上分為兩部分：研究感染禽流感后雞和鴨免疫器官miRNA的表達差異和T細胞受體基因的差異。（1）應(yīng)用高通量測序技術(shù)和生物信息學(xué)方法，我們分析了雞和鴨感染HPAIV后脾臟、胸腺和法氏囊的miRNA。首先，使用miRDeep程序包，我們對鴨miRNA進行了注釋，分別得到了486個和262個雞和鴨成熟miRNA，這262個鴨miRNA屬于83個miRNA家族（miRBase中128個雞的miRNA家族）。其次，比較了雞和鴨免疫器官miRNA的表達差異，結(jié)果表明，雞和鴨免疫器官的保守miRNA的表達水平有較大的差異，而且這種差異具有組織特異性。第三，對雞和鴨所有組織miRNA相對表達量進行了聚類和相關(guān)分析，結(jié)果表明，雞感染HPAIV后免疫器官差異表達的m... 

【文章來源】：吉林大學(xué)吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：134 頁

【學(xué)位級別】：博士

【部分圖文】：

總RNA電泳圖（部分樣品）

圖 1.3 所有樣本數(shù)據(jù)中 miRNA 的 read 數(shù)的比例，miRNA 比例的范圍 42.05%-94.12%（中位數(shù) 88.71%）。Figure 1.3 Percentage of miRNA reads in all libraries. miRNAs account for 42.05% to94.12% of sequencing reads (median 88.71%).1.2.3 雞和鴨 miRNA 的注釋1.2.3.1 基于保守性預(yù)測鴨 miRNA由于 miRBase (version 20) 沒有收錄鴨 miRNA，我們在分析鴨 miRNA 的表達之前，需首先對鴨的基因組進行注釋。一般注釋 miRNA 的方法有三種：miRNA克隆測序、基于演化保守性的生物信息學(xué)預(yù)測和高通量測序結(jié)合生物信息學(xué)分析。從NCBI下載鴨的基因組scaffolds，從miRBase (v20) 下載所有物種的miRNA發(fā)夾序列，選擇所有非脊椎動物和脊椎動物的序列，應(yīng)用 BLAST 2.2.29+獨立程序，將 miRNA 發(fā)夾序列比對到鴨基因組。我們保留 identiy >80%和 e-value<10-5[170]

圖 1.4 miRDeep2 預(yù)測的 apla-mir-363 圖示，左上方顯示的是 miRDeep2 得分及成熟 miRNA、環(huán)和 star 臂的 read 數(shù)，右上方是 miRNA 二級結(jié)構(gòu)，下方是比對到前體序列的 read 分布。miRBase 中沒有 mir-363，我們在雞和鴨所有的樣本中都檢測到 mir-363。Figure 1.4 A graphic illustration of apla-mir-363 predicted by miRDeep2. The upperleft table shows the miRDeep2 Scores and reads count for the mature, loop and stararms. The upper right is the structure. The lower part is the distribution of readsmapped to the precursor sequence. Chicken mir-363 was absent from miRBase. Weidentified existence of both chicken and duck mir-363 in all the libraries.38


本文編號：3560009