【目的】miRNA作為一類非編碼RNA,廣泛參與機體多種生命活動,研究旨在挖掘miRNA在藏黃牛和宣漢黃牛心臟組織中的差異miRNA,為進(jìn)一步研究藏黃牛低氧適應(yīng)的分子機制提供基礎(chǔ)數(shù)據(jù)�！痉椒ā侩S機選取健康的藏黃牛和宣漢黃牛各3頭,迅速采集其心臟組織,使用Trizol法提取RNA,瓊脂糖凝膠電泳切膠選取18—30nt的片段,連接3’端和5’端,反轉(zhuǎn)錄后進(jìn)行擴增,凝膠電泳切膠純化后建立藏黃牛和黃牛各3個文庫,利用Illumina HiSeq4000測序平臺進(jìn)行高通量測序;將測序得到的序列進(jìn)行過濾,比對GenBank和Rfam數(shù)據(jù)庫,篩選出藏黃牛和宣漢黃牛的差異miRNA,進(jìn)行功能注釋及信號通路富集分析;隨機選擇8個miRNAs,利用實時熒光定量PCR檢測其在心臟組織的表達(dá)量,以驗證測序數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性�！窘Y(jié)果】藏黃牛和宣漢黃牛心臟組織的高質(zhì)量讀值的序列分別為17 463 446條和13 662 812條,干凈讀值為16 552 296條和12 055 304條,且在藏黃牛和宣漢黃牛中高質(zhì)量核酸序列長度富集最多的均是21nt,分別為37.5%和32.1%;且共篩選出219個差異miRNAs,其中... 

【文章來源】：中國農(nóng)業(yè)科學(xué). 2020,53(08)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：11 頁

【部分圖文】：

藏黃牛和宣漢黃牛miRNA的長度分布及頻率百分比

圖1 藏黃牛和宣漢黃牛miRNA的長度分布及頻率百分比KEGG Pathway富集分析結(jié)果表明，差異表達(dá)mi RNAs靶基因顯著富集到MAPK信號通路、m TOR信號通路、軸突導(dǎo)向和胰島素信號通路等信號通路，圖4為其中20條信號通路；在低氧適應(yīng)相關(guān)通路中發(fā)現(xiàn)胰島素信號通路涉及差異表達(dá)miRNAs的靶基因135個，m TOR信號通路涉及差異表達(dá)mi RNAs的靶基因38個，HIF-1信號通路涉及差異表達(dá)mi RNAs的靶基因65個，且有12個靶基因（PIK3C、PIK3R、RP-S6e、EIF4E、MAPK1-3、AKT、RPS6KB、IGF1、mTOR、EIF4EBP1、HIF1A、PRKCG）共同參與胰島素信號通路、HIF-1信號通路和m TOR信號通路（表5）。

KEGG Pathway富集分析結(jié)果表明，差異表達(dá)mi RNAs靶基因顯著富集到MAPK信號通路、m TOR信號通路、軸突導(dǎo)向和胰島素信號通路等信號通路，圖4為其中20條信號通路；在低氧適應(yīng)相關(guān)通路中發(fā)現(xiàn)胰島素信號通路涉及差異表達(dá)miRNAs的靶基因135個，m TOR信號通路涉及差異表達(dá)mi RNAs的靶基因38個，HIF-1信號通路涉及差異表達(dá)mi RNAs的靶基因65個，且有12個靶基因（PIK3C、PIK3R、RP-S6e、EIF4E、MAPK1-3、AKT、RPS6KB、IGF1、mTOR、EIF4EBP1、HIF1A、PRKCG）共同參與胰島素信號通路、HIF-1信號通路和m TOR信號通路（表5）。2.4 RT-qPCR驗證

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]哺乳動物雷帕霉素靶蛋白信號通路在心臟發(fā)育和重構(gòu)中作用的研究進(jìn)展[J]. 劉杰,李景東.  心血管病學(xué)進(jìn)展. 2018(06)
[2]miR-499對缺氧/復(fù)氧誘導(dǎo)的心肌細(xì)胞凋亡的影響[J]. 岳瑩,呂風(fēng)華,陳玉磊,王卓,司澳洋.  鄭州大學(xué)學(xué)報(醫(yī)學(xué)版). 2018(04)
[3]湖羊羔皮毛囊候選miRNA在不同花紋間的表達(dá)與毛囊發(fā)育特性關(guān)聯(lián)的研究[J]. 金澄艷,呂曉陽,高雯,王悅,陳煒昊,盛水興,陳玲,林杰,孫偉.  中國農(nóng)業(yè)科學(xué). 2018(14)
[4]高原適應(yīng)動物牦牛與普通黃牛肺血管反應(yīng)性的比較研究[J]. 郭勝祥,劉永年,李景榮,馮寧娜,王麗華.  中國病理生理雜志. 1995(03)

博士論文
[1]MicroRNA-101a通過靶向調(diào)控心臟成纖維細(xì)胞TGFβRI的表達(dá)抑制缺氧誘導(dǎo)的心肌纖維化[D]. 趙欣.華中科技大學(xué) 2015

碩士論文
[1]牦牛和黃牛心臟、肺臟組織microRNA轉(zhuǎn)錄組的鑒定與差異表達(dá)分析[D]. 賀大芳.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[2]miR-378在牛前體脂肪細(xì)胞分化的作用與機制[D]. 張陽陽.吉林大學(xué) 2014



本文編號：3542705