硬蜱科四種蜱核糖體全基因組分析
發(fā)布時(shí)間:2021-12-09 12:31
蜱是一種吸血的外寄生蟲(chóng),常寄生于家畜和人的體表。作為媒介昆蟲(chóng),是僅次于蚊的第二大傳播媒介。它能攜帶病原體在宿主之間傳播,其中大多數(shù)是重要的人獸共患病原。蜱主要分為硬蜱科,軟蜱科和納蜱科,其中最常見(jiàn)且對(duì)人和家畜危害性最大的是硬蜱科。核糖體在細(xì)胞中廣泛存在,核酸拷貝數(shù)較高,核糖體是分子分類(lèi)方法的主要標(biāo)記基因。因此,本研究對(duì)在東北地區(qū)人畜危害嚴(yán)重的四種硬蜱即森林革蜱、日本血蜱、全溝硬蜱和長(zhǎng)角血蜱的核糖體基因組序列進(jìn)行擴(kuò)增及分析,為四種硬蜱的分子分類(lèi)研究提供可靠依據(jù)。首先在東北地區(qū)采集各種蜱,對(duì)每只蜱進(jìn)行形態(tài)學(xué)和分子生學(xué)鑒定;然后隨機(jī)選擇采至黑龍江省的森林革蜱、日本血蜱和全溝硬蜱各5只,同時(shí)選擇吉林省和遼寧省的長(zhǎng)角血蜱各5只,總計(jì)25只硬蜱進(jìn)行核糖體序列的擴(kuò)增;進(jìn)一步對(duì)獲得的序列進(jìn)行拼接組裝,并比較序列長(zhǎng)度,組成及結(jié)構(gòu)特點(diǎn);最后進(jìn)行同源性和進(jìn)化分析。結(jié)果表明,首次獲得了森林革蜱、日本血蜱、全溝硬蜱和長(zhǎng)角血蜱四種25條硬蜱核糖體全基因組序列,長(zhǎng)度為862911346 bp。不同種類(lèi)蜱18S、28S和5.8S長(zhǎng)度相近或相同,而ITS1和ITS2長(zhǎng)度均能表現(xiàn)種屬的特異性;IGS...
【文章來(lái)源】: 黑龍江八一農(nóng)墾大學(xué)黑龍江省
【文章頁(yè)數(shù)】:83 頁(yè)
【文章目錄】:
摘要
Abstract
1 文獻(xiàn)綜述
1.1 東北地區(qū)重要的硬蜱
1.1.1 森林革蜱
1.1.2 日本血蜱
1.1.3 全溝硬蜱
1.1.4 長(zhǎng)角血蜱
1.2 蜱核糖體全基因組研究進(jìn)展
1.2.1 蜱核糖體18S研究進(jìn)展
1.2.2 蜱核糖體ITS1 研究進(jìn)展
1.2.3 蜱核糖體5.8S研究進(jìn)展
1.2.4 蜱核糖體ITS2 研究進(jìn)展
1.2.5 蜱核糖體28S研究進(jìn)展
1.2.6 蜱核糖體IGS研究進(jìn)展
1.3 目的和意義
2 材料方法
2.1 材料
2.1.1 蜱蟲(chóng)樣品
2.1.2 引物設(shè)計(jì)
2.1.3 主要試劑、儀器及應(yīng)用軟件
2.2 方法
2.2.1 采集蜱的方法
2.2.2 蜱的形態(tài)學(xué)鑒定
2.2.3 總DNA的提取
2.2.4 各蜱核糖體基因擴(kuò)增
2.2.5 序列分析
2.2.6 同源性分析
2.2.7 序列分析
3 結(jié)果
3.1 蜱的形態(tài)學(xué)鑒定結(jié)果
3.2 核糖體各部分PCR擴(kuò)增結(jié)果
3.2.1 18S PCR擴(kuò)增結(jié)果
3.2.2 ITS1 PCR擴(kuò)增結(jié)果
3.2.3 ITS2 PCR擴(kuò)增結(jié)果
3.2.4 28S-1 PCR擴(kuò)增結(jié)果
3.2.5 28S-2 PCR擴(kuò)增結(jié)果
3.2.6 28S-3 PCR擴(kuò)增結(jié)果
3.2.7 IGS PCR擴(kuò)增結(jié)果
3.3 四種蜱核糖體全基因組分析
3.3.1 硬蜱科四種蜱核糖體長(zhǎng)度分析
3.3.2 硬蜱科四種蜱核糖體A+T含量分析
3.3.3 硬蜱科四種蜱核糖體堿基突變和缺失
3.3.4 硬蜱科四種蜱核糖體種內(nèi)差異分析
3.3.5 硬蜱科四種蜱核糖體種間差異分析
3.3.6 硬蜱科四種蜱核糖體IGS的側(cè)翼與重復(fù)序列分析
3.4 同源性分析
3.4.1 硬蜱科四種蜱核糖體18S同源性分析
3.4.2 硬蜱科四種蜱核糖體ITS1 同源性分析
3.4.3 硬蜱科四種蜱核糖體5.8S同源性分析
3.4.4 硬蜱科四種蜱核糖體ITS2 同源性分析
3.4.5 硬蜱科四種蜱核糖體28S同源性分析
3.4.6 硬蜱科四種蜱核糖體IGS同源性分析
3.4.7 硬蜱科四種蜱核糖體全基因組同源性分析
3.5 進(jìn)化分析
4 討論
4.1 硬蜱科四種蜱的鑒定要點(diǎn)
4.2 硬蜱科四種蜱核糖體全基因組的結(jié)構(gòu)特征
4.3 同源性分析
4.4 基于核糖體18S、ITS1、5.8S、ITS2、28S和 IGS的進(jìn)化樹(shù)
5 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
致謝
個(gè)人簡(jiǎn)歷
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]DNA條形碼技術(shù)在鑒定綏芬河口岸日本血蜱和嗜群血蜱中的應(yīng)用 [J]. 王艷梅,程成,鞠文東,徐寧,耿聰,韓茜宇,劉巖,焦丹,黃洋. 口岸衛(wèi)生控制. 2019(03)
[2]Internal transcribed spacer guided multiplex PCR for species identification of Convolvulus prostratus and Evolvulus alsinoides [J]. Sonal Sharma,Neeta Shrivastava. Acta Pharmaceutica Sinica B. 2016(03)
[3]牡丹江鏡泊湖區(qū)蜱中伯氏疏螺旋體與嗜吞噬細(xì)胞無(wú)形體感染的研究 [J]. 韓華,石華,王玥,史慧勤,張亞明,張文佳,高曉麗,楊振洲. 中華衛(wèi)生殺蟲(chóng)藥械. 2015(02)
[4]天津市蜱及蜱媒病原體的初步調(diào)查 [J]. 吳彤宇,王偉,陳樹(shù)斌,秦娜,張靜,李培羽,李今越. 中國(guó)媒介生物學(xué)及控制雜志. 2013(03)
[5]硬蜱的危害及防治 [J]. 譚善杰. 山東畜牧獸醫(yī). 2011(04)
[6]全溝硬蜱及相關(guān)疾病 [J]. 秦少青. 畜牧獸醫(yī)科技信息. 2010(10)
[7]黑龍江中俄邊境口岸全溝硬蜱中分離到人巴貝西原蟲(chóng) [J]. 付維明,何浩,呼滿(mǎn)霞,崔永民,楊麗煒. 中國(guó)國(guó)境衛(wèi)生檢疫雜志. 2010(02)
[8]用隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)DNA(RAPD)區(qū)分青海血蜱與日本血蜱 [J]. 常德輝,楊銀書(shū),陶冶,趙紅斌,第五進(jìn)學(xué),張繼軍. 中國(guó)媒介生物學(xué)及控制雜志. 2005(03)
[9]北京東靈山地區(qū)鼠類(lèi)體外寄生蜱類(lèi)群落的研究 [J]. 郭天宇,許榮滿(mǎn),野京成,史秀麗. 中國(guó)媒介生物學(xué)及控制雜志. 2001(04)
[10]全溝硬蜱復(fù)組及其媒介作用 [J]. 周洪福,許菊,陳明中. 中國(guó)媒介生物學(xué)及控制雜志. 2001(02)
碩士論文
[1]中朝邊境地區(qū)蜱種及蜱傳立克次體的調(diào)查研究[D]. 關(guān)浩.沈陽(yáng)農(nóng)業(yè)大學(xué). 2019
[2]陜西省部分地區(qū)蜱源人獸共患無(wú)形體與立克次體的遺傳多樣性[D]. 王一涵.西北農(nóng)林科技大學(xué). 2019
[3]我國(guó)兩種新發(fā)立克次體經(jīng)媒介蜱垂直傳播規(guī)律的研究[D]. 袁婷婷.安徽醫(yī)科大學(xué). 2019
[4]完達(dá)山林區(qū)蜱分布及攜帶病原情況調(diào)查[D]. 付雪.黑龍江八一農(nóng)墾大學(xué). 2017
[5]吉林省和黑龍江省蜱種分布及3種重要蜱傳微生物分子流行病學(xué)調(diào)查[D]. 劉歡歡.吉林農(nóng)業(yè)大學(xué). 2017
[6]長(zhǎng)角血蜱的野外生態(tài)學(xué)研究[D]. 鄭洪遠(yuǎn).河北師范大學(xué). 2009
[7]5.8S rDNA和ITS序列同源性分析在酸馬奶酵母菌分子生物學(xué)鑒定中的應(yīng)用[D]. 茍榮.新疆農(nóng)業(yè)大學(xué). 2008
本文編號(hào):3530636
【文章來(lái)源】: 黑龍江八一農(nóng)墾大學(xué)黑龍江省
【文章頁(yè)數(shù)】:83 頁(yè)
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摘要
Abstract
1 文獻(xiàn)綜述
1.1 東北地區(qū)重要的硬蜱
1.1.1 森林革蜱
1.1.2 日本血蜱
1.1.3 全溝硬蜱
1.1.4 長(zhǎng)角血蜱
1.2 蜱核糖體全基因組研究進(jìn)展
1.2.1 蜱核糖體18S研究進(jìn)展
1.2.2 蜱核糖體ITS1 研究進(jìn)展
1.2.3 蜱核糖體5.8S研究進(jìn)展
1.2.4 蜱核糖體ITS2 研究進(jìn)展
1.2.5 蜱核糖體28S研究進(jìn)展
1.2.6 蜱核糖體IGS研究進(jìn)展
1.3 目的和意義
2 材料方法
2.1 材料
2.1.1 蜱蟲(chóng)樣品
2.1.2 引物設(shè)計(jì)
2.1.3 主要試劑、儀器及應(yīng)用軟件
2.2 方法
2.2.1 采集蜱的方法
2.2.2 蜱的形態(tài)學(xué)鑒定
2.2.3 總DNA的提取
2.2.4 各蜱核糖體基因擴(kuò)增
2.2.5 序列分析
2.2.6 同源性分析
2.2.7 序列分析
3 結(jié)果
3.1 蜱的形態(tài)學(xué)鑒定結(jié)果
3.2 核糖體各部分PCR擴(kuò)增結(jié)果
3.2.1 18S PCR擴(kuò)增結(jié)果
3.2.2 ITS1 PCR擴(kuò)增結(jié)果
3.2.3 ITS2 PCR擴(kuò)增結(jié)果
3.2.4 28S-1 PCR擴(kuò)增結(jié)果
3.2.5 28S-2 PCR擴(kuò)增結(jié)果
3.2.6 28S-3 PCR擴(kuò)增結(jié)果
3.2.7 IGS PCR擴(kuò)增結(jié)果
3.3 四種蜱核糖體全基因組分析
3.3.1 硬蜱科四種蜱核糖體長(zhǎng)度分析
3.3.2 硬蜱科四種蜱核糖體A+T含量分析
3.3.3 硬蜱科四種蜱核糖體堿基突變和缺失
3.3.4 硬蜱科四種蜱核糖體種內(nèi)差異分析
3.3.5 硬蜱科四種蜱核糖體種間差異分析
3.3.6 硬蜱科四種蜱核糖體IGS的側(cè)翼與重復(fù)序列分析
3.4 同源性分析
3.4.1 硬蜱科四種蜱核糖體18S同源性分析
3.4.2 硬蜱科四種蜱核糖體ITS1 同源性分析
3.4.3 硬蜱科四種蜱核糖體5.8S同源性分析
3.4.4 硬蜱科四種蜱核糖體ITS2 同源性分析
3.4.5 硬蜱科四種蜱核糖體28S同源性分析
3.4.6 硬蜱科四種蜱核糖體IGS同源性分析
3.4.7 硬蜱科四種蜱核糖體全基因組同源性分析
3.5 進(jìn)化分析
4 討論
4.1 硬蜱科四種蜱的鑒定要點(diǎn)
4.2 硬蜱科四種蜱核糖體全基因組的結(jié)構(gòu)特征
4.3 同源性分析
4.4 基于核糖體18S、ITS1、5.8S、ITS2、28S和 IGS的進(jìn)化樹(shù)
5 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
致謝
個(gè)人簡(jiǎn)歷
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]DNA條形碼技術(shù)在鑒定綏芬河口岸日本血蜱和嗜群血蜱中的應(yīng)用 [J]. 王艷梅,程成,鞠文東,徐寧,耿聰,韓茜宇,劉巖,焦丹,黃洋. 口岸衛(wèi)生控制. 2019(03)
[2]Internal transcribed spacer guided multiplex PCR for species identification of Convolvulus prostratus and Evolvulus alsinoides [J]. Sonal Sharma,Neeta Shrivastava. Acta Pharmaceutica Sinica B. 2016(03)
[3]牡丹江鏡泊湖區(qū)蜱中伯氏疏螺旋體與嗜吞噬細(xì)胞無(wú)形體感染的研究 [J]. 韓華,石華,王玥,史慧勤,張亞明,張文佳,高曉麗,楊振洲. 中華衛(wèi)生殺蟲(chóng)藥械. 2015(02)
[4]天津市蜱及蜱媒病原體的初步調(diào)查 [J]. 吳彤宇,王偉,陳樹(shù)斌,秦娜,張靜,李培羽,李今越. 中國(guó)媒介生物學(xué)及控制雜志. 2013(03)
[5]硬蜱的危害及防治 [J]. 譚善杰. 山東畜牧獸醫(yī). 2011(04)
[6]全溝硬蜱及相關(guān)疾病 [J]. 秦少青. 畜牧獸醫(yī)科技信息. 2010(10)
[7]黑龍江中俄邊境口岸全溝硬蜱中分離到人巴貝西原蟲(chóng) [J]. 付維明,何浩,呼滿(mǎn)霞,崔永民,楊麗煒. 中國(guó)國(guó)境衛(wèi)生檢疫雜志. 2010(02)
[8]用隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)DNA(RAPD)區(qū)分青海血蜱與日本血蜱 [J]. 常德輝,楊銀書(shū),陶冶,趙紅斌,第五進(jìn)學(xué),張繼軍. 中國(guó)媒介生物學(xué)及控制雜志. 2005(03)
[9]北京東靈山地區(qū)鼠類(lèi)體外寄生蜱類(lèi)群落的研究 [J]. 郭天宇,許榮滿(mǎn),野京成,史秀麗. 中國(guó)媒介生物學(xué)及控制雜志. 2001(04)
[10]全溝硬蜱復(fù)組及其媒介作用 [J]. 周洪福,許菊,陳明中. 中國(guó)媒介生物學(xué)及控制雜志. 2001(02)
碩士論文
[1]中朝邊境地區(qū)蜱種及蜱傳立克次體的調(diào)查研究[D]. 關(guān)浩.沈陽(yáng)農(nóng)業(yè)大學(xué). 2019
[2]陜西省部分地區(qū)蜱源人獸共患無(wú)形體與立克次體的遺傳多樣性[D]. 王一涵.西北農(nóng)林科技大學(xué). 2019
[3]我國(guó)兩種新發(fā)立克次體經(jīng)媒介蜱垂直傳播規(guī)律的研究[D]. 袁婷婷.安徽醫(yī)科大學(xué). 2019
[4]完達(dá)山林區(qū)蜱分布及攜帶病原情況調(diào)查[D]. 付雪.黑龍江八一農(nóng)墾大學(xué). 2017
[5]吉林省和黑龍江省蜱種分布及3種重要蜱傳微生物分子流行病學(xué)調(diào)查[D]. 劉歡歡.吉林農(nóng)業(yè)大學(xué). 2017
[6]長(zhǎng)角血蜱的野外生態(tài)學(xué)研究[D]. 鄭洪遠(yuǎn).河北師范大學(xué). 2009
[7]5.8S rDNA和ITS序列同源性分析在酸馬奶酵母菌分子生物學(xué)鑒定中的應(yīng)用[D]. 茍榮.新疆農(nóng)業(yè)大學(xué). 2008
本文編號(hào):3530636
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