硬蜱科四種蜱核糖體全基因組分析
發(fā)布時間:2021-12-09 12:31
蜱是一種吸血的外寄生蟲,常寄生于家畜和人的體表。作為媒介昆蟲,是僅次于蚊的第二大傳播媒介。它能攜帶病原體在宿主之間傳播,其中大多數(shù)是重要的人獸共患病原。蜱主要分為硬蜱科,軟蜱科和納蜱科,其中最常見且對人和家畜危害性最大的是硬蜱科。核糖體在細胞中廣泛存在,核酸拷貝數(shù)較高,核糖體是分子分類方法的主要標記基因。因此,本研究對在東北地區(qū)人畜危害嚴重的四種硬蜱即森林革蜱、日本血蜱、全溝硬蜱和長角血蜱的核糖體基因組序列進行擴增及分析,為四種硬蜱的分子分類研究提供可靠依據(jù)。首先在東北地區(qū)采集各種蜱,對每只蜱進行形態(tài)學和分子生學鑒定;然后隨機選擇采至黑龍江省的森林革蜱、日本血蜱和全溝硬蜱各5只,同時選擇吉林省和遼寧省的長角血蜱各5只,總計25只硬蜱進行核糖體序列的擴增;進一步對獲得的序列進行拼接組裝,并比較序列長度,組成及結(jié)構(gòu)特點;最后進行同源性和進化分析。結(jié)果表明,首次獲得了森林革蜱、日本血蜱、全溝硬蜱和長角血蜱四種25條硬蜱核糖體全基因組序列,長度為862911346 bp。不同種類蜱18S、28S和5.8S長度相近或相同,而ITS1和ITS2長度均能表現(xiàn)種屬的特異性;IGS...
【文章來源】: 黑龍江八一農(nóng)墾大學黑龍江省
【文章頁數(shù)】:83 頁
【文章目錄】:
摘要
Abstract
1 文獻綜述
1.1 東北地區(qū)重要的硬蜱
1.1.1 森林革蜱
1.1.2 日本血蜱
1.1.3 全溝硬蜱
1.1.4 長角血蜱
1.2 蜱核糖體全基因組研究進展
1.2.1 蜱核糖體18S研究進展
1.2.2 蜱核糖體ITS1 研究進展
1.2.3 蜱核糖體5.8S研究進展
1.2.4 蜱核糖體ITS2 研究進展
1.2.5 蜱核糖體28S研究進展
1.2.6 蜱核糖體IGS研究進展
1.3 目的和意義
2 材料方法
2.1 材料
2.1.1 蜱蟲樣品
2.1.2 引物設計
2.1.3 主要試劑、儀器及應用軟件
2.2 方法
2.2.1 采集蜱的方法
2.2.2 蜱的形態(tài)學鑒定
2.2.3 總DNA的提取
2.2.4 各蜱核糖體基因擴增
2.2.5 序列分析
2.2.6 同源性分析
2.2.7 序列分析
3 結(jié)果
3.1 蜱的形態(tài)學鑒定結(jié)果
3.2 核糖體各部分PCR擴增結(jié)果
3.2.1 18S PCR擴增結(jié)果
3.2.2 ITS1 PCR擴增結(jié)果
3.2.3 ITS2 PCR擴增結(jié)果
3.2.4 28S-1 PCR擴增結(jié)果
3.2.5 28S-2 PCR擴增結(jié)果
3.2.6 28S-3 PCR擴增結(jié)果
3.2.7 IGS PCR擴增結(jié)果
3.3 四種蜱核糖體全基因組分析
3.3.1 硬蜱科四種蜱核糖體長度分析
3.3.2 硬蜱科四種蜱核糖體A+T含量分析
3.3.3 硬蜱科四種蜱核糖體堿基突變和缺失
3.3.4 硬蜱科四種蜱核糖體種內(nèi)差異分析
3.3.5 硬蜱科四種蜱核糖體種間差異分析
3.3.6 硬蜱科四種蜱核糖體IGS的側(cè)翼與重復序列分析
3.4 同源性分析
3.4.1 硬蜱科四種蜱核糖體18S同源性分析
3.4.2 硬蜱科四種蜱核糖體ITS1 同源性分析
3.4.3 硬蜱科四種蜱核糖體5.8S同源性分析
3.4.4 硬蜱科四種蜱核糖體ITS2 同源性分析
3.4.5 硬蜱科四種蜱核糖體28S同源性分析
3.4.6 硬蜱科四種蜱核糖體IGS同源性分析
3.4.7 硬蜱科四種蜱核糖體全基因組同源性分析
3.5 進化分析
4 討論
4.1 硬蜱科四種蜱的鑒定要點
4.2 硬蜱科四種蜱核糖體全基因組的結(jié)構(gòu)特征
4.3 同源性分析
4.4 基于核糖體18S、ITS1、5.8S、ITS2、28S和 IGS的進化樹
5 結(jié)論
參考文獻
致謝
個人簡歷
【參考文獻】:
期刊論文
[1]DNA條形碼技術(shù)在鑒定綏芬河口岸日本血蜱和嗜群血蜱中的應用 [J]. 王艷梅,程成,鞠文東,徐寧,耿聰,韓茜宇,劉巖,焦丹,黃洋. 口岸衛(wèi)生控制. 2019(03)
[2]Internal transcribed spacer guided multiplex PCR for species identification of Convolvulus prostratus and Evolvulus alsinoides [J]. Sonal Sharma,Neeta Shrivastava. Acta Pharmaceutica Sinica B. 2016(03)
[3]牡丹江鏡泊湖區(qū)蜱中伯氏疏螺旋體與嗜吞噬細胞無形體感染的研究 [J]. 韓華,石華,王玥,史慧勤,張亞明,張文佳,高曉麗,楊振洲. 中華衛(wèi)生殺蟲藥械. 2015(02)
[4]天津市蜱及蜱媒病原體的初步調(diào)查 [J]. 吳彤宇,王偉,陳樹斌,秦娜,張靜,李培羽,李今越. 中國媒介生物學及控制雜志. 2013(03)
[5]硬蜱的危害及防治 [J]. 譚善杰. 山東畜牧獸醫(yī). 2011(04)
[6]全溝硬蜱及相關疾病 [J]. 秦少青. 畜牧獸醫(yī)科技信息. 2010(10)
[7]黑龍江中俄邊境口岸全溝硬蜱中分離到人巴貝西原蟲 [J]. 付維明,何浩,呼滿霞,崔永民,楊麗煒. 中國國境衛(wèi)生檢疫雜志. 2010(02)
[8]用隨機擴增多態(tài)DNA(RAPD)區(qū)分青海血蜱與日本血蜱 [J]. 常德輝,楊銀書,陶冶,趙紅斌,第五進學,張繼軍. 中國媒介生物學及控制雜志. 2005(03)
[9]北京東靈山地區(qū)鼠類體外寄生蜱類群落的研究 [J]. 郭天宇,許榮滿,野京成,史秀麗. 中國媒介生物學及控制雜志. 2001(04)
[10]全溝硬蜱復組及其媒介作用 [J]. 周洪福,許菊,陳明中. 中國媒介生物學及控制雜志. 2001(02)
碩士論文
[1]中朝邊境地區(qū)蜱種及蜱傳立克次體的調(diào)查研究[D]. 關浩.沈陽農(nóng)業(yè)大學. 2019
[2]陜西省部分地區(qū)蜱源人獸共患無形體與立克次體的遺傳多樣性[D]. 王一涵.西北農(nóng)林科技大學. 2019
[3]我國兩種新發(fā)立克次體經(jīng)媒介蜱垂直傳播規(guī)律的研究[D]. 袁婷婷.安徽醫(yī)科大學. 2019
[4]完達山林區(qū)蜱分布及攜帶病原情況調(diào)查[D]. 付雪.黑龍江八一農(nóng)墾大學. 2017
[5]吉林省和黑龍江省蜱種分布及3種重要蜱傳微生物分子流行病學調(diào)查[D]. 劉歡歡.吉林農(nóng)業(yè)大學. 2017
[6]長角血蜱的野外生態(tài)學研究[D]. 鄭洪遠.河北師范大學. 2009
[7]5.8S rDNA和ITS序列同源性分析在酸馬奶酵母菌分子生物學鑒定中的應用[D]. 茍榮.新疆農(nóng)業(yè)大學. 2008
本文編號:3530636
【文章來源】: 黑龍江八一農(nóng)墾大學黑龍江省
【文章頁數(shù)】:83 頁
【文章目錄】:
摘要
Abstract
1 文獻綜述
1.1 東北地區(qū)重要的硬蜱
1.1.1 森林革蜱
1.1.2 日本血蜱
1.1.3 全溝硬蜱
1.1.4 長角血蜱
1.2 蜱核糖體全基因組研究進展
1.2.1 蜱核糖體18S研究進展
1.2.2 蜱核糖體ITS1 研究進展
1.2.3 蜱核糖體5.8S研究進展
1.2.4 蜱核糖體ITS2 研究進展
1.2.5 蜱核糖體28S研究進展
1.2.6 蜱核糖體IGS研究進展
1.3 目的和意義
2 材料方法
2.1 材料
2.1.1 蜱蟲樣品
2.1.2 引物設計
2.1.3 主要試劑、儀器及應用軟件
2.2 方法
2.2.1 采集蜱的方法
2.2.2 蜱的形態(tài)學鑒定
2.2.3 總DNA的提取
2.2.4 各蜱核糖體基因擴增
2.2.5 序列分析
2.2.6 同源性分析
2.2.7 序列分析
3 結(jié)果
3.1 蜱的形態(tài)學鑒定結(jié)果
3.2 核糖體各部分PCR擴增結(jié)果
3.2.1 18S PCR擴增結(jié)果
3.2.2 ITS1 PCR擴增結(jié)果
3.2.3 ITS2 PCR擴增結(jié)果
3.2.4 28S-1 PCR擴增結(jié)果
3.2.5 28S-2 PCR擴增結(jié)果
3.2.6 28S-3 PCR擴增結(jié)果
3.2.7 IGS PCR擴增結(jié)果
3.3 四種蜱核糖體全基因組分析
3.3.1 硬蜱科四種蜱核糖體長度分析
3.3.2 硬蜱科四種蜱核糖體A+T含量分析
3.3.3 硬蜱科四種蜱核糖體堿基突變和缺失
3.3.4 硬蜱科四種蜱核糖體種內(nèi)差異分析
3.3.5 硬蜱科四種蜱核糖體種間差異分析
3.3.6 硬蜱科四種蜱核糖體IGS的側(cè)翼與重復序列分析
3.4 同源性分析
3.4.1 硬蜱科四種蜱核糖體18S同源性分析
3.4.2 硬蜱科四種蜱核糖體ITS1 同源性分析
3.4.3 硬蜱科四種蜱核糖體5.8S同源性分析
3.4.4 硬蜱科四種蜱核糖體ITS2 同源性分析
3.4.5 硬蜱科四種蜱核糖體28S同源性分析
3.4.6 硬蜱科四種蜱核糖體IGS同源性分析
3.4.7 硬蜱科四種蜱核糖體全基因組同源性分析
3.5 進化分析
4 討論
4.1 硬蜱科四種蜱的鑒定要點
4.2 硬蜱科四種蜱核糖體全基因組的結(jié)構(gòu)特征
4.3 同源性分析
4.4 基于核糖體18S、ITS1、5.8S、ITS2、28S和 IGS的進化樹
5 結(jié)論
參考文獻
致謝
個人簡歷
【參考文獻】:
期刊論文
[1]DNA條形碼技術(shù)在鑒定綏芬河口岸日本血蜱和嗜群血蜱中的應用 [J]. 王艷梅,程成,鞠文東,徐寧,耿聰,韓茜宇,劉巖,焦丹,黃洋. 口岸衛(wèi)生控制. 2019(03)
[2]Internal transcribed spacer guided multiplex PCR for species identification of Convolvulus prostratus and Evolvulus alsinoides [J]. Sonal Sharma,Neeta Shrivastava. Acta Pharmaceutica Sinica B. 2016(03)
[3]牡丹江鏡泊湖區(qū)蜱中伯氏疏螺旋體與嗜吞噬細胞無形體感染的研究 [J]. 韓華,石華,王玥,史慧勤,張亞明,張文佳,高曉麗,楊振洲. 中華衛(wèi)生殺蟲藥械. 2015(02)
[4]天津市蜱及蜱媒病原體的初步調(diào)查 [J]. 吳彤宇,王偉,陳樹斌,秦娜,張靜,李培羽,李今越. 中國媒介生物學及控制雜志. 2013(03)
[5]硬蜱的危害及防治 [J]. 譚善杰. 山東畜牧獸醫(yī). 2011(04)
[6]全溝硬蜱及相關疾病 [J]. 秦少青. 畜牧獸醫(yī)科技信息. 2010(10)
[7]黑龍江中俄邊境口岸全溝硬蜱中分離到人巴貝西原蟲 [J]. 付維明,何浩,呼滿霞,崔永民,楊麗煒. 中國國境衛(wèi)生檢疫雜志. 2010(02)
[8]用隨機擴增多態(tài)DNA(RAPD)區(qū)分青海血蜱與日本血蜱 [J]. 常德輝,楊銀書,陶冶,趙紅斌,第五進學,張繼軍. 中國媒介生物學及控制雜志. 2005(03)
[9]北京東靈山地區(qū)鼠類體外寄生蜱類群落的研究 [J]. 郭天宇,許榮滿,野京成,史秀麗. 中國媒介生物學及控制雜志. 2001(04)
[10]全溝硬蜱復組及其媒介作用 [J]. 周洪福,許菊,陳明中. 中國媒介生物學及控制雜志. 2001(02)
碩士論文
[1]中朝邊境地區(qū)蜱種及蜱傳立克次體的調(diào)查研究[D]. 關浩.沈陽農(nóng)業(yè)大學. 2019
[2]陜西省部分地區(qū)蜱源人獸共患無形體與立克次體的遺傳多樣性[D]. 王一涵.西北農(nóng)林科技大學. 2019
[3]我國兩種新發(fā)立克次體經(jīng)媒介蜱垂直傳播規(guī)律的研究[D]. 袁婷婷.安徽醫(yī)科大學. 2019
[4]完達山林區(qū)蜱分布及攜帶病原情況調(diào)查[D]. 付雪.黑龍江八一農(nóng)墾大學. 2017
[5]吉林省和黑龍江省蜱種分布及3種重要蜱傳微生物分子流行病學調(diào)查[D]. 劉歡歡.吉林農(nóng)業(yè)大學. 2017
[6]長角血蜱的野外生態(tài)學研究[D]. 鄭洪遠.河北師范大學. 2009
[7]5.8S rDNA和ITS序列同源性分析在酸馬奶酵母菌分子生物學鑒定中的應用[D]. 茍榮.新疆農(nóng)業(yè)大學. 2008
本文編號:3530636
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