qRT-PCR是檢測(cè)細(xì)胞、組織基因表達(dá)的重要方法之一。而選擇合適的內(nèi)參基因是準(zhǔn)確計(jì)算目標(biāo)基因表達(dá)水平并進(jìn)行基因功能研究的關(guān)鍵。本研究使用qRT-PCR技術(shù)檢測(cè)了9個(gè)候選基因:拓?fù)洚悩?gòu)酶-2β基因（topoisomerase （DNA）Ⅱβ, Top2b）、β-肌動(dòng)蛋白基因（β-actin, Actb）、核糖體蛋白S18基因（ribosomal protein S18, Rps18）、肽基脯氨酰異構(gòu)酶A基因（peptidylprolyl isomerase A, Ppia）、18S核糖體RNA基因（18S ribosomal RNA, 18S）、TATA盒結(jié)合蛋白基因（TATA-box binding protein, Tbp）、羥甲基膽素合成酶基因（hydroxymethylbilane synthase, Hmbs）、核糖體蛋白L4基因（ribosomal protein L4, Rpl4）和β-2-微球蛋白基因（β-2-microglobulin, B2m）,在15日齡巴馬小型豬（Sus scrofa）的心、肝、脾、肺、腎、肌肉和皮下脂肪7個(gè)組織上的表達(dá)情況,并通過(guò)geNorm、N... 

【文章來(lái)源】：農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào). 2020,28(06)北大核心CSCD

【文章頁(yè)數(shù)】：9 頁(yè)

【部分圖文】：

單個(gè)內(nèi)參基因在所有組織中的Ct值范圍的箱線(xiàn)圖

BestKeeper(version 1)程序根據(jù)相關(guān)系數(shù)(R)、CV和SD值來(lái)評(píng)估內(nèi)參基因表達(dá)的穩(wěn)定性(表3)。通過(guò)高R值(≥0.900)和低CV、SD值來(lái)選擇最優(yōu)內(nèi)參。在所有較高R值的樣本中，Rps18表達(dá)了最低CV值(2.95)和低SD值(0.51)。因此，由BestKeeper程序得出，Rps18是巴馬小型豬組織的最適內(nèi)參基因。3 討論

Nygard(2007)使用qRT-PCR技術(shù)在17個(gè)不同組織中(肝臟,腎,大腦皮層,胸腺,脂肪,小腦,海馬體,肌肉,淋巴結(jié),心臟,皮膚,骨髓,胰腺,肺,胃,膀胱和小腸)，對(duì)9個(gè)常用內(nèi)參基因(Actb,Rpl4,Tbp,Hprt,Hmbs,Ywhaz,Sdha,B2m和Gapdh)進(jìn)行研究。結(jié)果表明，在不同的豬組織表達(dá)中，Hprt1和Tpb是低豐度轉(zhuǎn)錄本的最適內(nèi)參基因，而Rpl4和Actb是高豐度轉(zhuǎn)錄本的理想內(nèi)參基因。但其并沒(méi)有提及實(shí)驗(yàn)動(dòng)物的品種信息，并發(fā)現(xiàn)有兩個(gè)基因具有明顯的組織特異性調(diào)節(jié)。Hmbs在骨髓中有明顯上調(diào)，Gapdh在肌肉中明顯上調(diào)。但在本研究中，沒(méi)有對(duì)骨髓進(jìn)行內(nèi)參基因的選擇，而在肌肉組織中，最穩(wěn)定的內(nèi)參基因卻是Rpl4和Tbp。Bruun(2013)在研究豬肺氣腫模型時(shí)，使用了Nygard的結(jié)果，用Rpl4,Hprt和Actb作為內(nèi)參基因來(lái)標(biāo)準(zhǔn)化qRT-PCR的結(jié)果。而在本研究中，肺臟組織的最適內(nèi)參基因是B2m和Hmbs。另一項(xiàng)研究使用NormFinder、geNorm和BestKeeper在長(zhǎng)白豬(Landrace,)、杜洛克豬(Duroc)、巴克夏豬(Berkshire)和約克郡豬(Yorkshire)的7個(gè)不同組織(肝、肺、腎、脾、胃、小腸和大腸)中，對(duì)15個(gè)候選內(nèi)參基因(Actb,Gapdh,Hpar1,Aldoa,B2m,Hspcb,Ppia,Pgk1,Polr2g,Rpl4,Tbp,Rps18,Sdha,Top2b,和Ywhaz)的表達(dá)穩(wěn)定性進(jìn)行探索，對(duì)這3種程序的結(jié)果進(jìn)行綜合分析。長(zhǎng)白豬中穩(wěn)定、適宜的內(nèi)參基因?yàn)镻pia、Tbp、Rpl4和Rps18；杜洛克豬中穩(wěn)定、適宜的內(nèi)參基因是Ppia和Tbp；巴克夏豬穩(wěn)定、適宜的內(nèi)參基因是Ppia、Tbp和Hspcb；而約克郡豬最適內(nèi)參基因是Ppia,Top2b,Rpl4和Rps18。盡管研究者發(fā)現(xiàn)Ppia可以在所有豬種中作為內(nèi)參基因，但最優(yōu)內(nèi)參基因的數(shù)目和組合還是必須由不同的組織類(lèi)型、實(shí)驗(yàn)條件和豬品種進(jìn)行篩選(Park et al.,2015)。Martino(2011)在小型豬中研究心力衰竭模型時(shí)，對(duì)左右心房心室的最佳內(nèi)參基因進(jìn)行篩選。左右心房中，Hprt-1,Tbp和Ppia是最穩(wěn)定的內(nèi)參基因；在左心室中，Hprt-1,Tbp和Gapdh是最穩(wěn)定的內(nèi)參基因；右心室中，Ppia,Gapdh和Actb是最穩(wěn)定的內(nèi)參基因。在本研究中，僅對(duì)心臟組織的任意部位進(jìn)行最佳內(nèi)參基因篩選，得到穩(wěn)定的內(nèi)參基因?yàn)镽ps18和Tbp。這表明，相同臟器的不同部位也可能出現(xiàn)最佳內(nèi)參基因的差異。齊波(2017)在二元豬(長(zhǎng)白豬×太湖豬)的心、肝、脾、肺、腎、肌肉6個(gè)組織中，使用geNorm程序?qū)?1個(gè)內(nèi)參基因(Hprt1,Hmbs,Actb,B2m,Ppia,Gapdh,Rpl4,Tbp,Top2b,Ywhaz,Sdha)篩選。在這6個(gè)組織的最佳內(nèi)參基因的結(jié)果中，只有肌肉組織的結(jié)果與本研究所得到的結(jié)果相同，都是Tbp和Rpl4。研究不同豬種的同樣組織，最佳內(nèi)參組合也會(huì)存在差異。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]活動(dòng)性肺結(jié)核患者PBMCs實(shí)時(shí)定量PCR內(nèi)參基因的選擇[J]. 翟斐,楊秉芬,王若,曹志紅,程小星.  臨床肺科雜志. 2018(11)
[2]豬睪丸組織定量PCR分析中內(nèi)參基因的選擇[J]. 彭馥芝,冉茂良,翁波,李智,董蓮花,陳斌.  中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué). 2017(15)
[3]測(cè)定豬不同組織基因表達(dá)時(shí)RT-PCR內(nèi)參基因的選擇[J]. 齊波,朱榮生,王懷中,孫守禮,王建才,劉俊珍,黃保華,呼紅梅.  家畜生態(tài)學(xué)報(bào). 2017(06)
[4]巴馬小型豬在醫(yī)學(xué)研究中的應(yīng)用進(jìn)展[J]. 龐琳琳,張會(huì)永,楊關(guān)林.  中國(guó)實(shí)驗(yàn)動(dòng)物學(xué)報(bào). 2014(01)
[5]人不同孕期胎盤(pán)組織中實(shí)時(shí)熒光定量PCR內(nèi)參基因的選擇[J]. 趙晶,趙俊杰,康麗麗,李亞清,王斌,雷艷霞.  西安交通大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版). 2014(02)
[6]仔豬組織基因表達(dá)中實(shí)時(shí)定量PCR內(nèi)參基因的選擇[J]. 臺(tái)玉磊,韓立強(qiáng),楊國(guó)慶,王艷玲,常磊,臧猛,武宇曉,王靜,張志強(qiáng),楊國(guó)宇.  農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào). 2010(04)

博士論文
[1]梅山—大白豬肌肉組織差異表達(dá)基因的篩選、鑒定及功能研究[D]. 馮小婷.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2011



本文編號(hào)：3513037