豬5號(hào)染色體影響耳面積QTL的因果基因和主效突變位點(diǎn)的初步鑒別
發(fā)布時(shí)間:2021-11-22 04:40
耳朵的外形和大小是豬品種的一個(gè)重要特征,同時(shí)也是影響聽力的一個(gè)重要因素。人類先天性小耳畸形已有多次報(bào)道,但其遺傳機(jī)理尚不明確。豬作為人類疾病研究的重要模式動(dòng)物,對(duì)豬耳性狀遺傳機(jī)理研究可以為人類耳相關(guān)遺傳疾病的研究提供重要的臨床借鑒。本研究前期利用白色杜洛克×二花臉F2資源家系,通過QTL定位分析,將影響耳面積的QTL置信區(qū)間定位到SSC5上60cM-71cM約11cM處;然后通過增加4個(gè)微衛(wèi)星標(biāo)記將區(qū)間縮短至8.7cM,再利用全基因組高通量60K SNP芯片對(duì)資源家系和蘇太豬群體進(jìn)行掃描,通過全基因組關(guān)聯(lián)分析、LDLA分析和IBD分析,最終將QTL區(qū)間定位到SSC5上約1.137Mb(32277440bp到33414008bp)區(qū)間,該區(qū)間包括4個(gè)已注釋的基因:WIF1、LEMD3、MSRB3和HMGA2。本研究在此基礎(chǔ)上利用60K SNP芯片數(shù)據(jù)將1,029頭白色杜洛克×二花臉資源家系F2個(gè)體和435頭蘇太豬個(gè)體進(jìn)行Meta分析,結(jié)果將QTL精細(xì)定位到DRGA0005608與ASGA0025253標(biāo)記之間約632.722kb(32804318bp-33437040bp)區(qū)間內(nèi),關(guān)聯(lián)性...
【文章來源】:江西農(nóng)業(yè)大學(xué)江西省
【文章頁數(shù)】:55 頁
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
CNV改變基因功能或表達(dá)的方式(引自A.Clopetal,2012)
137Mb的QTL區(qū)域內(nèi)CNV檢測結(jié)果
Meta分析結(jié)果
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]基因組拷貝數(shù)變異及其突變機(jī)理與人類疾病[J]. 杜仁騫,金力,張鋒. 遺傳. 2011(08)
[2]全基因組關(guān)聯(lián)研究的深度分析策略[J]. 權(quán)晟,張學(xué)軍. 遺傳. 2011(02)
[3]全基因組關(guān)聯(lián)研究現(xiàn)狀[J]. 韓建文,張學(xué)軍. 遺傳. 2011(01)
[4]拷貝數(shù)變異及其研究進(jìn)展[J]. 劉欣,王立剛,王立賢. 畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2010(08)
[5]惡性腫瘤中高遷移率族蛋白A2的功能研究進(jìn)展[J]. 查郎,王子衛(wèi). 腫瘤. 2010(03)
[6]HapMap計(jì)劃掀起人類研究復(fù)雜疾病易感基因的浪潮[J]. 張學(xué)軍. 安徽醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào). 2009(03)
[7]遺傳變異的又一來源:拷貝數(shù)變異[J]. 譚琪,曾凡一. 生物技術(shù)通訊. 2009(03)
[8]遺傳與基因表達(dá)數(shù)據(jù)的整合——eQTL的方法及應(yīng)用[J]. 劉剛,彭惠茹,倪中福,秦丹丹,宋方威,宋廣樹,孫其信. 遺傳. 2008(09)
[9]拷貝數(shù)目變異:基因組遺傳變異的新詮釋[J]. 饒友生,張細(xì)權(quán). 生物多樣性. 2008(04)
博士論文
[1]豬5號(hào)染色體耳面積QTL精細(xì)定位及其因果基因的初步鑒別[D]. 李平華.江西農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012
碩士論文
[1]豬ETEC F4ac受體編碼基因MUC13的拷貝數(shù)及其在不同黏附表型個(gè)體中的表達(dá)分析[D]. 楊懷谷.江西農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012
本文編號(hào):3510958
【文章來源】:江西農(nóng)業(yè)大學(xué)江西省
【文章頁數(shù)】:55 頁
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
CNV改變基因功能或表達(dá)的方式(引自A.Clopetal,2012)
137Mb的QTL區(qū)域內(nèi)CNV檢測結(jié)果
Meta分析結(jié)果
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]基因組拷貝數(shù)變異及其突變機(jī)理與人類疾病[J]. 杜仁騫,金力,張鋒. 遺傳. 2011(08)
[2]全基因組關(guān)聯(lián)研究的深度分析策略[J]. 權(quán)晟,張學(xué)軍. 遺傳. 2011(02)
[3]全基因組關(guān)聯(lián)研究現(xiàn)狀[J]. 韓建文,張學(xué)軍. 遺傳. 2011(01)
[4]拷貝數(shù)變異及其研究進(jìn)展[J]. 劉欣,王立剛,王立賢. 畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2010(08)
[5]惡性腫瘤中高遷移率族蛋白A2的功能研究進(jìn)展[J]. 查郎,王子衛(wèi). 腫瘤. 2010(03)
[6]HapMap計(jì)劃掀起人類研究復(fù)雜疾病易感基因的浪潮[J]. 張學(xué)軍. 安徽醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào). 2009(03)
[7]遺傳變異的又一來源:拷貝數(shù)變異[J]. 譚琪,曾凡一. 生物技術(shù)通訊. 2009(03)
[8]遺傳與基因表達(dá)數(shù)據(jù)的整合——eQTL的方法及應(yīng)用[J]. 劉剛,彭惠茹,倪中福,秦丹丹,宋方威,宋廣樹,孫其信. 遺傳. 2008(09)
[9]拷貝數(shù)目變異:基因組遺傳變異的新詮釋[J]. 饒友生,張細(xì)權(quán). 生物多樣性. 2008(04)
博士論文
[1]豬5號(hào)染色體耳面積QTL精細(xì)定位及其因果基因的初步鑒別[D]. 李平華.江西農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012
碩士論文
[1]豬ETEC F4ac受體編碼基因MUC13的拷貝數(shù)及其在不同黏附表型個(gè)體中的表達(dá)分析[D]. 楊懷谷.江西農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012
本文編號(hào):3510958
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