為探究?jī)?nèi)蒙古錫林郭勒冬季放牧蒙古母牛腸道微生物組成及其功能,采集同一地區(qū)冬季（11、12月和次年1月）放牧蒙古母牛（各20頭）直腸糞便樣品,利用16SrRNA測(cè)序技術(shù)對(duì)其腸道菌群多樣性進(jìn)行分析及PICRUSt（Phylogenetic investigation of communities by reconstruction of unobserved states,PICRUSt）功能預(yù)測(cè)。結(jié)果顯示,60份樣品平均每樣品測(cè)得90 075條序列,通過聚類共獲得3 975個(gè)操作分類單元（Operational taxonomic units,OTU）,84.60%的OTU注釋到門水平;29.56%的OTU注釋到屬水平;在門水平和屬水平,冬季放牧蒙古牛腸道中優(yōu)勢(shì)物種分別為厚壁菌門（Firmicutes）、擬桿菌門（Bacteroidetes）、擬桿菌屬（Bacteroides）和艾克曼菌屬（Akkermansia）;隨著天氣逐漸變冷,食物短缺,蒙古牛腸道中厚壁菌門（Firmicutes）減少,而擬桿菌門（Bacteroidetes）增多;聚類分析發(fā)現(xiàn),11月和12月蒙古牛腸道微生物群落較... 

【文章來源】：中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 2020,25(10)北大核心CSCD

【文章頁(yè)數(shù)】：12 頁(yè)

【部分圖文】：

60份樣品的稀釋曲線

基于加權(quán)的UniFrac距離進(jìn)行了PCoA分析，并構(gòu)建了系統(tǒng)發(fā)育UPGMA聚類樹，分析樣品間微生物的相似性。由圖2可知，主成分PC1和PC2的貢獻(xiàn)率分別為總變量的41.89%和16.55%,11和12月時(shí)的放牧蒙古牛樣本相互聚集在一起，而次年1月時(shí)的蒙古牛樣本則離散的較遠(yuǎn)，單獨(dú)聚為一簇，說明寒冷的次年1月時(shí)的樣本微生物群落組成與其他時(shí)間點(diǎn)差異性較大。基于加權(quán)的UniFrac距離計(jì)算后構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹UPGMA聚類樹得出了與PCoA分析相似的結(jié)論（圖3），次年1月的樣本與11和12月能夠明顯的區(qū)分開，11和12月的樣品聚為一類，說明這兩個(gè)時(shí)間點(diǎn)菌群組成有一定相似性。而與次年1月時(shí)具有差異性，這可能是由于次年1月時(shí)天氣最為寒冷，牧草營(yíng)養(yǎng)價(jià)值低，從而導(dǎo)致與其他時(shí)間點(diǎn)的蒙古牛樣本的細(xì)菌多樣性產(chǎn)生差異。2.4 不同時(shí)間點(diǎn)蒙古牛腸道菌群門分類水平下的結(jié)構(gòu)

通過物種注釋后，在門分類水平上，選擇了豐度排名前10的物種。由表4可知，不同時(shí)間點(diǎn)蒙古牛腸道中占據(jù)主導(dǎo)地位的菌群主要包括厚壁菌門（Firmicutes）和擬桿菌門（Bacteroidetes),11、12月和次年1月厚壁菌門的豐度分別為6 1.8 3%、57.66%、54.84%；擬桿菌門的豐度分別為32.33%、32.55%和37.87%。其次分別為放線菌門（Actinobacteria)(0.38%、1.10%和0.70%）、變形菌門（Proteobacteria)(1.29%、3.51%和0.57%）、疣微菌門（Verrucomicrobia)(1.22%、2.70%和3.27%）、廣古菌門（Euryarchaeota)(0.73%、0.15%和1.70%）、藍(lán)藻菌門（Cyanobacteria)(0.13%、0.16%和0.01%）、纖維桿菌門（Fibrobacteres)(0.16%、0.30%和0.01%）和酸桿菌門（Acidobacteria)(0.02%、0.07%和0.00%）。不同時(shí)間點(diǎn)間放牧蒙古牛腸道微生物群落組成具有差異，隨著天氣逐漸變冷，厚壁菌門豐度減少，而擬桿菌門豐度增多。天氣最冷的次年1月時(shí)放牧蒙古牛腸道中藍(lán)藻菌門、纖維桿菌門及酸桿菌門幾乎沒有被發(fā)現(xiàn)。2.5 不同時(shí)間點(diǎn)蒙古牛腸道菌群種分類水平下的結(jié)構(gòu)

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]亞成體大熊貓腸道微生物結(jié)構(gòu)的季節(jié)差異及其與腸道纖維素酶活性的相關(guān)性[J]. 周應(yīng)敏,詹明曄,張姝,王磊,黃炎,劉曉強(qiáng),王一,張志忠.  應(yīng)用與環(huán)境生物學(xué)報(bào). 2020(03)
[2]野牦牛和家牦牛糞便菌群與短鏈脂肪酸關(guān)系的研究[J]. 劉傳發(fā),張良志,付海波,李文靖,張賀,李吉葉,皮立,張堰銘.  獸類學(xué)報(bào). 2019(01)
[3]冷應(yīng)激對(duì)雛鵪鶉十二指腸腸道菌群的影響[J]. 劉春朋,付晶,曾依翎,郭思璇,曹楠,田允波,許丹寧.  仲愷農(nóng)業(yè)工程學(xué)院學(xué)報(bào). 2018(02)
[4]基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的蒙古牛皮膚組織抗寒相關(guān)信號(hào)通路及候選基因的篩選[J]. 齊昱,邢燕平,潘靜,凌宇,曹宇,周歡敏.  畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2017(12)
[5]熱應(yīng)激環(huán)境下蛋雞腸道微生物菌群多樣性[J]. 李永洙,李進(jìn),張寧波,陳常秀,CUI Yongquan.  生態(tài)學(xué)報(bào). 2015(05)
[6]甘露寡糖對(duì)冷應(yīng)激雞盲腸內(nèi)大腸桿菌和乳酸桿菌數(shù)量的影響研究[J]. 劉曉瑛,王金濤,俞菲菲,毛天翔,張子威,徐世文.  浙江畜牧獸醫(yī). 2010(06)
[7]藏系綿羊瘤胃細(xì)菌區(qū)系的季節(jié)動(dòng)態(tài)分析[J]. 淡瑞芳,龍瑞軍,張海濤,張欣,丁學(xué)智.  動(dòng)物營(yíng)養(yǎng)學(xué)報(bào). 2009(05)

博士論文
[1]川金絲猴的營(yíng)養(yǎng)生態(tài)及其對(duì)低溫環(huán)境的適應(yīng)策略[D]. 侯榮.西北大學(xué) 2018
[2]基于轉(zhuǎn)錄組學(xué)的蒙古�？购畽C(jī)制的研究[D]. 齊昱.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[3]內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)資源利用可持續(xù)性評(píng)價(jià)[D]. 侯智惠.中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2017

碩士論文
[1]奶牛腸道微生物群落結(jié)構(gòu)與多樣性研究[D]. 高鳳.河北工程大學(xué) 2017
[2]東蘇旗不同季節(jié)牧草對(duì)放牧羊瘤胃內(nèi)環(huán)境及血液生理生化指標(biāo)的影響[D]. 張盼盼.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[3]成年健康綿羊胃腸道菌群的研究[D]. 曾燕.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2015
[4]PCR-DGGE技術(shù)分析大熊貓放歸過程中腸道菌群的變化[D]. 張琦.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2013



本文編號(hào)：3482434