豬嵴病毒結構蛋白的克隆及生物信息學分析
發(fā)布時間:2021-11-03 20:05
豬嵴病毒2008年首次由匈牙利學者Pankovics P從仔豬腹瀉樣本中檢測到陽性擴增,此后,豬嵴病毒在匈牙利、中國、泰國、日本、韓國、意大利和美國等國家相繼有相關研究報道。為研究豬嵴病毒(porcine kobuvirus, PKV)福建株的基因結構蛋白的特征,本研究根據GenBank中登錄的豬嵴病毒(porcine kobuvirus, PKV) VPO、VP3和VP1基因序列特征設計特異性引物,采用RT-PCR方法對從福建省某疑似流行性腹瀉病毒感染的豬場采集腹瀉糞便樣品和小腸組織混合物中擴增豬嵴病毒VP0、VP3和VP1基因,將擴增后的目的片段克隆后進行序列測定。結果表明,所擴增的目的片段編碼有完整的VPO、VP3和VP1開放閱讀框。所獲的豬嵴病毒福建株VP0基因的核苷酸長度為1098bp,編碼366個氨基酸。所編的VP0蛋白大小為38.489kD、其理論等電點(isoelectric point, pI)為6.71、該蛋白所帶負電荷氨基酸(天冬氨酸和谷氨酸)(Asp+Glu)殘基為19,正電荷氨基酸(賴氨酸和精氨酸)(Arg+Lys)殘基為18,該蛋白的原子組成為:C1711H...
【文章來源】:福建農林大學福建省
【文章頁數】:58 頁
【學位級別】:碩士
【部分圖文】:
豬崎病毒基因組結構(引自Reuter等,2009)
2. 1. 1 VPO基因的PGR『增經過特異性引物擴增后,獲得的序列為noobp,見圖1-1。M 1bp,賴讓:m "3- JLM. I; J500 K腿國圖1-1豬嵴病毒VPO基因的擴增Figure 1-1 the PGR products of the VPO gene fragments2.1.2 VPO蛋白的序列分析所獲的豬嵴病毒福建株VPO基因的核苷酸長度為1098bp,編碼366個氨基酸。經拼接獲得的序列為-GGGAACTCAACCACTAACATCTACGGAAGTAATAACAACGTTACTACTGACGTAGGTGCGAACGGTTGGACTCCCACAGTGAACACTGGTCTTGGAGACGGTCCTGTTTCTTCCTCTGCTGATGACCTTGCTGGTCGCTCTGGTGGTTCT27
圖2-1豬嵴病毒VP3基因的擴增Figure 2-1 the PCR products of the VP3 gene fragments序列分析病毒福建株VP3基因的核昔酸長度為669bp,編碼223個列為:AATCCGGTCCCTCCCCGGGGCTGGAGCTTTTGGTAGGAAATCCCCATCTACGCGATGGAGTCTTTCCGACACCTGCAAAAGTCAATGATTGGCTTGAATTTGCCCACGAGTCTTACACTTGGACAATGGCCGAGACGACGGAGGCTGTGATTGAACCAGTCCTCCTTGCTGCTACTTTGTCACCAACCTCTATGCCCAATGGCGTGGAGAACCTTCACTGGTTCTGCTCAACACTTTGGGCGTCTTGCGCTGCTGCAACCCCACCTGCTaCCCTTCAGCAAGCC
【參考文獻】:
期刊論文
[1]嵴病毒(Kobuvirus)研究進展[J]. 楊德全,葛菲菲,鞠厚斌,劉健,王建,周錦萍. 中國預防獸醫(yī)學報. 2012(12)
[2]動物嵴病毒病原特點及檢測[J]. 代洪波,李淞,周遠成,朱玲,徐志文. 病毒學報. 2012(05)
[3]豬嵴病毒實時熒光定量RT-PCR方法的建立[J]. 修金生,陳小權,王斌,李濤. 中國人獸共患病學報. 2012(09)
[4]豬嵴病毒PCR檢測方法的建立及其應用[J]. 王長松,蘭道亮,華修國. 中國動物檢疫. 2012(02)
[5]福建省首次檢出Aichi病毒及其分子流行病學調查[J]. 吳冰珊,沈曉娜,王美愛,嚴延生. 中國人獸共患病學報. 2011(02)
本文編號:3474269
【文章來源】:福建農林大學福建省
【文章頁數】:58 頁
【學位級別】:碩士
【部分圖文】:
豬崎病毒基因組結構(引自Reuter等,2009)
2. 1. 1 VPO基因的PGR『增經過特異性引物擴增后,獲得的序列為noobp,見圖1-1。M 1bp,賴讓:m "3- JLM. I; J500 K腿國圖1-1豬嵴病毒VPO基因的擴增Figure 1-1 the PGR products of the VPO gene fragments2.1.2 VPO蛋白的序列分析所獲的豬嵴病毒福建株VPO基因的核苷酸長度為1098bp,編碼366個氨基酸。經拼接獲得的序列為-GGGAACTCAACCACTAACATCTACGGAAGTAATAACAACGTTACTACTGACGTAGGTGCGAACGGTTGGACTCCCACAGTGAACACTGGTCTTGGAGACGGTCCTGTTTCTTCCTCTGCTGATGACCTTGCTGGTCGCTCTGGTGGTTCT27
圖2-1豬嵴病毒VP3基因的擴增Figure 2-1 the PCR products of the VP3 gene fragments序列分析病毒福建株VP3基因的核昔酸長度為669bp,編碼223個列為:AATCCGGTCCCTCCCCGGGGCTGGAGCTTTTGGTAGGAAATCCCCATCTACGCGATGGAGTCTTTCCGACACCTGCAAAAGTCAATGATTGGCTTGAATTTGCCCACGAGTCTTACACTTGGACAATGGCCGAGACGACGGAGGCTGTGATTGAACCAGTCCTCCTTGCTGCTACTTTGTCACCAACCTCTATGCCCAATGGCGTGGAGAACCTTCACTGGTTCTGCTCAACACTTTGGGCGTCTTGCGCTGCTGCAACCCCACCTGCTaCCCTTCAGCAAGCC
【參考文獻】:
期刊論文
[1]嵴病毒(Kobuvirus)研究進展[J]. 楊德全,葛菲菲,鞠厚斌,劉健,王建,周錦萍. 中國預防獸醫(yī)學報. 2012(12)
[2]動物嵴病毒病原特點及檢測[J]. 代洪波,李淞,周遠成,朱玲,徐志文. 病毒學報. 2012(05)
[3]豬嵴病毒實時熒光定量RT-PCR方法的建立[J]. 修金生,陳小權,王斌,李濤. 中國人獸共患病學報. 2012(09)
[4]豬嵴病毒PCR檢測方法的建立及其應用[J]. 王長松,蘭道亮,華修國. 中國動物檢疫. 2012(02)
[5]福建省首次檢出Aichi病毒及其分子流行病學調查[J]. 吳冰珊,沈曉娜,王美愛,嚴延生. 中國人獸共患病學報. 2011(02)
本文編號:3474269
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