仔豬早期斷奶應激綜合癥是生豬規(guī)�；B(yǎng)殖中的一個重要事件,每年給養(yǎng)殖企業(yè)造成了巨大的經(jīng)濟損失。早期斷奶能夠導致仔豬腸道絨毛發(fā)生萎縮,引起消化吸收不良,引發(fā)炎癥,進而誘導活性氧自由基的大量釋放;最終導致腸道功能異常和腸道疾病發(fā)生。本課題組前期研究發(fā)現(xiàn),斷奶仔豬腸上皮細胞抗氧化能力隨著分化而逐漸降低;而蛋白質(zhì)組學分析揭示了隱窩-絨毛軸的差異蛋白主要表現(xiàn)在參與碳代謝、氨基酸和蛋白質(zhì)代謝和氧化磷酸化等;表明能量代謝在小腸細胞的更新過程中發(fā)揮了重要作用。為了探究早期斷奶仔豬腸道上皮隱窩-絨毛軸更新的分子機制,本研究以哺乳期21日齡（斷奶0天）及斷奶后第1、3、7和14天的仔豬空腸上皮絨毛頂端細胞（F1）和隱窩區(qū)域細胞（F3）為實驗材料進行轉錄組和sRNA測序分析,獲得相應的mRNA和miRNA表達數(shù)據(jù)。具體研究結果如下:（1）以21日齡哺乳仔豬F1為對照組,對斷奶后不同日齡（1,3,7和14天）的F1進行轉錄組測序,分別檢測到31、77、154和112個差異基因;GO和KEGG分析顯示,差異表達基因的功能主要集中在代謝、刺激反應和免疫等生物學過程,并富集到激素合成、免疫缺陷、花生四烯酸代謝及信號轉... 

【文章來源】：湖南師范大學湖南省 211工程院校

【文章頁數(shù)】：160 頁

【學位級別】：博士

【部分圖文】：

圖１－１小腸上皮的結構和自我更新［１９］??由ＩＳＣｓ分化形成的Ｐａｎｅｔｈ細胞向下遷移至隱窩底部，而其他三??

??轉錄組文庫構建流程如圖２－１所示。首先純化Ｔｏｔａｌ?ＲＮＡ：用??Ｏｌｉｇｏ（ｄＴ）磁珠富集含有ｐｏｌｙＡ尾的ｍＲＮＡ；?ＤＮＡ探針雜交ｒＲＮＡ，??隨后分別用ＲＮａｓｅＨ和ＤＮａｓｅ?Ｉ消化掉ＤＮＡ／ｒＲＮＡ雙鏈和ＤＮＡ探針。??然后對獲得的完整ｍＲＮＡ進行片段化處理后反轉錄合成ｃＤＮＡ第一??條鏈，繼而合成第二條鏈；在雙鏈ＤＮＡ的５’端進行補平并磷酸化，??３’末端加“Ａ”再連接一個“Ｔ”接頭后進行ＰＣＲ擴增；最后通過熱變??性ＰＣＲ將產(chǎn)物變成單鏈后再環(huán)化即得到了單鏈環(huán)狀ＤＮＡ文庫。??本研宄文庫的構建以及測序由深圳華大基因股份有限公司完成。??Ｔｏｔａｌ?ＲＮＡ??＾?ｍＲＮＡ?ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ?ｏｒ?ｒＲＮＡ?ｄｅｐｌｅｔｉｏｎ??ｍＲＮＡ??——??ｆｒａｇｍｅｎｔ?ｉ??＾?Ｒａｎｄｏｍ?Ｎ６?ｐｒｉｍｅｒ??Ｒｅｖｅｒｓｅ?ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ??Ｉ?１．?Ｓｅｃｏｎｄ?ｓｔｒａｎｄ?ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ??＾?２．?ＥＲ／Ａ?ｔａｉｆｉｎｇ??ｃＤＮＡ＾??＾??Ｉ?Ｂｕｂｂｌｅ?ａｄａｐｔｅｒ?ｌｉｇａｔｉｏｎ??５＊—Ｊ?Ｔ?＾?３＊??Ｔ?５＊??ｉ?ＰＣＲ??，＾?Ｈｅａｔ?ｓｅｐａｒａｔｉｏｎ??＼?ｓｓＣｉｒｃ??ＳｆＨｉｎｔ?ｏｌｉｇｏ??ＵＤＸＢ?＾?Ｓｅｑｕｅｎｃｅ??＾?ｍａｋｉｎｇ?＾?ｆｏｒＳＥＳＯ??圖２－１．轉錄組文庫構建流程圖??２．２．６．２數(shù)據(jù)過濾??測序所得的原始數(shù)據(jù)稱為ｍｗ?ｒｅａｄｓ；為了保證后續(xù)信息分析結果??的可靠性

２．２．７?ｓＲＮＡ高通量測序??２．２．７．１?ｓＲＮＡｃＤＮＡ文庫構建及測序??文庫構建流程如圖２－２所示，首先使用２．２．４步驟提取的Ｔｏｔａｌ??ＲＮＡ，通過ＰＡＧＥ膠分離ＲＮＡ；切取并回收１８？３０?ｎｔ之間的ｓＲＮＡ；??然后在連接５?’和３?’端接頭后進行反轉錄；最后ＰＣＲ擴增進行膠回收，??構建文庫；對構建好的文庫進行質(zhì)量和產(chǎn)量的檢測。本研究的ｓＲＮＡ??ｃＤＮＡ文庫構建及測序由深圳華大基因股份有限公司完成。??Ｓｍａｌｔ?ＲＮＡ?Ｌｅｎｇｔｈ??５＊?ｐ?■?｜?｜?｜?｜?｜?ｒｉ?Ｉ?■?■?■?Ｉ?■?？Ｉ?Ｉ?Ｉ?Ｉ?Ｉ?〇?＾?１８－３０?ｎｔ??３＊?ａｄａｐｔｏｒ?ｌｉｇａｔｉｏｎ??５．?Ｉ?ｎ?ＩＩ?Ｍ?？?Ｔ?Ｉ?１１?Ｉ?ｆ?Ｉ?Ｉ?ＩＩ?ｆ?＾?Ｔａｄａｐｔｅ，ｆ?３６－５０?ｎｔ??５＊．ａｄａｐｔｏｒ?ｌｉｇａｔｉｏｎ?Ｉ?刺?１４獅??ｉ?．Ｔｆｒ．?■．?ＭＴＴ－ｎ?ｉ?ｉｉ?ｎ?ＴＴｙｎ－ｒｒｒｒｆ?＾?６２－７５?ｎｔ??Ｔ＊？ＲＮ?Ａ??ｙ?ａｄａｐｔｏｒ?Ｓ＊?３’??■?■?■１１?＿?■１??？?Ｉ?？、ＴＴ??ＲＴ?ｐｒｓｎｅｒ??Ｉ?Ｒｅｖｅｒｓｅ?ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ??ｃＤＮＡ?＃??１?ＩＮＩ?Ｔｉｌｌ?１?ＩＩ?Ｉ?ＩＩＩＩ?ｉ?Ｉ?ＩＩＩ?Ｉ?ＩＩ??ＰＣＲ?ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏ

【參考文獻】：
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本文編號：3453657