口蹄疫（Foot-and-mouth disease, FMD）是由口蹄疫病毒（FMDV）感染偶蹄動(dòng)物引起的一種高度接觸性傳染病。FMDV易變異,已確定FMDV有7個(gè)血清型：O、A、C、SAT1、SAT2、SAT3和Asia1型。其中,Asial FMDV主要流行于亞洲國(guó)家,嚴(yán)重影響了畜牧業(yè)及貿(mào)易的健康發(fā)展。目前,關(guān)于Asial FMDV衣殼蛋白的功能研究還不是特別清楚。為研究VP1～VP4衣殼蛋白序列中的重要功能殘基,利用同源建模方法構(gòu)建出毒株Asial/YS/CHA/05的VP1～P4四聚體全長(zhǎng)結(jié)構(gòu)初始模型,而后對(duì)初始模型進(jìn)行優(yōu)化。利用PROCHECK在線程序?qū)δＰ唾|(zhì)量進(jìn)行評(píng)價(jià),結(jié)果表明所建模型結(jié)構(gòu)可靠合理。依據(jù)晶體結(jié)構(gòu)1FOD,利用DS2.5軟件重疊構(gòu)建Asial FMDV完整的二十面對(duì)稱結(jié)構(gòu)模型,可用于預(yù)測(cè)Asial FMDV病毒的衣殼蛋白序列中的重要功能殘基。采用進(jìn)化蹤跡（Evolutionary Trace, ET）分析對(duì)52個(gè)Asial FMD毒株的衣殼蛋白VP1～VP4氨基酸序列進(jìn)行分析,確定序列中共有71個(gè)組特異殘基。ET分析中,依據(jù)10分區(qū)（P01～P10）對(duì)進(jìn)化樹... 

【文章來(lái)源】：中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京市

【文章頁(yè)數(shù)】：50 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

AsialFMDV衣殼蛋白的結(jié)構(gòu)模型

P01?PIO分區(qū)VPl，VP2,VP3和VP4蛋白序列中的蹤跡殘基

_1VP1?VP4四聚體的schematic模型五倍軸結(jié)構(gòu)（VP1淺綠色標(biāo)出，VP2淺粉標(biāo)出，VP3藍(lán)綠標(biāo)出，VP4紅色標(biāo)出，loop區(qū)域用CPK模型標(biāo)出）

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]禽流感分離株GD/1/96（H5N1）非結(jié)構(gòu)蛋白結(jié)構(gòu)建模[J]. 郭瑩瑩,吳春艷,王靖飛.  中國(guó)預(yù)防獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2010(03)



本文編號(hào)：3429931