以青海高原牦牛淋巴結(jié),90日齡胎兒頭部皮膚,牦牛精子以及西門塔爾牛精子為材料,通過RT-PCR克隆了包含PRDM1基因編碼區(qū)的cDNA序列。將克隆獲得的青海高原牦牛PRDM1基因的cDNA與黃牛相應(yīng)序列進(jìn)行比對,對青海高原牦牛PRDM1蛋白與其他物種PRDM1蛋白進(jìn)行序列比對和進(jìn)化樹分析,對青海高原牦牛PRDM1蛋白的特性和結(jié)構(gòu)進(jìn)行預(yù)測。熒光定量檢測青海高原牦牛淋巴結(jié),90日齡胎兒頭部皮膚,牦牛精子以及西門塔爾牛精子中PRDM1基因mRNA表達(dá)量。結(jié)果顯示,克隆獲得青海高原牦牛PRDM1基因該部分cDNA片段長度為761bp,其中PRDM1基因編碼區(qū)長741bp,編碼246個氨基酸;序列分析顯示,克隆獲得的牦牛cDNA序列與黃牛該序列存在3個堿基的變異;青海高原牦牛PRDM1蛋白與黃牛、野牦牛、綿羊、馬相應(yīng)序列同源性分別是99.0%,99.0%,97.0%,92.0%;各物種PRDM1蛋白進(jìn)化樹符合物種進(jìn)化規(guī)律。包含卷曲螺旋等典型結(jié)構(gòu)域,人甲基轉(zhuǎn)移酶蛋白結(jié)構(gòu)域PR蛋白1具有94%的相似性,人甲基轉(zhuǎn)移酶蛋白結(jié)構(gòu)域PR蛋白10具有36%的相似性,具有SET結(jié)構(gòu)域活性。青海高原牦牛PRDM1... 

【文章來源】：中國獸醫(yī)學(xué)報. 2017,37(04)北大核心CSCD

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圖１青海高原牦牛ＰＲＤＭ１基因ＰＣＲ擴(kuò)增產(chǎn)物電泳圖Ｍ．ＤＬ２０００ＤＮＡＭａｒｋｅｒ；１～５．ＰＲＤＭ１基因

后得到預(yù)期７６１ｂｐ長片段。克隆所得青海高原牦牛ＰＲＤＭ１與黃牛ＰＲＤＭ１（登錄號：ＮＭ＿００１１９２９３６．１）ｍＲＮＡ序列進(jìn)行同源性分析比對，存在３個堿基突變，該ｃＤＮＡ片段位置１０Ｔ＞Ｇ，青海高原牦牛在黃牛該ｃＤＮＡ片段位置１０與１１之間增加１個Ｇ，７５５與７５６之間增加１個Ｃ（圖２）。圖１青海高原牦牛ＰＲＤＭ１基因ＰＣＲ擴(kuò)增產(chǎn)物電泳圖Ｍ．ＤＬ２０００ＤＮＡＭａｒｋｅｒ；１～５．ＰＲＤＭ１基因圖２青海高原牦牛ＰＲＤＭ１基因部分ＣＤＳ區(qū)核苷酸序列同源性分析２．２核苷酸序列分析結(jié)果使用ＮＣＢＩＯＲＦＦｉｎｄ－ｅｒ?qū)寺〉玫降年笈＃校遥模停被蛐蛄羞M(jìn)行開放閱讀框分析，得知本片段含有１個長為７４１ｂｐ的開放閱讀框，編碼２４６個氨基酸，起始密碼子為ＡＴＧ（圖３）。用ＢＬＡＳＴ對不同物種ＰＲＤＭ１基因的核７４８中國獸醫(yī)學(xué)報２０１７年４月第３７卷第４期ＣｈｉｎＪＶｅｔＳｃｉＡｐｒ．２０１７Ｖｏｌ．３７Ｎｏ．４

９０１６０７．１）、綿羊（ＸＭ＿０１２１８２７０５．１）、馬（ＸＭ＿００１５０１８２４．３）相應(yīng)序列同源性分別是９９．０％，９９．０％，９７．０％，９２．０％。圖３ＰＲＤＭ１基因部分編碼區(qū)編碼的氨基酸２．３青海高原牦牛ＰＲＤＭ１基因發(fā)育樹應(yīng)用Ｍｅｇａ６．０軟件中的ＮＪ法構(gòu)建生物進(jìn)化樹。構(gòu)建完成發(fā)育樹后發(fā)現(xiàn)，克隆得到的青海高原牦牛ＰＲＤＭ１片段與黃牛ＰＲＤＭ１基因歸為一類，藏羚羊、山羊與綿羊歸為一類，人與小鼠歸為一類（圖４）。圖４基于ＰＲＤＭ１基因編碼區(qū)序列構(gòu)建的發(fā)育樹２．３氨基酸序列２．３．１理化性質(zhì)利用ＰｒｏｔＰａｒａｍ軟件分析牦牛ＰＲＤＭ１基因編碼蛋白的基本理化性質(zhì)，該蛋白相對分子質(zhì)量為２７１９５．５，理論等電點(diǎn)為１１．８。含有２０種氨基酸，其中含量最高的分別是Ａｌａ（１９．９％）和Ｔｈｒ（１４．５％），含量最低的是Ｔｒｐ（１．０％）（表２）；含有負(fù)電荷的殘基為８個，正電荷殘基３９個；分子形式Ｃ１１９７Ｈ１９４０Ｎ３７０Ｏ３３１Ｓ１２，相對分子質(zhì)量３８５０，其水溶液在２８０ｎｍ處的消光系數(shù)為４３３４５，肽鏈Ｎ末端為Ｃ（Ｃｙｓ）。該蛋白不穩(wěn)定系數(shù)為５３．２，屬于不穩(wěn)定蛋白。該蛋白脂溶指數(shù)和總平均疏水指數(shù)分別為６７．１，－０．５０７。表２ＰＲＤＭ１基因編碼蛋白氨基酸含量％序號氨基酸含量１丙氨酸（Ａｌａ）５．０２精氨酸（Ａｒｇ）１２．０３天冬酰胺（Ａｓｎ）２．５４天冬氨酸（Ａｓｐ）０．４５半胱氨酸（Ｃｙｓ

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]中國牦牛業(yè)發(fā)展現(xiàn)狀及對策分析[J]. 郭憲,閻萍,梁春年,裴杰,曾玉峰,包鵬甲.  中國牛業(yè)科學(xué). 2009(02)



本文編號：3415875