旨在對綿羊INSL3基因組織表達規(guī)律與潛在功能位點進行分析。本研究首先利用RT-PCR和實時熒光定量PCR技術(shù)對健康、角型正常、1歲的小尾寒羊成年母羊和公羊各3只的INSL3組織表達規(guī)律進行研究,隨后利用10個品種重測序數(shù)據(jù)分析INSL3基因區(qū)域主成分（PCA）和功能位點。定量結(jié)果顯示,INSL3基因在卵巢和睪丸中表達最高,在軟角也表達,公羊睪丸表達量極顯著高于母羊卵巢組織（P<0.01）,公羊軟角組織表達顯著高于母羊（P<0.05）,結(jié)合公母羊角的大小差異,說明該基因可能與角有關(guān)。PCA結(jié)果顯示,該區(qū)域一定程度上按角的有無進行品種聚類,進一步說明該區(qū)域可能與角有關(guān)。功能位點分析發(fā)現(xiàn),4個潛在SNPs位點在有角和無角群體中存在顯著性差異分布,其中SNP1處于KDM1A轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點上,SNP3位于ESR1結(jié)合位點,SNP6存在于終止子區(qū)域。同時還發(fā)現(xiàn)一個錯義突變和同義突變。本研究表明,綿羊INSL3基因可能既與公母羊角的差異有關(guān),也可能與綿羊角的有無有關(guān),并找到多個潛在功能位點,為今后研究其功能機制奠定基礎(chǔ)。 

【文章來源】：畜牧獸醫(yī)學(xué)報. 2020,51(04)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：9 頁

【部分圖文】：

INSL3基因區(qū)域SNPs差異分布(Fst)

表2 INSL3基因潛在功能位點Table 2 Potential functional loci of INSL3 gene SNP 突變類型Mutation type 位置Position 差異系數(shù)Fst 參考Reference 突變Mutation 參考等位基因頻率Reference allele frequency AM H STH T BY CB WZ OL PT VT SNP1 upstream 5 054 755 0.306 25 C G 0.55 0.65 0.80 1.00 0.60 0.95 0.95 1.00 1.00 0.95 SNP2 upstream 5 054 786 0.287 50 G A 0.25 0.45 0.40 0.75 0.50 0.65 0.65 0.60 0.75 0.80 SNP3 upstream 5 054 996 0.281 25 G T 0.85 0.95 0.75 0.50 0.65 0.50 0.60 0.60 0.65 0.70 SNP4 missense 5 057 562 0.012 50 G A 1.00 1.00 0.90 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 SNP5 synonymous 5 057 590 0.012 50 C A 1.00 0.75 0.95 0.65 0.90 0.85 0.95 1.00 0.80 0.80 SNP6 downstream 5 059 168 0.281 25 AT A 0.05 0.35 0.35 0.50 0.65 0.15 0.55 0.45 0.55 0.65本研究發(fā)現(xiàn),SNP1(5 054 755)位點處于賴氨酸特異性去甲基酶1A(lysine (K)-specific demethylase 1A,KDM1A)轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點上,KDM1A是第一個被發(fā)現(xiàn)的組蛋白去甲基化酶[39],這種酶在組織特異性分化以及卵母細胞生長中具有重要作用[40],這與本研究結(jié)果INSL3在卵巢中高表達相符,說明SNP1極可能起調(diào)控表達作用。SNP3(5 054 996) 位于雌激素受體α(ESR1)結(jié)合位點,ESR1是由雌激素激活的核受體,通過接受激素的信號來調(diào)控核內(nèi)基因的轉(zhuǎn)錄[41],雌激素是眾所周知的性激素,而INSL3基因又與生殖有關(guān),SNP3位點突變很容易改變與ESR1基因結(jié)合,進一步影響基因的表達,所以該位點也很有可能是一個功能位點。一些研究表明,3′UTR區(qū)域的SNP會影響基因的表達[42-43],而SNP6(5 059 168)處于3′UTR終止子區(qū)域,因為在有角和無角群體中存在差異分布,所以該位點也有可能是一個功能位點。

以各組織總RNA的反轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物cDNA為模板,采用普通PCR法對所設(shè)計的2對引物(INSL3、β-actin)進行擴增,經(jīng)1%的瓊脂糖凝膠電泳檢測,結(jié)果見圖1。目的基因的PCR擴增產(chǎn)物條帶清晰明亮,無雜帶,說明產(chǎn)物具有很高的特異性,同時結(jié)果表明INSL3具有廣泛性表達,在所檢測多組織中均有表達。2.2 實時熒光定量檢測INSL3基因在綿羊不同組織的表達規(guī)律

【參考文獻】：
期刊論文
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本文編號：3414009