本實(shí)驗(yàn)旨在對(duì)黑羽番鴨CAPN1基因進(jìn)行克隆和生物信息學(xué)分析,以期為改善番鴨肌肉嫩度提供參考。選取黑羽番鴨為研究對(duì)象,采集腿肌組織,提取RNA,反轉(zhuǎn)錄為cDNA,通過同源重組方法克隆CAPN1基因的編碼區(qū)序列并進(jìn)行生物信息學(xué)分析。結(jié)果顯示:黑羽番鴨CAPN1基因編碼區(qū)序列長(zhǎng)度為2 148 bp,編碼715個(gè)氨基酸;與鴨、雞、雉雞、人、豬、牛、綿羊、馬的序列進(jìn)行同源性比較,顯示核苷酸序列的同源性分別為98.70%、87.29%、86.11%、81.89%、81.62%、81.18%、81.04%、81.27%,氨基酸序列的同源性分別為99.30%、91.47%、90.63%、83.22%、83.64%、83.10%、82.96%、83.36%。系統(tǒng)進(jìn)化分析結(jié)果與傳統(tǒng)分類學(xué)結(jié)果一致。理化性質(zhì)分析表明CAPN1蛋白相對(duì)分子質(zhì)量為81 368.72 ku,理論等電點(diǎn)為5.82,亮氨酸使用頻率最高,組氨酸使用頻率最低,屬于穩(wěn)定性、親水性蛋白;存在2個(gè)跨膜螺旋區(qū),無信號(hào)肽剪切位點(diǎn),主要分布于細(xì)胞質(zhì)中。修飾結(jié)構(gòu)分析表明,該蛋白存在59個(gè)潛在的磷酸化位點(diǎn),9個(gè)O-糖基化位點(diǎn)和3個(gè)N-糖基化位點(diǎn);二級(jí)結(jié)構(gòu)... 

【文章來源】：中國(guó)畜牧雜志. 2020,56(08)北大核心

【文章頁數(shù)】：7 頁

【部分圖文】：

PCR擴(kuò)增CAPN1基因CDS區(qū)電泳結(jié)果

菌液PCR檢測(cè)結(jié)果如圖2所示，有2個(gè)菌落鑒定結(jié)果為陽性。將這2個(gè)菌落分別加入到5 mL含有氨芐青霉素的LB液體培養(yǎng)基中，37℃搖菌培養(yǎng)12 h，用于提質(zhì)粒。將提取的質(zhì)粒用Bam HI和HindIII進(jìn)行雙酶切后使用2%的瓊脂糖凝膠電泳進(jìn)行檢測(cè)，結(jié)果如圖3所示。由圖3可知，1號(hào)和2號(hào)質(zhì)粒經(jīng)Bam HI和HindIII雙酶切后，均形成了2 692 bp和2 148 bp 2個(gè)片段，檢測(cè)結(jié)果為陽性。將菌液PCR鑒定和質(zhì)粒酶切鑒定均為陽性的克隆，送北京擎科生物公司進(jìn)行測(cè)序。

將這2個(gè)菌落分別加入到5 mL含有氨芐青霉素的LB液體培養(yǎng)基中，37℃搖菌培養(yǎng)12 h，用于提質(zhì)粒。將提取的質(zhì)粒用Bam HI和HindIII進(jìn)行雙酶切后使用2%的瓊脂糖凝膠電泳進(jìn)行檢測(cè)，結(jié)果如圖3所示。由圖3可知，1號(hào)和2號(hào)質(zhì)粒經(jīng)Bam HI和HindIII雙酶切后，均形成了2 692 bp和2 148 bp 2個(gè)片段，檢測(cè)結(jié)果為陽性。將菌液PCR鑒定和質(zhì)粒酶切鑒定均為陽性的克隆，送北京擎科生物公司進(jìn)行測(cè)序。2.2 生物信息學(xué)分析

【參考文獻(xiàn)】：
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碩士論文
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本文編號(hào)：3409892