為探究與牛繁殖性狀相關(guān)的候選基因組區(qū)域和候選基因,采集97頭郟縣紅牛和32頭中國荷斯坦奶牛母牛血樣并提取基因組DNA,利用簡化基因組測序（SLAF-seq）技術(shù)獲得了其全基因組SNP標(biāo)記及個體基因型。通過計算各SNP位點的遺傳分化系數(shù)（Fst）和核苷酸多態(tài)性（πratio）,利用選擇性清除方法篩選2個品種間差異的基因組區(qū)域,并與動物QTL數(shù)據(jù)庫中牛繁殖性狀相關(guān)QTLs進(jìn)行比對,將重合區(qū)域作為候選區(qū)域。在Animal Omics Database數(shù)據(jù)庫中查看候選區(qū)域內(nèi)基因在母牛繁殖相關(guān)組織中的表達(dá)情況,將表達(dá)量高（FPKM>10）的基因優(yōu)先作為候選基因。結(jié)果顯示,根據(jù)Fst值和πratio值的99%分位數(shù)（Fst>0.390,πratio>1.49）篩選得到了42個品種間高度差異的基因組區(qū)域,其中11個基因組區(qū)域與繁殖性狀QTL重合。其中,9個基因在卵巢、輸卵管壺腹部或黃體中表達(dá)（FPKM>1）。CFDP1、CFDP2和FAM204A基因在各組織中均高表達(dá)（FPKM>10）。以上結(jié)果提示,CFDP1、CFDP2和FAM204A基因可優(yōu)先作為牛繁殖性狀相關(guān)候選... 

【文章來源】：河南農(nóng)業(yè)科學(xué). 2020,49(07)北大核心

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郟縣紅牛和中國荷斯坦奶牛品種間差異的基因組區(qū)域

表1 郟縣紅牛和中國荷斯坦奶牛品種間與繁殖性狀相關(guān)QTL重合的高差異基因組區(qū)域Tab.1 Highly diverged genomic regions between Jiaxian Red cattle and Chinese Holstein cattle which overlap with QTLs of reproductive traits 染色體Chromosome 開始位置/bpStart position 結(jié)束位置/bpEnd position Fst值Fst value π ratio值π ratio value 重合的繁殖性狀相關(guān)QTLOverlapping QTLs of reproductive traits 1 77 220 001 77 320 000 0.53 2.18 每次懷孕授精次數(shù)(QTL_28557)、懷孕率(QTL_138545) 3 80 640 001 80 780 000 0.45 1.58 產(chǎn)犢后首次發(fā)情間隔(QTL_30280、QTL_30012、QTL_30048、QTL_30312) 3 92 200 001 92 300 000 0.80 1.95 產(chǎn)犢指數(shù)(QTL_15172)、產(chǎn)犢難易度(QTL_15173)、死產(chǎn)(QTL_15174) 6 12 230 001 12 350 000 0.48 1.51 產(chǎn)犢難易度(QTL_106433) 10 37 200 001 37 340 000 0.71 1.68 分娩至懷孕間隔(QTL_126860)、產(chǎn)犢后首次發(fā)情間隔(QTL_126861)、首次至最后一次授精間隔(QTL_126862) 17 31 700 001 31 810 000 0.42 2.96 黃體活力(QTL_120318) 18 2 720 001 2 840 000 0.40 1.51 女兒懷孕率(QTL_57109)、懷孕率(QTL_ 57153)、第一次懷孕時間(QTL_127017)、產(chǎn)犢指數(shù)(QTL_30538) 18 21 540 001 21 640 000 0.39 2.12 生育指數(shù)(QTL_30537) 25 27 800 001 27 900 000 0.42 11.22 父本懷孕率(QTL_124006)、產(chǎn)犢難易度(QTL_30564) 26 16 460 001 16 570 000 0.48 1.78 第一次懷孕時間(QTL_22897) 26 38 800 001 38 990 000 0.47 2.17 產(chǎn)犢難易度(QTL_52887、QTL_52902)、女兒懷孕率(QTL_52888)、死產(chǎn)(QTL_52903)3 結(jié)論與討論

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]郟縣紅牛生長發(fā)育性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析[J]. 陳付英,牛暉,施巧婷,滑留帥,馮亞杰,徐照學(xué),王二耀.  中國牛業(yè)科學(xué). 2018(05)
[2]郟縣紅牛同期發(fā)情及超數(shù)排卵的研究[J]. 李志鋼,王新莊,于文浩,石奎林,秦瑞峰,石育銘,翟明勝,劉遠(yuǎn)哲.  中國牛業(yè)科學(xué). 2015(01)
[3]郟縣紅牛種質(zhì)資源個性描述[J]. 魏成斌,吳姣,藺萍,盛衛(wèi)東,徐照學(xué).  中國牛業(yè)科學(xué). 2013(01)

博士論文
[1]奶牛繁殖性狀遺傳參數(shù)估計與基因組預(yù)測[D]. 劉澳星.中國農(nóng)業(yè)大學(xué) 2018



本文編號：3407325