旨在對黔北麻羊視黃酸受體應(yīng)答蛋白1（retinoic acid receptor responder 1,RARRES1）基因的功能進(jìn)行初步探究。本研究首先利用PCR擴(kuò)增克隆得到黔北麻羊RARRES1基因編碼的完整序列,應(yīng)用生物信息學(xué)方法分析黔北麻羊RARRES1蛋白理化性質(zhì)、高級結(jié)構(gòu)、疏水性、氨基酸同源性及亞細(xì)胞定位,并構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹,同時(shí)應(yīng)用qRT-PCR法檢測RARRES1基因在單、多羔黔北麻羊不同組織中的表達(dá)水平,隨后構(gòu)建目的基因pEGFP-N3-RARRES1真核表達(dá)載體與pGPH1/GFP/Neo-RARRES1 RNA干擾載體,并轉(zhuǎn)染至黔北麻羊卵泡顆粒細(xì)胞,利用qRT-PCR法從細(xì)胞水平檢測并分析目的基因真核表達(dá)載體與RNA干擾載體對目的基因RARRES1及多胎性狀候選基因BMPR-IB mRNA表達(dá)的影響。qRT-PCR結(jié)果顯示,RARRES1 mRNA在卵巢中的表達(dá)量最高,單羔組黔北麻羊卵巢組織中的表達(dá)量極顯著高于多羔組（P<0.01）。生物信息學(xué)分析表明,黔北麻羊RARRES1基因共編碼289個(gè)氨基酸,RARRES1是一種定位在細(xì)胞質(zhì)中的親水性蛋白,蛋白質(zhì)二級... 

【文章來源】：畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2020,51(07)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：15 頁

【部分圖文】：

RARRES1基因mRNA在單、多羔黔北麻羊不同組織中的表達(dá)水平

菌液PCR條帶位置與PCR擴(kuò)增CDS區(qū)目的條帶位置相同且條帶明亮(圖3)。將菌液PCR中篩選出來的陽性菌液送至上海生工生物工程有限公司測序后發(fā)現(xiàn),擴(kuò)增出的黔北麻羊RARRES1基因CDS區(qū)與原序列比對后正確率高達(dá)99.8%(圖4),菌液PCR及測序結(jié)果證實(shí),黔北麻羊RARRES1基因亞克隆載體構(gòu)建成功,可用于下一步研究。2.4 黔北麻羊RARRES1基因生物信息學(xué)分析

陽性菌液測序后得到大小為949 bp的序列,包含黔北麻羊RARRES1基因CDS區(qū)全長以及部分5′UTR與3′UTR序列,本研究獲得黔北麻羊RARRES1基因的CDS區(qū)序列,與山羊 (Capra hircus)原序列相比,比對成功率達(dá)到99.8%,黔北麻羊RARRES1基因CDS區(qū)共發(fā)生兩處突變,第一處為第662位A→G突變,第二處為第679位T→G突變,但兩處突變均為同義突變,沒有引起氨基酸的改變。隨后,利用DNA Star軟件對黔北麻羊RARRES1氨基酸編碼序列與綿羊、牛、豬、大鼠、小鼠、雞、腔棘魚、人等8個(gè)物種進(jìn)行同源性比較,結(jié)果顯示,其編碼序列與綿羊、牛、豬、大鼠、小鼠、雞、腔棘魚、人的同源性分別為99.7%、95.5%、76.0%、62.6%、62.9%、34.2%、35.6%、60.4%。利用MEGA 6.0軟件構(gòu)建不同物種RARRES1基因的系統(tǒng)進(jìn)化樹(圖5)發(fā)現(xiàn),RARRES1基因在反芻動(dòng)物中具有較高的保守性,黔北麻羊與綿羊、牛的遺傳距離相對較近,與雞、腔棘魚的遺傳距離相對較遠(yuǎn),證實(shí)RARRES1基因具有良好的種屬特異性。圖5 黔北麻羊RARRES1基因系統(tǒng)進(jìn)化樹

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本文編號：3392344