豬傳染性胃腸炎病毒HQ2016毒株全基因組測序及半巢式RT-PCR檢測方法建立
發(fā)布時間：2021-08-20 10:49
豬傳染性胃腸炎病毒（Transmissible gastroenteritis virus,TGEV）作為豬傳染性胃腸炎病原,是一種急性、高度接觸性傳染病,該病以嘔吐、水樣腹瀉、脫水和對兩周齡內死亡率較高（通常為100%）為特征。TGEV常在每年冬季和春季呈暴發(fā)流行,給養(yǎng)豬業(yè)造成較大的經濟損失。為了獲得臨床分離毒株TGEV HQ2016全基因組序列,本研究利用Illumina二代測序法對TGEV HQ2016毒株進行全基因組測序,該毒株全序列長度為28 585 nt,全序列由5’端到3’端符合ORF（1a/1b）-S-3a-3b-sM-M-N-ORF7’的順序。全序列分析顯示TGEV HQ2016毒株核苷酸序列與AYU、HX、WH-1、PUR46-MAD、Purdue毒株同源性最高（100%）。全基因組進化樹顯示TGEV HQ2016毒株與Purdue普系毒株親緣關系較近,與Miller譜系毒株的親緣關系較遠。重組性分析結果顯示,TGEV HQ2016毒株中不存在重組區(qū)域。為建立一種檢測豬傳染性胃腸炎病毒的半巢式RT-PCR方法,本研究利用TGEV HQ2016與已發(fā)表于GenBank...
【文章來源】：黑龍江八一農墾大學黑龍江省
【文章頁數(shù)】：72 頁
【學位級別】：碩士
【部分圖文】：
TGEVS基因結構特點
豬傳染性胃腸炎病毒HQ2016毒株全基因組測序及半巢式RT-PCT檢測方法建立14AHHF、H16為丙氨酸，JS2012、attentuatedH、MillerM6、TS、PUR46-MAD為絲氨酸（圖2-3）。序列分析表明TGEVHQ2016毒株在E、M和N中均沒有缺失或者插入，核苷酸與Purdue群的毒株比較也沒有發(fā)現(xiàn)突變。圖2-1TGEVS基因結構特點Fig.2-1ThepropertyofTGEVSgene在1123nt-1128nt的位置TGEVHQ2016毒株與AYU、SC-Y、SHS、HX、WH-1、PUR46-MAD、HE-1、PurdueP115、Z、HB、Mex-145、Purdue相同，缺失6nt的核苷酸（圖2-1）The6ntdeletioninSgeneofAYU,SC-Y,SHSB,HX,WH-1,PUR46-MAD、HE-1,PurdueP115,Z,HB,Mex-145andPurduewasfoundintheTGEVHQ2016stain(Fig.2-1).GroupPurdueGroupMiller圖2-2TGEVS基因結構特點Fig.2-2ThepropertyofTGEVSgeneTGEVHQ2016毒株在2387-2389nt位置不存在連續(xù)3nt的核苷酸缺失現(xiàn)象與attentuatedH、H16、AHHF不同（圖2-2）。The3ntdeletioninSgenewasnotfountintheTGEVHQ2016strain,WhichhasfoundinstrainvirulentPurdue、AHHF、JS2012(Fig.2-2).GroupPurdueGroupMiller
TGEVHQ2016的全基因組分析15GroupPurdueGroupMiller圖2-3TGEVS基因結構特點Fig.2-3ThepropertyofTGEVSgene在585位氨基酸，HQ2016、AYU、SC-Y、SHSB、HX、WH-1、HE-1、PurdueP115、Z、HB、Mex-145、Purdue、Virulent-Purdue、AHHF、H16為丙氨酸，JS2012、attentuatedH、MillerM6、TS、PUR46-MAD為絲氨酸（圖2-3）。TGEVHQ2016strainhadaalaineresidueatacide585ofSprotein,whichwasaslobeenfoundintheAYU,SC-Y,SHSB,HX,WH-1,PUR46-MAD,HE-1,PurdueP115,Z,HB,Mex-145,Purdue,Virulent-Purdue,AHHF,H16,whilethevirulentpurdue,JS2012,attentuatedH,MillerM6,TShadaserineresidue(Fig.2-3).2.3.3非結構基因分析TGEVHQ2016毒株的ORF1a基因分別編碼4017個氨基酸和ORF1b編碼2068個氨基酸，序列分析結果表明本實驗毒株ORF3a編碼71個氨基酸，ORF3b編碼244個氨基酸，Miller譜系毒株attenuatedH，H16，MillerM6，TS和JS2012在ORF3a的起始密碼子“ATG”前有16nt的缺失，在終止密碼子“TAA”前和29nt的缺失，而TGEVHQ2016毒株與Purdue群相同不存在這兩個位置的缺失（圖2-4）。GroupPurduedGroupMiller
【參考文獻】：
期刊論文
[1]豬傳染性胃腸炎病毒RT-PCR檢測方法的建立及應用[J]. 杜雅楠,李靜,劉艷成,杜鵬,包福祥. 動物醫(yī)學進展. 2019(09)
[2]基于DPO引物檢測豬傳染性胃腸炎病毒real-time RT-PCR方法的建立及應用[J]. 王以欣,王紫微,王麗,姜艷平,崔文,周晗,喬薪瑗,唐麗杰,李一經,徐義剛. 中國獸醫(yī)學報. 2019(08)
[3]雞細小病毒半巢式PCR檢測方法的建立及初步應用[J]. 奉彬,謝芝勛,張艷芳,黃嬌玲,王盛,范晴,黃莉,謝麗基,曾婷婷,羅思思,鄧顯文,謝志勤,劉加波,宋中寶,林二克. 中國畜牧獸醫(yī). 2017(05)
[4]應用巢式PCR法檢測豬單個胚胎中的基因突變[J]. 任紅艷,肖紅衛(wèi),李曉敏,徐振宇,畢延震,華再東,鄭新民. 中國畜牧獸醫(yī). 2016(10)
[5]豬瘟病毒巢式RT-PCR檢測方法的建立與應用[J]. 劉梅芬,王淑娟,閆若潛,王東方,曹偉偉,趙雪麗,李勤楠,李寧. 中國畜牧獸醫(yī). 2016(09)
[6]國內首株豬德爾塔冠狀病毒（Porcine deltacoronavirus）的分離鑒定[J]. 陳建飛,王瀟博,焦賀勛,時洪艷,張鑫,劉建波,石達,馮力. 中國預防獸醫(yī)學報. 2016(03)
[7]豬傳染性胃腸炎的診治[J]. 周興忠,張金玉. 中國畜牧獸醫(yī)文摘. 2016(03)
[8]豬傳染性胃腸炎的綜合防治[J]. 郭一學. 湖北畜牧獸醫(yī). 2016(02)
[9]豬傳染性胃腸炎免疫膠體金診斷試劑條的研制[J]. 常亮,陳伯祥,楊明,李杰,豆林濤. 畜牧獸醫(yī)雜志. 2014(06)
[10]豬傳染性胃腸炎病毒、豬流行性腹瀉病毒和豬博卡病毒多重PCR檢測方法的建立[J]. 焦洋,姜焱,王凱民,張常印,雷治海,唐泰山. 動物醫(yī)學進展. 2013(08)
碩士論文
[1]豬傳染性胃腸炎病毒膠體金免疫層析試紙條的研制[D]. 暢丹.東北農業(yè)大學 2008
[2]豬傳染性胃腸炎病毒四川分離株的分離鑒定及S基因片段克隆和序列分析[D]. 孫志勇.四川農業(yè)大學 2005
本文編號：3353360
【文章來源】：黑龍江八一農墾大學黑龍江省
【文章頁數(shù)】：72 頁
【學位級別】：碩士
【部分圖文】：
TGEVS基因結構特點
豬傳染性胃腸炎病毒HQ2016毒株全基因組測序及半巢式RT-PCT檢測方法建立14AHHF、H16為丙氨酸，JS2012、attentuatedH、MillerM6、TS、PUR46-MAD為絲氨酸（圖2-3）。序列分析表明TGEVHQ2016毒株在E、M和N中均沒有缺失或者插入，核苷酸與Purdue群的毒株比較也沒有發(fā)現(xiàn)突變。圖2-1TGEVS基因結構特點Fig.2-1ThepropertyofTGEVSgene在1123nt-1128nt的位置TGEVHQ2016毒株與AYU、SC-Y、SHS、HX、WH-1、PUR46-MAD、HE-1、PurdueP115、Z、HB、Mex-145、Purdue相同，缺失6nt的核苷酸（圖2-1）The6ntdeletioninSgeneofAYU,SC-Y,SHSB,HX,WH-1,PUR46-MAD、HE-1,PurdueP115,Z,HB,Mex-145andPurduewasfoundintheTGEVHQ2016stain(Fig.2-1).GroupPurdueGroupMiller圖2-2TGEVS基因結構特點Fig.2-2ThepropertyofTGEVSgeneTGEVHQ2016毒株在2387-2389nt位置不存在連續(xù)3nt的核苷酸缺失現(xiàn)象與attentuatedH、H16、AHHF不同（圖2-2）。The3ntdeletioninSgenewasnotfountintheTGEVHQ2016strain,WhichhasfoundinstrainvirulentPurdue、AHHF、JS2012(Fig.2-2).GroupPurdueGroupMiller
TGEVHQ2016的全基因組分析15GroupPurdueGroupMiller圖2-3TGEVS基因結構特點Fig.2-3ThepropertyofTGEVSgene在585位氨基酸，HQ2016、AYU、SC-Y、SHSB、HX、WH-1、HE-1、PurdueP115、Z、HB、Mex-145、Purdue、Virulent-Purdue、AHHF、H16為丙氨酸，JS2012、attentuatedH、MillerM6、TS、PUR46-MAD為絲氨酸（圖2-3）。TGEVHQ2016strainhadaalaineresidueatacide585ofSprotein,whichwasaslobeenfoundintheAYU,SC-Y,SHSB,HX,WH-1,PUR46-MAD,HE-1,PurdueP115,Z,HB,Mex-145,Purdue,Virulent-Purdue,AHHF,H16,whilethevirulentpurdue,JS2012,attentuatedH,MillerM6,TShadaserineresidue(Fig.2-3).2.3.3非結構基因分析TGEVHQ2016毒株的ORF1a基因分別編碼4017個氨基酸和ORF1b編碼2068個氨基酸，序列分析結果表明本實驗毒株ORF3a編碼71個氨基酸，ORF3b編碼244個氨基酸，Miller譜系毒株attenuatedH，H16，MillerM6，TS和JS2012在ORF3a的起始密碼子“ATG”前有16nt的缺失，在終止密碼子“TAA”前和29nt的缺失，而TGEVHQ2016毒株與Purdue群相同不存在這兩個位置的缺失（圖2-4）。GroupPurduedGroupMiller
【參考文獻】：
期刊論文
[1]豬傳染性胃腸炎病毒RT-PCR檢測方法的建立及應用[J]. 杜雅楠,李靜,劉艷成,杜鵬,包福祥. 動物醫(yī)學進展. 2019(09)
[2]基于DPO引物檢測豬傳染性胃腸炎病毒real-time RT-PCR方法的建立及應用[J]. 王以欣,王紫微,王麗,姜艷平,崔文,周晗,喬薪瑗,唐麗杰,李一經,徐義剛. 中國獸醫(yī)學報. 2019(08)
[3]雞細小病毒半巢式PCR檢測方法的建立及初步應用[J]. 奉彬,謝芝勛,張艷芳,黃嬌玲,王盛,范晴,黃莉,謝麗基,曾婷婷,羅思思,鄧顯文,謝志勤,劉加波,宋中寶,林二克. 中國畜牧獸醫(yī). 2017(05)
[4]應用巢式PCR法檢測豬單個胚胎中的基因突變[J]. 任紅艷,肖紅衛(wèi),李曉敏,徐振宇,畢延震,華再東,鄭新民. 中國畜牧獸醫(yī). 2016(10)
[5]豬瘟病毒巢式RT-PCR檢測方法的建立與應用[J]. 劉梅芬,王淑娟,閆若潛,王東方,曹偉偉,趙雪麗,李勤楠,李寧. 中國畜牧獸醫(yī). 2016(09)
[6]國內首株豬德爾塔冠狀病毒（Porcine deltacoronavirus）的分離鑒定[J]. 陳建飛,王瀟博,焦賀勛,時洪艷,張鑫,劉建波,石達,馮力. 中國預防獸醫(yī)學報. 2016(03)
[7]豬傳染性胃腸炎的診治[J]. 周興忠,張金玉. 中國畜牧獸醫(yī)文摘. 2016(03)
[8]豬傳染性胃腸炎的綜合防治[J]. 郭一學. 湖北畜牧獸醫(yī). 2016(02)
[9]豬傳染性胃腸炎免疫膠體金診斷試劑條的研制[J]. 常亮,陳伯祥,楊明,李杰,豆林濤. 畜牧獸醫(yī)雜志. 2014(06)
[10]豬傳染性胃腸炎病毒、豬流行性腹瀉病毒和豬博卡病毒多重PCR檢測方法的建立[J]. 焦洋,姜焱,王凱民,張常印,雷治海,唐泰山. 動物醫(yī)學進展. 2013(08)
碩士論文
[1]豬傳染性胃腸炎病毒膠體金免疫層析試紙條的研制[D]. 暢丹.東北農業(yè)大學 2008
[2]豬傳染性胃腸炎病毒四川分離株的分離鑒定及S基因片段克隆和序列分析[D]. 孫志勇.四川農業(yè)大學 2005
本文編號：3353360
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