山羊產(chǎn)業(yè)是我國畜牧業(yè)的重要組成部分,隨著人們生活水平的提高,人們對羊肉的需求量不斷增加。因此,為了提高山羊的個體產(chǎn)肉量,研究探索山羊肌肉生長發(fā)育的調(diào)控機理成為了熱點。而miRNA,作為一類廣泛存在于真核生物中的具有調(diào)控作用的非編碼小分子RNA,已有大量研究表明其可通過表達量的改變影響靶基因的轉(zhuǎn)錄水平或蛋白表達量,而且miRNA還被證實還參與多種細胞的增殖、分化及凋亡等過程,且有研究表明相關(guān)候選miRNA通過作用于骨骼肌衛(wèi)星細胞來調(diào)控動物肌肉的生長發(fā)育。本研究基于已公布的簡州大耳羊胎兒不同發(fā)育階段背最長肌組織的全基因組miRNA差異表達研究結(jié)果,選擇差異顯著的候選小RNA miR-206（P<0.01）作為研究對象,以大足黑山羊骨骼肌衛(wèi)星細胞（SMSC）為研究材料,通過過表達體系構(gòu)建,研究miR-206對體外培養(yǎng)SMSC增殖與分化的調(diào)控作用,并進一步篩選和驗證該miRNA可能作用的靶基因及其互作關(guān)系,為山羊肌肉生長發(fā)育的分子遺傳機制研究提供基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。本研究的主要內(nèi)容及其結(jié)果如下:1.miR-206在大足黑山羊不同組織間的表達譜和原位雜交定位研究。利用熒光定量PCR分別檢測胎兒期75... 

【文章來源】：西南大學(xué)重慶市 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：61 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

實驗技術(shù)路線圖

西南大學(xué)碩士學(xué)位論文23圖3-1轉(zhuǎn)錄組文庫構(gòu)建技術(shù)路線圖Fig.3-1Technicalroadmapfortranscriptomelibraryconstruction3.2.10.3高通量測序數(shù)據(jù)分析數(shù)據(jù)質(zhì)控：為了保證數(shù)據(jù)質(zhì)量，要在信息分析前對原始數(shù)據(jù)進行數(shù)據(jù)過濾，以減少無效數(shù)據(jù)所來帶的分析干擾。首先，我們對下機的rawreads利用fastp[89](https://github.com/OpenGene/fastp)進行質(zhì)控，過濾低質(zhì)量數(shù)據(jù)（過濾標準見下文），得到cleanreads。reads過濾的步驟如下:（1）去除含adapter的reads（2）去除含N比例大于10%的reads（3）去除全部都是A堿基的reads（4）去除低質(zhì)量reads(質(zhì)量值Q≤20的堿基數(shù)占整條read的50％以上)。數(shù)據(jù)經(jīng)過過濾后，我們將分析堿基的組成及質(zhì)量分布，以直觀展示數(shù)據(jù)質(zhì)量情況。堿基組成越平衡，質(zhì)量越高，后續(xù)分析則越準確。比對參考基因組：通過TopHat2[90](version2.0.3.12)將得到的cleanreads比對到山羊的參考基因組(GCA_001704415.1ARS1，https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/10731?genome_assembly_id=281266)，通過這個，我們可以將測序得到的reads對應(yīng)到基因及基因組上，用于后續(xù)分析差異表達基因(DEGs)分析：為了識別樣本或組間差異表達的基因，使用了edgeR軟件包(http://www.rproject.org/)。我們在比較中確定了重復(fù)變化≥2和錯誤

DEGs注釋Fig.3-2DEGsAnnotation

【參考文獻】：
期刊論文
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[2]miR-206靶向調(diào)控TIMP3影響RA-FLS遷移及侵襲的研究[J]. 王慧,劉家歡,周瑋,楊潔,沈維干,張育.  揚州大學(xué)學(xué)報(農(nóng)業(yè)與生命科學(xué)版). 2019(06)
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[6]CircRNA4736通過“海綿狀”吸附miR-206調(diào)控Seipin介導(dǎo)的線粒體自噬在缺血性腦卒中再灌注損傷的分子機制[J]. 禹文峰.  中國藥理學(xué)與毒理學(xué)雜志. 2019(06)
[7]腔隙性腦梗死伴腦白質(zhì)病變患者血清miR-206、BDNF水平與認知功能受損的關(guān)系[J]. 吳小楊,黃艮彬,沈沸.  現(xiàn)代醫(yī)學(xué). 2019(01)
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[9]骨骼肌衛(wèi)星細胞增殖與成肌分化過程中關(guān)鍵信號通路的作用[J]. 鄭琪,睢夢華,凌英會.  畜牧獸醫(yī)學(xué)報. 2017(11)
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博士論文
[1]保元湯調(diào)控AT1-CARP通路抑制心室重構(gòu)防治心梗后心衰的作用機制研究[D]. 孟慧.北京中醫(yī)藥大學(xué) 2019
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[3]秦川牛肌肉生長發(fā)育相關(guān)基因和蛋白質(zhì)的篩選及其初步鑒定[D]. 賀花.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2014

碩士論文
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[2]microRNA-128對牛骨骼肌衛(wèi)星細胞增殖和成肌分化的調(diào)控機制研究[D]. 代陽.天津農(nóng)學(xué)院 2016
[3]miRNA-101a對山羊骨骼肌衛(wèi)星細胞增殖與分化調(diào)控作用研究[D]. 李丹丹.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2015
[4]敲低錨定重復(fù)區(qū)域1（Ankrdl）通過抑制p53活化和線粒體功能障礙減少心肌細胞凋亡[D]. 沈亮.南方醫(yī)科大學(xué) 2015
[5]MiR-1和miR-133在山羊骨骼肌組織和細胞中的表達規(guī)律及功能研究[D]. 王麗娟.安徽農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
[6]miR-206對牛骨骼肌衛(wèi)星細胞分化的影響研究[D]. 魯明.東北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2013
[7]羊肌細胞生成素（MyoG）基因的克隆、表達及成肌活性研究[D]. 許峰.揚州大學(xué) 2011



本文編號：3336954