山羊產(chǎn)業(yè)是我國(guó)畜牧業(yè)的重要組成部分,隨著人們生活水平的提高,人們對(duì)羊肉的需求量不斷增加。因此,為了提高山羊的個(gè)體產(chǎn)肉量,研究探索山羊肌肉生長(zhǎng)發(fā)育的調(diào)控機(jī)理成為了熱點(diǎn)。而miRNA,作為一類廣泛存在于真核生物中的具有調(diào)控作用的非編碼小分子RNA,已有大量研究表明其可通過(guò)表達(dá)量的改變影響靶基因的轉(zhuǎn)錄水平或蛋白表達(dá)量,而且miRNA還被證實(shí)還參與多種細(xì)胞的增殖、分化及凋亡等過(guò)程,且有研究表明相關(guān)候選miRNA通過(guò)作用于骨骼肌衛(wèi)星細(xì)胞來(lái)調(diào)控動(dòng)物肌肉的生長(zhǎng)發(fā)育。本研究基于已公布的簡(jiǎn)州大耳羊胎兒不同發(fā)育階段背最長(zhǎng)肌組織的全基因組miRNA差異表達(dá)研究結(jié)果,選擇差異顯著的候選小RNA miR-206（P<0.01）作為研究對(duì)象,以大足黑山羊骨骼肌衛(wèi)星細(xì)胞（SMSC）為研究材料,通過(guò)過(guò)表達(dá)體系構(gòu)建,研究miR-206對(duì)體外培養(yǎng)SMSC增殖與分化的調(diào)控作用,并進(jìn)一步篩選和驗(yàn)證該miRNA可能作用的靶基因及其互作關(guān)系,為山羊肌肉生長(zhǎng)發(fā)育的分子遺傳機(jī)制研究提供基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。本研究的主要內(nèi)容及其結(jié)果如下:1.miR-206在大足黑山羊不同組織間的表達(dá)譜和原位雜交定位研究。利用熒光定量PCR分別檢測(cè)胎兒期75... 

【文章來(lái)源】：西南大學(xué)重慶市 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：61 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

實(shí)驗(yàn)技術(shù)路線圖

西南大學(xué)碩士學(xué)位論文23圖3-1轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)構(gòu)建技術(shù)路線圖Fig.3-1Technicalroadmapfortranscriptomelibraryconstruction3.2.10.3高通量測(cè)序數(shù)據(jù)分析數(shù)據(jù)質(zhì)控：為了保證數(shù)據(jù)質(zhì)量，要在信息分析前對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行數(shù)據(jù)過(guò)濾，以減少無(wú)效數(shù)據(jù)所來(lái)帶的分析干擾。首先，我們對(duì)下機(jī)的rawreads利用fastp[89](https://github.com/OpenGene/fastp)進(jìn)行質(zhì)控，過(guò)濾低質(zhì)量數(shù)據(jù)（過(guò)濾標(biāo)準(zhǔn)見(jiàn)下文），得到cleanreads。reads過(guò)濾的步驟如下:（1）去除含adapter的reads（2）去除含N比例大于10%的reads（3）去除全部都是A堿基的reads（4）去除低質(zhì)量reads(質(zhì)量值Q≤20的堿基數(shù)占整條read的50％以上)。數(shù)據(jù)經(jīng)過(guò)過(guò)濾后，我們將分析堿基的組成及質(zhì)量分布，以直觀展示數(shù)據(jù)質(zhì)量情況。堿基組成越平衡，質(zhì)量越高，后續(xù)分析則越準(zhǔn)確。比對(duì)參考基因組：通過(guò)TopHat2[90](version2.0.3.12)將得到的cleanreads比對(duì)到山羊的參考基因組(GCA_001704415.1ARS1，https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/10731?genome_assembly_id=281266)，通過(guò)這個(gè)，我們可以將測(cè)序得到的reads對(duì)應(yīng)到基因及基因組上，用于后續(xù)分析差異表達(dá)基因(DEGs)分析：為了識(shí)別樣本或組間差異表達(dá)的基因，使用了edgeR軟件包(http://www.rproject.org/)。我們?cè)诒容^中確定了重復(fù)變化≥2和錯(cuò)誤

DEGs注釋Fig.3-2DEGsAnnotation

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]不同地方豬種背部皮下脂肪中miR-206差異表達(dá)研究[J]. 陶璇,顧以韌,楊雪梅,梁艷,何志平,鐘志君,楊躍奎,曾凱,陳曉暉,王言,龔建軍,應(yīng)三成,呂學(xué)斌.  養(yǎng)豬. 2020(01)
[2]miR-206靶向調(diào)控TIMP3影響RA-FLS遷移及侵襲的研究[J]. 王慧,劉家歡,周瑋,楊潔,沈維干,張育.  揚(yáng)州大學(xué)學(xué)報(bào)(農(nóng)業(yè)與生命科學(xué)版). 2019(06)
[3]MiRNA-206通過(guò)抑制CDK9表達(dá)對(duì)鼻咽癌CNE2細(xì)胞的生長(zhǎng)及轉(zhuǎn)移的影響[J]. 王曉輝,沙樹(shù)奎,閆嘉俊,姚明月.  臨床與病理雜志. 2019(10)
[4]選擇性剪接多聚嘧啶結(jié)合蛋白及其同源蛋白與惡性腫瘤相關(guān)性的研究進(jìn)展[J]. 王娟,龍喜帶.  右江醫(yī)學(xué). 2019(10)
[5]血清miR-222和miR-206水平與女性阿爾茨海默病患者認(rèn)知和運(yùn)動(dòng)功能的關(guān)系及其在診斷中的價(jià)值[J]. 易全民,漆瓊蔚,劉璐,范文瀾.  臨床精神醫(yī)學(xué)雜志. 2019(04)
[6]CircRNA4736通過(guò)“海綿狀”吸附miR-206調(diào)控Seipin介導(dǎo)的線粒體自噬在缺血性腦卒中再灌注損傷的分子機(jī)制[J]. 禹文峰.  中國(guó)藥理學(xué)與毒理學(xué)雜志. 2019(06)
[7]腔隙性腦梗死伴腦白質(zhì)病變患者血清miR-206、BDNF水平與認(rèn)知功能受損的關(guān)系[J]. 吳小楊,黃艮彬,沈沸.  現(xiàn)代醫(yī)學(xué). 2019(01)
[8]家養(yǎng)動(dòng)物肌肉發(fā)育相關(guān)基因的研究進(jìn)展[J]. 文逸凡,賀花,宋成創(chuàng),彭術(shù)軍,雷初朝,陳宏,黃永震.  基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2018(07)
[9]骨骼肌衛(wèi)星細(xì)胞增殖與成肌分化過(guò)程中關(guān)鍵信號(hào)通路的作用[J]. 鄭琪,睢夢(mèng)華,凌英會(huì).  畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2017(11)
[10]安淮山羊骨骼肌衛(wèi)星細(xì)胞的分離培養(yǎng)與鑒定[J]. 鄭琪,睢夢(mèng)華,朱龍,吳昊,丁建平,張運(yùn)海,凌英會(huì).  安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 2017(02)

博士論文
[1]保元湯調(diào)控AT1-CARP通路抑制心室重構(gòu)防治心梗后心衰的作用機(jī)制研究[D]. 孟慧.北京中醫(yī)藥大學(xué) 2019
[2]豬骨骼肌miRNA轉(zhuǎn)錄組分析及miR-486功能的初步研究[D]. 郭曉萍.廣西大學(xué) 2015
[3]秦川牛肌肉生長(zhǎng)發(fā)育相關(guān)基因和蛋白質(zhì)的篩選及其初步鑒定[D]. 賀花.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2014

碩士論文
[1]染色質(zhì)重塑復(fù)合物INO80對(duì)ANKRD1表達(dá)調(diào)控作用的研究[D]. 于超.吉林大學(xué) 2018
[2]microRNA-128對(duì)牛骨骼肌衛(wèi)星細(xì)胞增殖和成肌分化的調(diào)控機(jī)制研究[D]. 代陽(yáng).天津農(nóng)學(xué)院 2016
[3]miRNA-101a對(duì)山羊骨骼肌衛(wèi)星細(xì)胞增殖與分化調(diào)控作用研究[D]. 李丹丹.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2015
[4]敲低錨定重復(fù)區(qū)域1（Ankrdl）通過(guò)抑制p53活化和線粒體功能障礙減少心肌細(xì)胞凋亡[D]. 沈亮.南方醫(yī)科大學(xué) 2015
[5]MiR-1和miR-133在山羊骨骼肌組織和細(xì)胞中的表達(dá)規(guī)律及功能研究[D]. 王麗娟.安徽農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
[6]miR-206對(duì)牛骨骼肌衛(wèi)星細(xì)胞分化的影響研究[D]. 魯明.東北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2013
[7]羊肌細(xì)胞生成素（MyoG）基因的克隆、表達(dá)及成肌活性研究[D]. 許峰.揚(yáng)州大學(xué) 2011



本文編號(hào)：3336954