為鑒定自然感染的綿羊肺腺瘤腫瘤組織與綿羊健康肺組織之間的差異表達基因（DEGs）,本研究采用Illumina Hiseq 4000高通量RNA-seq測序技術(shù)對自然感染的綿羊肺腺瘤腫瘤組織及綿羊健康肺組織進行轉(zhuǎn)錄組測序和生物信息學(xué)分析。參考綿羊基因組（Ovis_aries₃.1.88）對測序結(jié)果進行拼接與質(zhì)量評估,測序數(shù)據(jù)處理后獲得DEGs,上調(diào)的DEGs和下調(diào)的DEGs分別利用GO數(shù)據(jù)庫進行富集分析。結(jié)果顯示:自然感染的綿羊肺腺瘤腫瘤組織與綿羊健康肺組織比較,DEGs共有366個,其中上調(diào)的DEGs 154個,下調(diào)的DEGs 212個。通過GO功能富集分析,表達上調(diào)的DEGs主要富集于L-亮氨酸跨膜轉(zhuǎn)運蛋白活性、銅還原酶活性、 NADH脫氫酶活性、 NAD+二磷酸酶活性、磷酸蛋白酶活性的負調(diào)控、 Nem1-Spo7磷酸酶復(fù)合物等生物學(xué)功能;表達下調(diào)的DEGs主要富集于Ⅲ型轉(zhuǎn)化生長因子β受體結(jié)合、DNA導(dǎo)向聚合酶活性、胃氣化趨同延伸、面部發(fā)育等生物學(xué)功能。隨機選取7個DEGs利用RT-qPCR方法驗證,結(jié)果顯示這7個DEGs的轉(zhuǎn)錄水平與上述結(jié)果... 

【文章來源】：中國預(yù)防獸醫(yī)學(xué)報. 2020,42(10)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：7 頁

【部分圖文】：

DEGs的RT-q PCR驗證

通過從RNA-Seq產(chǎn)生的高質(zhì)量序列鑒定DEGs，結(jié)果顯示，對比綿羊參考基因組，6個檢測樣本擁有共同注釋基因15 304個。在OPA患羊肺腫瘤組織中發(fā)現(xiàn)了366個DEGs，其中154個表達上調(diào)基因，212個表達下調(diào)基因（圖1A),366個DEGs對應(yīng)2 143個差異轉(zhuǎn)錄本，其中1 360個表達上調(diào)轉(zhuǎn)錄本，783個表達下調(diào)轉(zhuǎn)錄本（圖1B）。以上數(shù)據(jù)表明，自然感染OPA羊肺腫瘤組織與健康羊肺組織之間存在大量DEGs，可作進一步功能富集分析。2.3 自然感染OPA羊肺腫瘤組織與健康羊肺組織DEGs的GO功能分類

【參考文獻】：
期刊論文
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本文編號：3308914