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約克夏豬卵巢黃體期到卵泡期轉(zhuǎn)變的關(guān)鍵miRNA的篩選與功能分析

發(fā)布時(shí)間:2021-07-21 07:47
  為探明miRNA在豬卵巢動(dòng)態(tài)變化和發(fā)情周期中的調(diào)控作用,并篩選出一些重要的miRNA可被用于后續(xù)研究以提高母豬繁殖力,本試驗(yàn)采用高通量測(cè)序的方法,鑒定了約克夏母豬卵巢卵泡期(FP)和黃體期(LP)miRNA的表達(dá)譜及其差異性表達(dá)情況,預(yù)測(cè)其潛在的候選miRNA,并對(duì)miRNA的靶基因進(jìn)行了GO富集分析和KEGG通路分析;挑選了重要的候選miR-214初步探索了其在發(fā)情周期中豬卵巢和顆粒細(xì)胞中的表達(dá)情況。主要研究結(jié)果如下:⑴對(duì)約克夏母豬黃體期和卵泡期卵巢小RNA文庫(kù)進(jìn)行了高通量測(cè)序。FP組共獲得10-12百萬(wàn)條原始序列,LP組共獲得13-16百萬(wàn)條原始序列。經(jīng)質(zhì)量處理后FP組共獲得9-10百萬(wàn)條純凈序列,LP組共獲得10-13百萬(wàn)條純凈序列,分別占到原始序列的77-93%和75-84%;⑵通過(guò)數(shù)據(jù)分析,本次測(cè)序在兩組文庫(kù)中共檢出801個(gè)miRNAs,其中629個(gè)miRNAs在兩組中共表達(dá),73個(gè)miRNAs在LP組特異性表達(dá),99個(gè)miRNAs在FP組特異性表達(dá)。差異分析發(fā)現(xiàn)共有112個(gè)差異表達(dá)的miRNAs,其中有25個(gè)miRNAs在LP組上調(diào),87個(gè)miRNAs在LP組下調(diào)。⑶對(duì)11... 

【文章來(lái)源】:安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)安徽省

【文章頁(yè)數(shù)】:58 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】:碩士

【部分圖文】:

約克夏豬卵巢黃體期到卵泡期轉(zhuǎn)變的關(guān)鍵miRNA的篩選與功能分析


小RNA文庫(kù)構(gòu)建示意圖

流程圖,數(shù)據(jù)分析,流程圖,序列


.2.3 測(cè)序原始數(shù)據(jù)處理原始序列通過(guò)質(zhì)量評(píng)估后保留堿基長(zhǎng)度在 18-26nt 的高質(zhì)量序列,并將其比RNA,RFam 和 Rebase 數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行分類注釋。將剩余包含 miRNA 的組分owtie比對(duì)到miRBase21.0中Sus scrofa或其它選定物種的(Homo sapiens、Bos an troglodytes、Macaca mulatta、Pongo pygmaeus、Canis familiaris、Mus muscquus caballus、Rattus norvegicus、Gorilla gorilla、Cricetulus griseus、Monoomestica、Ornithorhynchus anatinus、Pan paniscus、Ovis aries、Macaca nemesagothrix lagotricha、Ateles geoffroyi、Saguinus labiatus、Lemur catta、Sarcophilus 體上,從而鑒定出已知的 miRNA。除此以外的其它仍未鑒定出的序列則進(jìn)一與基因組比對(duì),預(yù)測(cè) new miRNA,具體過(guò)程如圖 1-2。

甲醛,質(zhì)量評(píng)價(jià),樣本圖,樣本


M 泳道為 marker,1-3 泳道為 FP 組 RNA 樣本,4-6 泳道為 LP 組 RNA 樣本圖 2-1 甲醛變性瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)Figure 2-1 Total RNA image by formaldehyde gel electrophoresis圖 2-2 Bioanalyzer 2100 檢測(cè)Figure 2-2 Total RNA image by Bioanalyzer 2100表 2-1 總 RNA 質(zhì)量評(píng)價(jià)Table 2-1 Evaluation of total RNAqualityample ID OD 260/280 28S/18S RNAIntegrty

【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]MiRNA-351在小鼠卵泡發(fā)育中的調(diào)控作用實(shí)驗(yàn)[J]. 董靜文,黃青.  中國(guó)醫(yī)藥科學(xué). 2016(13)
[2]miR-29a促進(jìn)小鼠子宮內(nèi)膜的蛻膜化[J]. 張鵬,范立青.  中山大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)科學(xué)版). 2016(01)
[3]miRNA-29在胰島素抵抗與卵泡發(fā)育研究中的進(jìn)展[J]. 方穎,楊曉葵.  北京醫(yī)學(xué). 2014(11)

博士論文
[1]基于卵巢RNA組學(xué)鑒定影響豬產(chǎn)仔數(shù)性狀的候選基因及microRNA[D]. 黃龍.安徽農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[2]cAMP調(diào)控小鼠卵母細(xì)胞第一次減數(shù)分裂和原始卵泡形成[D]. 王怡婧.中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué) 2015

碩士論文
[1]單、多羔山羊卵巢差異表達(dá)miRNA篩選與分析[D]. 郭曉飛.安徽農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014



本文編號(hào):3294622

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