為發(fā)掘影響禽類早期快速生長(zhǎng)的關(guān)鍵基因,本研究通過對(duì)緩慢生長(zhǎng)的藏雞和快速生長(zhǎng)的白羽肉雞垂體組織RNA表達(dá)譜進(jìn)行測(cè)序及比較分析,篩選與生長(zhǎng)發(fā)育相關(guān)的候選基因,并對(duì)篩選到的候選基因做進(jìn)一步研究。以42日齡雌性藏雞與白羽肉雞為研究對(duì)象,每個(gè)品種的雞選取3個(gè)重復(fù)樣本,采用RNA-seq技術(shù)和生物信息學(xué)方法測(cè)定藏雞和白羽肉雞垂體組織RNA表達(dá)譜,對(duì)差異表達(dá)基因進(jìn)行GO（Gene Ontology）分析、KEGG分析,篩選影響早期生長(zhǎng)發(fā)育相關(guān)的候選基因,之后利用Western blot對(duì)候選基因?qū)?yīng)蛋白進(jìn)行亞細(xì)胞定位,利用實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)構(gòu)建相關(guān)候選基因的組織表達(dá)譜和時(shí)序表達(dá)譜。結(jié)果顯示:1.42日齡雌性藏雞和白羽肉雞垂體組織RNA表達(dá)譜測(cè)序結(jié)果各轉(zhuǎn)錄本Q30均在90%以上,轉(zhuǎn)錄本文庫質(zhì)量好。各轉(zhuǎn)錄本中預(yù)測(cè)到的新轉(zhuǎn)錄本長(zhǎng)度均在700 bp以上,其中最長(zhǎng)的含有30個(gè)外顯子,最短的僅含有1個(gè)外顯子。兩個(gè)品種雞的可變剪切體均以IR（內(nèi)含子保留）剪切體模型所占比列高（≈50%）。各轉(zhuǎn)錄本SNP中轉(zhuǎn)換型（A-G/C-T）SNP位點(diǎn)分布占76%,顛換型（A-C/A-T/C-G/G-T）SNP位點(diǎn)占24%。... 

【文章來源】：西南民族大學(xué)四川省

【文章頁數(shù)】：87 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

EGR家族4名成員示意圖（Roseline,2008）

dot: Genes without differential expression (Same in MA). The X-axis represents the fold change(FC) and the Y-axis represents significant.圖2-1 差異表達(dá)基因火山圖Fig.2-1 Volcano plot of differentially expressed genes

橫坐標(biāo)代表表達(dá)強(qiáng)度，縱坐標(biāo)代差異倍數(shù)。The Y-axis represents the expression level and the X-axis represents the fold change (FC)圖2-2 差異表達(dá)基因MA圖Fig.2-2 MA plot of differentially expressed genes2.6 GO 功能顯著性富集分析GO 富集分析發(fā)現(xiàn)，在細(xì)胞組分中 22 個(gè)基因得到了注釋結(jié)果，對(duì)應(yīng)了 48 個(gè)功能亞分類；分子功能中 20 個(gè)基因得到了注釋結(jié)果，對(duì)應(yīng)了 48 個(gè)功能亞分類；生物過程中 23 個(gè)基因得到了注釋，對(duì)應(yīng)了 242 個(gè)功能亞分類。圖 2-3 列出了部分顯著富集的 GO 條目：可以發(fā)現(xiàn)在細(xì)胞組分中，22 個(gè)差異基因主要富集于細(xì)胞（cell）、細(xì)胞部分（cell part）、膜（membrane）以及細(xì)胞器（organelle）條目上；在分子功能中，20 個(gè)差異基因主要富集在結(jié)合（binding）、催化活性（catalyticactivity）以及轉(zhuǎn)運(yùn)活性（transporteractivity）條目上；在生物過程中，23 個(gè)差異基因主要富集于單一生物過程（single-organism process）、生物調(diào)節(jié)（biologicalregulation）以及細(xì)胞過程（cellular process）上。


本文編號(hào)：3293786