為探明藏黃牛對低氧適應(yīng)的相關(guān)差異表達基因并分析差異表達基因功能和代謝通路,以藏黃牛和三江黃牛心臟組織為研究對象,提取總RNA,建立測序文庫后利用Illumina HiSeqTM 4000進行測序,經(jīng)生物信息學分析篩選出差異表達轉(zhuǎn)錄本,并對差異表達基因進行GO富集和KEGG通路分析,最后采用熒光定量PCR（RT-qPCR）驗證測序數(shù)據(jù)的準確性。結(jié)果表明:藏黃牛相比于三江黃牛得到顯著差異表達基因608個,其中上調(diào)基因467個,下調(diào)基因141個,推測表達量較高的B2M、COX7C、NFATC1、ECE1、CAST基因是與低氧適應(yīng)性相關(guān)的基因;差異轉(zhuǎn)錄本GO功能富集分析可知,在分子功能、細胞組分、生物過程分別富集到327,253,2 191個條目,其中富集程度最高的條目分別是細胞發(fā)育過程、結(jié)合與轉(zhuǎn)錄因子活性、細胞前緣。KEGG分析結(jié)果表明,差異轉(zhuǎn)錄本顯著富集在8條通路,篩選低氧適應(yīng)性候選基因NFATC1是MP-PKG信號通路與T細胞受體信號通路成員,推測其通過cGMP-PKG通路與T細胞受體信號通路參與低氧適應(yīng)性調(diào)控。采用高通量測序技術(shù)對藏黃牛和三江黃牛心臟組織進行轉(zhuǎn)錄組測序分析,獲得大量差異... 

【文章來源】：華北農(nóng)學報. 2020,35(02)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：11 頁

【部分圖文】：

差異可變剪切分類和數(shù)量統(tǒng)計圖

對所有樣本轉(zhuǎn)錄本的表達量豐度進行比較,其中橫坐標為log10(FPKM),數(shù)值越高表示轉(zhuǎn)錄本表達量越高;縱坐標為轉(zhuǎn)錄本的豐度,即為對應(yīng)橫軸表達量的轉(zhuǎn)錄本數(shù) / 檢測已表達轉(zhuǎn)錄本的總數(shù)。結(jié)果如圖2顯示,三江黃牛3個樣本的轉(zhuǎn)錄本表達量豐度明顯高于藏黃牛樣本轉(zhuǎn)錄本的表達量。根據(jù)FPKM計算結(jié)果對轉(zhuǎn)錄本表達量進行計算,根據(jù)結(jié)果計算出各樣品之間的相關(guān)性(圖3)。以三江黃牛樣本1與2組比較為例,r2值為0.973 7,表明其重復(fù)性高,數(shù)據(jù)準確且穩(wěn)定。藏黃牛樣本的相關(guān)性系數(shù)r2平均值為0.889 0,三江黃牛樣本的相關(guān)性系數(shù)r2平均值為0.972 6。

根據(jù)FPKM計算結(jié)果對轉(zhuǎn)錄本表達量進行計算,根據(jù)結(jié)果計算出各樣品之間的相關(guān)性(圖3)。以三江黃牛樣本1與2組比較為例,r2值為0.973 7,表明其重復(fù)性高,數(shù)據(jù)準確且穩(wěn)定。藏黃牛樣本的相關(guān)性系數(shù)r2平均值為0.889 0,三江黃牛樣本的相關(guān)性系數(shù)r2平均值為0.972 6。2.5 mRNA差異表達分析

【參考文獻】：
期刊論文
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碩士論文
[1]不同海拔高度來源山羊心肌、肺和背最長肌的轉(zhuǎn)錄組比較分析[D]. 李菁.四川農(nóng)業(yè)大學 2016
[2]西藏藏豬耐低氧基因ECE1的分子克隆及其表達分析[D]. 王延東.山東農(nóng)業(yè)大學 2016



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