發(fā)布時間：2021-07-15 09:16

　　馬和驢是馬屬動物兩個極為重要的物種,其共同祖先出現(xiàn)于上新世時期。直到230萬年前仍然存在從馬向驢的基因流。馬和驢的物種分離是在極短的時間內(nèi)快速完成的,這促使其形成了染色體間劇烈的結(jié)構(gòu)變異和基因組序列間的高度相似。馬和驢兩個獨(dú)立的物種雜交能夠產(chǎn)騾,母騾甚至具有產(chǎn)駒的能力。這些突出的特點(diǎn),使得馬、驢和騾成為研究大型哺乳動物異種雜交的遺傳基礎(chǔ),以及異源基因組不相容調(diào)控的分子機(jī)制,非常有價值的模型。為了在基因組和轉(zhuǎn)錄組水平評估馬、驢雜交對騾機(jī)體適應(yīng)性的影響,同時探索騾協(xié)調(diào)馬和驢基因組不協(xié)調(diào)的分子機(jī)制。第一,我們利用Illumina測序平臺對1個馬屬動物家系的全血樣品進(jìn)行全基因組測序,并以純血馬基因組為參考,以馬和驢雙親基因組序列信息為輔助,分析騾SNP的遺傳多樣性;采用深度測序的方法,分析騾CNV的遺傳多樣性,并對相關(guān)基因進(jìn)行富集分析。第二,利用Illumina測序平臺對3個馬屬動物家系的全血樣品進(jìn)行RNA-Seq測序,并利用PacBio測序平臺對該家系騾的全血樣品進(jìn)行全長轉(zhuǎn)錄組測序,分析騾在全長轉(zhuǎn)錄本水平發(fā)生的突變、基因間嵌合、物種間嵌合等結(jié)構(gòu)變異,并對相關(guān)基因進(jìn)行富集分析。第三,利用RNA... 

【文章來源】：內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)內(nèi)蒙古自治區(qū)

【文章頁數(shù)】：127 頁

【學(xué)位級別】：博士

【部分圖文】：

圖３兩款軟件識別ＳＮＰｓ的韋恩圖??Ｆｉｇ．３?Ｖｅｎｎ?ｄｉａｇｒａｍ?ｏｆ?ＳＮＰｓ?ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ?ｂｙ?ｔｗｏ?ｓｏｆｔｗａｒｅｓ??

３２?基于馬屬動物家系基因組研究異種雜交不相容的遺傳基礎(chǔ)???兩個軟件共同識別驢、馬和騾的ＩｎＤｅｌ數(shù)分別為２３５０４６８、４７６６６１和２０５６１４７，??見圖４。同樣，驢和騾的ＩｎＤｅｌ數(shù)量要明顯高于馬，這符合蒙古馬和純血馬的親??緣關(guān)系更近，騾是繼承了驢ＩｎＤｅｌ的雜合個體。??／＾ｎｙ＾＾Ｈｎ＾??圖４兩款軟件識別ＩｎＤｅｌ的韋恩圖??Ｆｉｇ．４?Ｖｅｎｎ?ｄｉａｇｒａｍ?ｏｆ?ＩｎＤｅｌ?ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ?ｂｙ?ｔｗｏ?ｓｏｆｔｗａｒｅｓ??注：Ａ是指驢；Ｂ是指馬；Ｃ是指騾。??２．２．３?ＳＮＰ?注釋??采用ＡＮＮＯＶＡＲ軟件對ＳＮＰ位點(diǎn)進(jìn)行注釋［１４７］。ＳＮＰ注釋結(jié)果見表８。??

色?ｄ？１８?．?＇■．丨?＾??體部？?？，■■??ｆ?Ｈ１?■．．．，上??蘚４－：一．＇－，．．．．．．．．．，．．．｜，＇．／．一??ｇｇｊ?一?：?ｔ?，．－Ｔ?Ｍ?．?．?，?？？?Ｙｖ：，?「??＊＾＊＂１?．?ｉ?■?？?ｌ?＇＇．？ｒ?Ｉ￣￣？?．?■■?Ｉ?？＊?，?１?？?＊?■?？?■?￣Ｉ?！＇■??Ｉ?Ｉ?Ｔ?１?ｌ??０?５０?１００?１５０?２００??染色體位置（Ｍｂ）??圖５?ＣＮＶｓ的染色體分布??Ｆｉｇ．５?Ｔｈｅ?ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ?ｏｆ?ＣＮＶｓ??在２４８６１３８４個ＳＮＰｓ位點(diǎn)中，屏蔽掉重復(fù)序列和在本家系中孟德爾遺傳模??式的ＳＮＰｓ后，其中９７１３２個ＳＮＰｓ位點(diǎn)，在本家系中為有效ＳＮＰｓ，８７７３４個ＳＮＰｓ??位點(diǎn)在騾核基因組中為ＭＩＥｓ。屏蔽掉注釋到ＣＮＶＲ的ＳＮＰｓ后（見圖６），其中??３１１０８個ＳＮＰｓ的基因型（Ｇｅｎｏｔｙｐｅ，?ＧＴ）還被ＶａｒＳｃａｎ軟件識別，顯示從親本到子??代基因組的孟德爾遺傳錯誤，其中１４１２１個遺傳自驢，而另外１６９８７個遺傳自馬，??詳細(xì)見表９。??２５００－??ｆ?＿?■??ｉｓｏｏ－??丄??１?２００ｔ?ｍｍｍ??１?Ｉ?—??Ｅｘｏｍｅ?ＣＮＶｓ??圖６?ＭＩＥ?ＳＮＰｓ在外顯子和ＣＮＶｓ的分布??Ｆｉｇ．６?Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ?ｏｆ?ＭＩＥ?ＳＮＰｓ?ｉｎ?ｅｘｏｎｓ?ａｎｄ?ＣＮＶｓ??

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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碩士論文
[1]基于轉(zhuǎn)錄組測序探究騾子雜種優(yōu)勢的遺傳機(jī)制[D]. 高山.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2019
[2]騾父母本基因表達(dá)特征及功能[D]. 王艷欣.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2018



本文編號：3285425