香豬具有性成熟早、產(chǎn)仔數(shù)少的繁殖特點(diǎn),是中國小型地方豬種�；蚪M高頻變異基因研究的目的,是通過比較香豬與梅山豬、杜洛克同一位點(diǎn)的等位基因頻率差異,篩選出香豬與其他豬種高度分化的SNPs或In Dels。為了得到與香豬性狀相關(guān)的高頻變異基因,選擇了與香豬繁殖、體型、肉質(zhì)、抗逆等性狀有明顯差異的梅山豬和杜洛克作為參照,對香豬高頻變異基因進(jìn)行研究分析。獲得香豬外顯子上SNPs和In Dels共245,486個(gè),其中,導(dǎo)致基因所編碼蛋白質(zhì)的氨基酸序列發(fā)生改變的SNPs和InDels有99,459個(gè),影響多個(gè)氨基酸序列的SNPs和InDels有7,562個(gè),影響單個(gè)氨基酸的SNPs和InDels有93,457個(gè)。鑒定了1,138個(gè)香豬高頻變異,影響926個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因,其中,影響基因編碼蛋白質(zhì)的單個(gè)氨基酸的高頻變異有449個(gè),影響基因編碼蛋白質(zhì)的多個(gè)氨基酸的高頻變異有82個(gè)。使用AS-PCR方法和Sanger測序方法,驗(yàn)證位于6個(gè)基因的10個(gè)香豬高度分化SNPs或In Dels,驗(yàn)證結(jié)果與重測序結(jié)果一致,鑒定了10個(gè)位點(diǎn)均為香豬與梅山豬、杜洛克高度分化的SNPs或InDels。對926個(gè)香豬高... 

【文章來源】：貴州大學(xué)貴州省 211工程院校

【文章頁數(shù)】：74 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

5 AS-PCR引物設(shè)計(jì)原理3’倒數(shù)第二位堿基不匹配,為人為引入的錯(cuò)配,以提高AS-PCR的特異性

使用Annovar軟件分別注釋26頭香豬(XP)、24頭梅山豬(MS)和24頭杜洛克(DU)的SNPs和InDels(表3.1.1)。注釋后得到的,香豬、梅山豬和杜洛克豬位于外顯子上的SNPs和InDels分別為245,486個(gè)、146,365個(gè)和127,316個(gè)。其中,導(dǎo)致基因所編碼蛋白質(zhì)的氨基酸序列發(fā)生改變的SNPs和InDels分別有99,459個(gè)、58,015個(gè)和50,968個(gè),影響多個(gè)氨基酸序列的SNPs和InDels分別有7,562個(gè)、4,780個(gè)、4,708個(gè),影響單個(gè)氨基酸的SNPs和InDels有93,457個(gè)、54,088個(gè)、47,001個(gè)。同義SNV雖然不會使氨基酸序列發(fā)生改變,但由于tRNA發(fā)生了改變,不同的tRNA數(shù)量不同,也會影響氨基酸序列的編碼效率,從而調(diào)控該基因的表達(dá)。香豬、梅山豬和杜洛克豬注釋后得到的位于外顯子上的同義SNV分別是144,467個(gè)、87,492個(gè)和75,607個(gè)。各種突變在香豬、梅山豬和杜洛克豬中具有相似的占比情況(圖3.1.1),與以往報(bào)道的SNPs和InDels注釋情況一致。占比最大的是同義SNV,其次是非同義SNV;InDels個(gè)數(shù)明顯比SNPs個(gè)數(shù)少。圖3.1.2各條染色體SNPs和InDels分布a.香豬(XP)、梅山豬(MS)和杜洛克(DU)外顯子上的SNPs+InDels在基因組各條染色體上的分布,黃色的為參考基因組Sscrofa11.1的長度(bp)除以10,000,作為比例參考;b.縱坐標(biāo)(‰)=SNPs+InDels個(gè)數(shù)/參考基因組染色體長度,表示各條染色體平均1 kb上的SNPs和InDels個(gè)數(shù)。

2各條染色體SNPs和InDels分布a.香豬(XP)、梅山豬(MS)和杜洛克(DU)外顯子上的SNPs+InDels在基因組各條染色體上的分布,黃色的為參考基因組Sscrofa11.1的長度(bp)除以10,000,作為比例參考;b.縱坐標(biāo)(‰)=SNPs+InDels個(gè)數(shù)/參考基因組染色體長度,表示各條染色體平均1 kb上的SNPs和InDels個(gè)數(shù)。

【參考文獻(xiàn)】：
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本文編號：3268422