香豬具有性成熟早、產仔數(shù)少的繁殖特點,是中國小型地方豬種�；蚪M高頻變異基因研究的目的,是通過比較香豬與梅山豬、杜洛克同一位點的等位基因頻率差異,篩選出香豬與其他豬種高度分化的SNPs或In Dels。為了得到與香豬性狀相關的高頻變異基因,選擇了與香豬繁殖、體型、肉質、抗逆等性狀有明顯差異的梅山豬和杜洛克作為參照,對香豬高頻變異基因進行研究分析。獲得香豬外顯子上SNPs和In Dels共245,486個,其中,導致基因所編碼蛋白質的氨基酸序列發(fā)生改變的SNPs和InDels有99,459個,影響多個氨基酸序列的SNPs和InDels有7,562個,影響單個氨基酸的SNPs和InDels有93,457個。鑒定了1,138個香豬高頻變異,影響926個蛋白質編碼基因,其中,影響基因編碼蛋白質的單個氨基酸的高頻變異有449個,影響基因編碼蛋白質的多個氨基酸的高頻變異有82個。使用AS-PCR方法和Sanger測序方法,驗證位于6個基因的10個香豬高度分化SNPs或In Dels,驗證結果與重測序結果一致,鑒定了10個位點均為香豬與梅山豬、杜洛克高度分化的SNPs或InDels。對926個香豬高... 

【文章來源】：貴州大學貴州省 211工程院校

【文章頁數(shù)】：74 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

5 AS-PCR引物設計原理3’倒數(shù)第二位堿基不匹配,為人為引入的錯配,以提高AS-PCR的特異性

使用Annovar軟件分別注釋26頭香豬(XP)、24頭梅山豬(MS)和24頭杜洛克(DU)的SNPs和InDels(表3.1.1)。注釋后得到的,香豬、梅山豬和杜洛克豬位于外顯子上的SNPs和InDels分別為245,486個、146,365個和127,316個。其中,導致基因所編碼蛋白質的氨基酸序列發(fā)生改變的SNPs和InDels分別有99,459個、58,015個和50,968個,影響多個氨基酸序列的SNPs和InDels分別有7,562個、4,780個、4,708個,影響單個氨基酸的SNPs和InDels有93,457個、54,088個、47,001個。同義SNV雖然不會使氨基酸序列發(fā)生改變,但由于tRNA發(fā)生了改變,不同的tRNA數(shù)量不同,也會影響氨基酸序列的編碼效率,從而調控該基因的表達。香豬、梅山豬和杜洛克豬注釋后得到的位于外顯子上的同義SNV分別是144,467個、87,492個和75,607個。各種突變在香豬、梅山豬和杜洛克豬中具有相似的占比情況(圖3.1.1),與以往報道的SNPs和InDels注釋情況一致。占比最大的是同義SNV,其次是非同義SNV;InDels個數(shù)明顯比SNPs個數(shù)少。圖3.1.2各條染色體SNPs和InDels分布a.香豬(XP)、梅山豬(MS)和杜洛克(DU)外顯子上的SNPs+InDels在基因組各條染色體上的分布,黃色的為參考基因組Sscrofa11.1的長度(bp)除以10,000,作為比例參考;b.縱坐標(‰)=SNPs+InDels個數(shù)/參考基因組染色體長度,表示各條染色體平均1 kb上的SNPs和InDels個數(shù)。

2各條染色體SNPs和InDels分布a.香豬(XP)、梅山豬(MS)和杜洛克(DU)外顯子上的SNPs+InDels在基因組各條染色體上的分布,黃色的為參考基因組Sscrofa11.1的長度(bp)除以10,000,作為比例參考;b.縱坐標(‰)=SNPs+InDels個數(shù)/參考基因組染色體長度,表示各條染色體平均1 kb上的SNPs和InDels個數(shù)。

【參考文獻】：
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