本項研究采用第二代超高通量DNA測序技術結合生物信息學的方法,對來源于內(nèi)蒙古阿爾巴斯型白絨山羊的絨毛生長期與靜息期三個皮膚部位的樣本進行了深度的轉(zhuǎn)錄組測序,并運用de novo的方法對其皮膚轉(zhuǎn)錄組進行從頭組裝,隨后對這兩個時期所出現(xiàn)的差異表達基因進行了深入系統(tǒng)的分析,以便更加深入地了解絨山羊絨毛生長的分子機理,找出潛在的可能與絨毛生長相關的基因,為今后進一步進行功能驗證提供理論依據(jù)。1.絨山羊皮膚轉(zhuǎn)錄組的高通量測序及de novo組裝及組裝效果評估在絨山羊絨毛生長期和靜息期分別取兩只雌性阿爾巴斯絨山羊個體的腹部、體側和背部皮膚共計6個樣本,進行RNA-Seq文庫的構建和Illumina/Solexa高通量測序。共得到2億8千多萬條100bp的讀段,從頭組裝得到57,568條長度大于300bp的轉(zhuǎn)錄本序列。這些轉(zhuǎn)錄本序列長度總和達到53Megabase,平均長度928bp,N50長度1,397bp。將57,568條轉(zhuǎn)錄組序列與NCBI的非冗余蛋白數(shù)據(jù)庫進行比對,其中有24,640條為陽性。隨后對轉(zhuǎn)錄組序列的蛋白質(zhì)編碼區(qū)進行從頭預測,共發(fā)現(xiàn)24,058個蛋白質(zhì)編碼序列。從頭預測的蛋白質(zhì)編碼... 

【文章來源】：內(nèi)蒙古大學內(nèi)蒙古自治區(qū) 211工程院校

【文章頁數(shù)】：102 頁

【學位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
縮略詞表
前言
    參考文獻
第一部分 文獻綜述
    一.毛囊的結構及功能
    二.毛囊發(fā)育的分子基礎
    三.絨山羊毛囊結構及形態(tài)發(fā)生過程的研究
    四.篩選差異表達基因的常用技術
    參考文獻
第二部分 研究論文
    第一章 絨山羊皮膚轉(zhuǎn)錄組文庫的構建、高通量測序、序列分析
        摘要
        引言
        1 材料與方法
            1.1 材料
            1.2 方法
        2 結果
        3 討論及結論
        參考文獻
    第二章 基于從頭組裝皮膚轉(zhuǎn)錄組序列的絨毛生長期與靜息期基因表達譜的構建及差異基因表達分析
        摘要
        引言
        1 材料與方法
            1.1 材料
            1.2 方法
        2 結果
        3 討論及結論
        參考文獻
    第三章 基于云南黑山羊基因組序列的絨毛生長期與靜息期基因差異表達分析
        摘要
        引言
        1 材料與方法
            1.1 材料
            1.2 方法
        2 結果
        3 討論及結論
        參考文獻
結論
實驗主要創(chuàng)新點及后續(xù)工作建議
致謝
發(fā)表論文



本文編號：3240447