繁殖力是肉羊生產(chǎn)中重要經(jīng)濟(jì)性狀之一,對(duì)種公羊進(jìn)行早期選育有助于提高肉羊群體繁殖力,進(jìn)而提升經(jīng)濟(jì)效益。睪丸作為雄性動(dòng)物特有的生殖器官,其大小與精子的質(zhì)量及數(shù)量都緊密相關(guān);并且睪丸大小遺傳力高,易于測(cè)定,被認(rèn)為是遺傳改良公畜繁殖力最有效的指標(biāo)。然而睪丸的發(fā)育是一個(gè)精細(xì)又復(fù)雜的過程,對(duì)該過程進(jìn)行深入解析有助于更加深入地了解睪丸的發(fā)育過程,因此本研究利用三代全長轉(zhuǎn)錄組和iTRAQ技術(shù)對(duì)湖羊初生（M0）、3月齡（M3）、12月齡（M12）以及6月齡大睪丸（M6L）和小睪丸（M6S）的全長轉(zhuǎn)錄組和蛋白組分析,篩選與湖羊睪丸發(fā)育相關(guān)的蛋白,并且選擇了9個(gè)候選基因開展SNPs掃描,篩選與睪丸大小相關(guān)的SNPs。本論文得到的研究結(jié)果如下:（1）將不同發(fā)育階段,包括M0、M3、M12以及M6L和M6S組睪丸混合進(jìn)行三代全長轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。共獲得一致性序列209832條,去除冗余轉(zhuǎn)錄本后有86660條序列,平均長度為2337bp,其中新轉(zhuǎn)錄本68297條。使用NR、Swissprot、GO、COG/KOG、Pfam和KEGG數(shù)據(jù)庫進(jìn)行注釋,注釋到62218條新轉(zhuǎn)錄本。對(duì)新轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行結(jié)構(gòu)分析,預(yù)測(cè)到46180個(gè)S... 

【文章來源】：蘭州大學(xué)甘肅省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：127 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

ROI長度分布

蘭州大學(xué)碩士學(xué)位論文湖羊睪丸發(fā)育和大小相關(guān)基因的鑒定及SNPs的篩選16圖2-1ROI長度分布Figure2-1ThedistributionofROIreadslength圖2-2ROI質(zhì)量值分布情況Figure2-2ThedistributionofROIreadsquality注：橫坐標(biāo)：ROI質(zhì)量值分布；左側(cè)縱坐標(biāo)：ROI序列質(zhì)量頻數(shù)分布直方圖；右側(cè)縱坐標(biāo)：大于相應(yīng)質(zhì)量值的堿基數(shù)。Note:abscissa:ROIqualityvaluedistribution;leftordinate:ROIsequencequalityfrequencydistributionhistogram;rightordinate:basenumbergreaterthanthecorrespondingqualityvalue.

蘭州大學(xué)碩士學(xué)位論文湖羊睪丸發(fā)育和大小相關(guān)基因的鑒定及SNPs的篩選172.2.1.2測(cè)序數(shù)據(jù)的質(zhì)量評(píng)估在獲得的ROI序列中，根據(jù)是否包含5"引物，3"引物及polyA尾，可將序列分成全長序列（包含5"引物，3"引物及polyA尾）和非全長序列。其中由于片段長度過短過濾掉的ROI僅占總ROI序列的1.7%，非全長序列占27.1%（缺乏引物序列占16.7%，缺乏polyA序列占10.4%），全長非嵌合序列占總ROI的70.3%，共有472430條序列，全長嵌合序列僅占0.9%（圖2-3）。其中全長非嵌合序列長度集中在1~6kb長度范圍內(nèi)，大部分序列長度集中在5k以下（圖2-4）。圖2-3ROI序列分類Figure2-3TheclassificationofROIreads圖2-4全長非嵌合序列長度分布Figure2-4ThedistributionofFLNClength

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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博士論文
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碩士論文
[1]不同發(fā)育期綿羊睪丸差異蛋白質(zhì)組學(xué)研究[D]. 盧曾奎.甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
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本文編號(hào)：3240020