沙門氏菌sRNA GcvB調控基因篩選
發(fā)布時間：2021-06-17 12:58
為研究沙門氏菌（Salmonella）中重要的調控因子小RNA GcvB（small RNA,sRNA）對細菌的生存、毒力以及致病性的影響,篩選GcvB可能調控的靶基因。本研究采用高通量的轉錄組測序（RNA-seq）技術對沙門氏菌LT2標準株和沙門氏菌LT2 gcvB基因缺失株的mRNA進行對比分析,全面的預測GcvB的調控基因數量與種類。使用GO和KEGG等數據庫進行信息學分析,結合Target RNA2預測其相互作用位點,對篩選出的表達差異最大的Top10基因、ABC轉運蛋白通路部分基因、Target RNA2預測部分基因進行熒光定量PCR驗證,進一步分析篩選基因的主要功能及涉及的生物學過程。結果如下:1.沙門氏菌gcvB基因缺失株鑒定與生長曲線測定采用PCR方法對沙門氏菌LT2標準株及沙門氏菌LT2 gcvB基因缺失株進行鑒定,結果顯示gcvB基因序列被cat基因序列替換,小RNA GcvB已被敲除。采用比濁法測定兩株細菌的生長曲線,結果顯示沙門氏菌LT2標準株在6 h時進入對數期,在沙門氏菌LT2 gcvB缺失株3h時進入對數期,兩株菌株在12 h時進入平臺期,表明小RNA G...
【文章來源】：貴州大學貴州省 211工程院校
【文章頁數】：84 頁
【學位級別】：碩士
【部分圖文】：
小RNAGcvB模式圖（SharmaCM制）
A-Seq 數據處理據研究對象和研究目的不同，RNA-seq 數據的處理流程有所不同，通自單樣本或多個樣本。多個樣本的 RNA-seq 數據處理先分別處理每于每個樣本數據的處理，首先是將讀段定位到相應物種的基因組上，因組注釋文件，計算出定位到某個基因上的讀段數目，從而推測出相。但某些讀段在基因組上存在多個定位位置，為此對數據進行處理后水平。處理得到的數據進行生物信息學分析，對于有參考基因組的測學相關知識，對數據結果進行基因表達差異分析、新轉錄本預測、非翻可變剪接分析及 SSR/SNP 分析與 Non-coding RNA 分析（侯佩莉等考基因組的測序分析，應該從頭進行組裝（de novo assembling)，形成圖 1-2 RNA-seq 技術技術實驗流程（石險峰制）Figure 1-2 Experimental flow of RNA-seq technology (Shishifeng system
0 DNAMarker；1，陰性對照；2 DNA Marker; 1, negative control;圖 3-1 PCR 產物擴增結果igure 3-1 PCR product amplificatioTTAGTTTTCCAGAGCCACCATCTCTAGGTTCTACCAGCAAATACCTATAGAGGTTCTACCAGCAAATACCTATAGTAGTTTTCCAGAGCCACCATCTCT409 菌株與 10241 菌株目的序列比ram of the sequence alignment of 10241 菌株上下游同源序列；劃 and downstream homologous seq
【參考文獻】：
期刊論文
[1]轉錄組測序的發(fā)展和應用[J]. 王楚彪,盧萬鴻,林彥,羅建中. 桉樹科技. 2018(04)
[2]全轉錄組學在畜牧業(yè)中的應用[J]. 石田培,張莉. 遺傳. 2019(03)
[3]RNA-Seq技術在轉錄組研究中的應用[J]. 孫洪計,魏慧君. 中外醫(yī)學研究. 2018(20)
[4]RNA-Seq技術在動物病毒傳染病學研究中的應用[J]. 侯佩莉,王洪梅,趙貴民,何洪彬. 中國獸醫(yī)學報. 2018(06)
[5]基于RNA-seq分析Eha調控遲緩愛德華菌抵抗酸化的作用[J]. 劉念,李玉紅,鄭恩金,高大慶,陸承平. 中國人獸共患病學報. 2017(07)
[6]ABC轉運蛋白結構特點及在植物和真菌重金屬耐性中的作用與機制[J]. 曹冠華,柏旭,陳迪,張曉蓉,賀森. 農業(yè)生物技術學報. 2016(10)
博士論文
[1]基于RNA-Seq技術發(fā)現(xiàn)福氏志賀菌新sRNA及探討其致病機制研究[D]. 王立貴.中國人民解放軍軍事醫(yī)學科學院 2016
[2]高通量RNA-seq測序數據的基因表達水平分析研究[D]. 張禮.南京航空航天大學 2016
[3]基于全局轉錄組分析研究華癸中慢生根瘤菌7653R類菌體分化和固氮機理[D]. 彭杰麗.華中農業(yè)大學 2014
[4]小尾寒羊和杜泊羊臂二頭肌轉錄組及肌球蛋白輕鏈基因家族結構特征分析[D]. 張春蘭.山東農業(yè)大學 2014
碩士論文
[1]RNA-Seq數據差異表達及聚類分析研究[D]. 石險峰.南京航空航天大學 2018
[2]鴨應對DEV感染的主要免疫基因篩選[D]. 吳良濤.貴州大學 2017
[3]基于RNA-Seq數據的差異表達基因檢測算法研究[D]. 張寧.大連海事大學 2017
[4]基于RNA-Seq數據的差異表達分析研究[D]. 王黎黎.南京航空航天大學 2016
本文編號：3235238
【文章來源】：貴州大學貴州省 211工程院校
【文章頁數】：84 頁
【學位級別】：碩士
【部分圖文】：
小RNAGcvB模式圖（SharmaCM制）
A-Seq 數據處理據研究對象和研究目的不同，RNA-seq 數據的處理流程有所不同，通自單樣本或多個樣本。多個樣本的 RNA-seq 數據處理先分別處理每于每個樣本數據的處理，首先是將讀段定位到相應物種的基因組上，因組注釋文件，計算出定位到某個基因上的讀段數目，從而推測出相。但某些讀段在基因組上存在多個定位位置，為此對數據進行處理后水平。處理得到的數據進行生物信息學分析，對于有參考基因組的測學相關知識，對數據結果進行基因表達差異分析、新轉錄本預測、非翻可變剪接分析及 SSR/SNP 分析與 Non-coding RNA 分析（侯佩莉等考基因組的測序分析，應該從頭進行組裝（de novo assembling)，形成圖 1-2 RNA-seq 技術技術實驗流程（石險峰制）Figure 1-2 Experimental flow of RNA-seq technology (Shishifeng system
0 DNAMarker；1，陰性對照；2 DNA Marker; 1, negative control;圖 3-1 PCR 產物擴增結果igure 3-1 PCR product amplificatioTTAGTTTTCCAGAGCCACCATCTCTAGGTTCTACCAGCAAATACCTATAGAGGTTCTACCAGCAAATACCTATAGTAGTTTTCCAGAGCCACCATCTCT409 菌株與 10241 菌株目的序列比ram of the sequence alignment of 10241 菌株上下游同源序列；劃 and downstream homologous seq
【參考文獻】：
期刊論文
[1]轉錄組測序的發(fā)展和應用[J]. 王楚彪,盧萬鴻,林彥,羅建中. 桉樹科技. 2018(04)
[2]全轉錄組學在畜牧業(yè)中的應用[J]. 石田培,張莉. 遺傳. 2019(03)
[3]RNA-Seq技術在轉錄組研究中的應用[J]. 孫洪計,魏慧君. 中外醫(yī)學研究. 2018(20)
[4]RNA-Seq技術在動物病毒傳染病學研究中的應用[J]. 侯佩莉,王洪梅,趙貴民,何洪彬. 中國獸醫(yī)學報. 2018(06)
[5]基于RNA-seq分析Eha調控遲緩愛德華菌抵抗酸化的作用[J]. 劉念,李玉紅,鄭恩金,高大慶,陸承平. 中國人獸共患病學報. 2017(07)
[6]ABC轉運蛋白結構特點及在植物和真菌重金屬耐性中的作用與機制[J]. 曹冠華,柏旭,陳迪,張曉蓉,賀森. 農業(yè)生物技術學報. 2016(10)
博士論文
[1]基于RNA-Seq技術發(fā)現(xiàn)福氏志賀菌新sRNA及探討其致病機制研究[D]. 王立貴.中國人民解放軍軍事醫(yī)學科學院 2016
[2]高通量RNA-seq測序數據的基因表達水平分析研究[D]. 張禮.南京航空航天大學 2016
[3]基于全局轉錄組分析研究華癸中慢生根瘤菌7653R類菌體分化和固氮機理[D]. 彭杰麗.華中農業(yè)大學 2014
[4]小尾寒羊和杜泊羊臂二頭肌轉錄組及肌球蛋白輕鏈基因家族結構特征分析[D]. 張春蘭.山東農業(yè)大學 2014
碩士論文
[1]RNA-Seq數據差異表達及聚類分析研究[D]. 石險峰.南京航空航天大學 2018
[2]鴨應對DEV感染的主要免疫基因篩選[D]. 吳良濤.貴州大學 2017
[3]基于RNA-Seq數據的差異表達基因檢測算法研究[D]. 張寧.大連海事大學 2017
[4]基于RNA-Seq數據的差異表達分析研究[D]. 王黎黎.南京航空航天大學 2016
本文編號：3235238
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