豬生長相關(guān)的性狀具有很高的經(jīng)濟(jì)價(jià)值,其大部分為數(shù)量性狀,受微效多基因控制。研究表明,家畜嗅覺受體（olfactory receptor,OR）基因的遺傳變異不僅與它們的進(jìn)食行為、食物選擇和能量平衡調(diào)節(jié)有關(guān),還與一些重要生長性狀關(guān)聯(lián)。本研究擬通過全基因組拷貝數(shù)變異（copy number variation,CNV）關(guān)聯(lián)分析、數(shù)量性狀基因座（quantitative trait locu,QTL）定位方法找出影響生長性狀的OR基因,分析生長性狀與采食行為性狀的遺傳相關(guān),并通過全基因組關(guān)聯(lián)分析（genome-wide association study,GWAS）分析方法來研究采食行為是否也與OR基因相關(guān)。獲得的主要研究結(jié)果如下:1.拷貝數(shù)變異檢測(cè)及生長性狀關(guān)聯(lián)分析利用CNVcaller軟件,在591頭大白豬×民豬F2代豬群體中總共檢測(cè)到3099個(gè)CNVRs,其中,2275個(gè)CNVRs為缺失,6個(gè)為多拷貝,818個(gè)為缺失和多拷貝并存。對(duì)體長、體高、肩寬、腰寬、管圍以及180日齡體重這6個(gè)生長性狀進(jìn)行全基因CNV關(guān)聯(lián)分析發(fā)現(xiàn)5個(gè)CNVRs與F2代豬生長性狀顯著相關(guān)（P<1.61E-5）... 

【文章來源】：中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京市

【文章頁數(shù)】：86 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

OR蛋白質(zhì)分子結(jié)構(gòu)（TACHERetal.,2005）

中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院碩士學(xué)位論文第二章豬全基因組拷貝數(shù)變異檢測(cè)及生長性狀關(guān)聯(lián)分析17表2-9（續(xù)）染色體染色體長度/bpCNVRs數(shù)量/個(gè)1686898991100176970158157186122007142X1442882185672.3.5六個(gè)生長性狀CNV關(guān)聯(lián)分析利用TASSEL軟件對(duì)BL、BH、SW、WW、CCB、180dW這6個(gè)性狀進(jìn)行了CNV關(guān)聯(lián)分析，以鑒定與這6個(gè)性狀顯著相關(guān)的CNV位點(diǎn)。并采用Bonferroni方法對(duì)CNV關(guān)聯(lián)分析結(jié)果進(jìn)行多重假設(shè)檢驗(yàn)，確定了顯著性閾值為1.61E-5（0.05/3099）。全基因組CNV關(guān)聯(lián)分析6個(gè)性狀的結(jié)果如圖2-1到圖2-6所示，各性狀所對(duì)應(yīng)的QQ圖如圖2-7所示。從QQ圖中可以看出在群體未出現(xiàn)分層，能在一定程度上降低P值的假陽性率，從而使CNV關(guān)聯(lián)分析的結(jié)果更準(zhǔn)確。全基因組范圍內(nèi)共找到9個(gè)顯著性CNVRs，多個(gè)性狀關(guān)聯(lián)同一個(gè)顯著CNVR，去除重疊的CNVR后，總共有5個(gè)顯著性CNVRs，如表2-10所示。除SW和180dW未定位到顯著性CNVR，其余性狀均定位到顯著性CNVR。BL、BH、WW、CCB分別定位到的顯著性CNVRs有1、4、1和3個(gè)，而且均在7號(hào)染色體上。CNVR2091、CNVR2098、CNVR2100、CNVR2101、CNVR2102的區(qū)間大小分別為1338399、5199、2799、5799、12799bp。BH、WW、CCB性狀均定位到了CNVR2091，說明CNVR2091能同時(shí)影響B(tài)H、WW、CCB這3個(gè)性狀。圖2-1BL性狀全基因組CNV關(guān)聯(lián)分析曼哈頓圖Fig.2-1BLtraitgenome-wideCNVassociationanalysisManhattanmap圖2-2BH性狀全基因組CNV關(guān)聯(lián)分析曼哈頓圖Fig.2-2BHtraitgenome-wideCNVassociationanalysisManhattanmap

中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院碩士學(xué)位論文第二章豬全基因組拷貝數(shù)變異檢測(cè)及生長性狀關(guān)聯(lián)分析17表2-9（續(xù)）染色體染色體長度/bpCNVRs數(shù)量/個(gè)1686898991100176970158157186122007142X1442882185672.3.5六個(gè)生長性狀CNV關(guān)聯(lián)分析利用TASSEL軟件對(duì)BL、BH、SW、WW、CCB、180dW這6個(gè)性狀進(jìn)行了CNV關(guān)聯(lián)分析，以鑒定與這6個(gè)性狀顯著相關(guān)的CNV位點(diǎn)。并采用Bonferroni方法對(duì)CNV關(guān)聯(lián)分析結(jié)果進(jìn)行多重假設(shè)檢驗(yàn)，確定了顯著性閾值為1.61E-5（0.05/3099）。全基因組CNV關(guān)聯(lián)分析6個(gè)性狀的結(jié)果如圖2-1到圖2-6所示，各性狀所對(duì)應(yīng)的QQ圖如圖2-7所示。從QQ圖中可以看出在群體未出現(xiàn)分層，能在一定程度上降低P值的假陽性率，從而使CNV關(guān)聯(lián)分析的結(jié)果更準(zhǔn)確。全基因組范圍內(nèi)共找到9個(gè)顯著性CNVRs，多個(gè)性狀關(guān)聯(lián)同一個(gè)顯著CNVR，去除重疊的CNVR后，總共有5個(gè)顯著性CNVRs，如表2-10所示。除SW和180dW未定位到顯著性CNVR，其余性狀均定位到顯著性CNVR。BL、BH、WW、CCB分別定位到的顯著性CNVRs有1、4、1和3個(gè)，而且均在7號(hào)染色體上。CNVR2091、CNVR2098、CNVR2100、CNVR2101、CNVR2102的區(qū)間大小分別為1338399、5199、2799、5799、12799bp。BH、WW、CCB性狀均定位到了CNVR2091，說明CNVR2091能同時(shí)影響B(tài)H、WW、CCB這3個(gè)性狀。圖2-1BL性狀全基因組CNV關(guān)聯(lián)分析曼哈頓圖Fig.2-1BLtraitgenome-wideCNVassociationanalysisManhattanmap圖2-2BH性狀全基因組CNV關(guān)聯(lián)分析曼哈頓圖Fig.2-2BHtraitgenome-wideCNVassociationanalysisManhattanmap

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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碩士論文
[1]綿羊嗅覺受體（OR）和味覺受體（T1Rs）基因多態(tài)性研究[D]. 軒俊麗.甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016



本文編號(hào)：3224405