NGS技術(shù)用于引起奶牛乳房炎的液化沙雷菌的耐藥基因的篩選
發(fā)布時間:2021-06-10 00:42
奶牛乳房炎是成年奶牛最常見的多發(fā)性疾病,可從自發(fā)病例中分離到多種細(xì)菌、真菌、支原體。但是,許多乳房炎的臨床病例中,乳汁的細(xì)菌培養(yǎng)呈陰性。臨床型奶牛乳房炎表現(xiàn)為乳腺腫脹、發(fā)熱、疼痛或發(fā)硬;乳汁可能形成凝塊,有時帶有血液等。如今對于引起奶牛乳房的細(xì)菌的研究集中在大腸桿菌,金黃色葡萄球菌等,對于沙雷菌的研究是很少的,本研究針對廣譜耐藥的沙雷菌展開研究,采用了 OptiRead自動微生物鑒定及藥敏分析系統(tǒng)和Ion torrent S5測序儀,通過全基因組測序,分析吉林省液化沙雷菌的基因表型與耐藥表型的相關(guān)性。本課題在吉林省15個奶牛場采集300份臨床奶牛乳房炎乳樣進(jìn)行細(xì)菌分離與革蘭氏染色,然后使用OptiRead自動微生物鑒定及藥敏分析系統(tǒng)進(jìn)行鑒定及藥敏試驗(yàn),300份的乳樣中分離到了 144株革蘭氏陰性菌,其中18株為沙雷菌。然后,選擇了 8類14種抗生素進(jìn)行藥敏試驗(yàn),其中3株沙雷菌表現(xiàn)為完全耐藥,其他沙雷菌也有不同程度的耐藥情況,最少的也達(dá)到了對10種抗生素完全耐藥。將完全耐藥的3株沙雷菌進(jìn)行核酸提取并構(gòu)建了基因利用NGS測序,測序后經(jīng)系統(tǒng)拼接得到3株液化沙雷菌的全基因組序列,分別將序列與耐...
【文章來源】:延邊大學(xué)吉林省 211工程院校
【文章頁數(shù)】:50 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
圖1血瓊脂平板?
圖1血瓊脂平板?圖2革蘭氏染色圖(10x100)??Fig.?1?Blood?agar?plate?Fig.2?Gram's?staining?(10x100)??.1.2生化鑒定??300份乳樣通過血瓊脂培養(yǎng)后分離獲得144株革蘭氏陰性菌,144株革蘭陰性菌再經(jīng)生化鑒定確定其中大腸桿菌60株,克雷伯菌40株,陰溝腸桿菌,沙雷菌18株,柯氏枸櫞酸桿菌3株,產(chǎn)氣腸桿菌2株,河生腸桿菌2株,??他菌屬13株(見表9)。??
DNA?37.638?0.735?0.457?1.647?1.781?50.0DNA?50.170?1.003?0.605?1.659?1.484?50.0〇NA?33.165?0.663?0.422?1.571?1.193?50.0制備結(jié)果??管電泳結(jié)果??倍稀釋的DNA樣品和未經(jīng)稀釋的DNA樣品進(jìn)行毛細(xì)管電未經(jīng)稀釋的DNA樣品因濃度較大,無法直接觀察到具體的無法測得濃度結(jié)果。5倍稀釋過的DNA樣品得到了理想的,有相對集中的DNA片段存在,泳道3在341?bp處有最高369.91?ng/pL,泳道4在314?bp和333?bp處有最高濃度,濃L和24.39?ng/隊(duì)。泳道6在242?bp-317?bp區(qū)域有分散的D在86.74?ng/pL。泳道7在290?bp和306?bp處有最高濃度,?32.53?ng/^L。泳道?9?在?322?bp?處有最高濃度,為?216.74?ng9?bp處有最高濃度,為22.85?ng/叫。??ncc????mmm??.二?“??
本文編號:3221661
【文章來源】:延邊大學(xué)吉林省 211工程院校
【文章頁數(shù)】:50 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
圖1血瓊脂平板?
圖1血瓊脂平板?圖2革蘭氏染色圖(10x100)??Fig.?1?Blood?agar?plate?Fig.2?Gram's?staining?(10x100)??.1.2生化鑒定??300份乳樣通過血瓊脂培養(yǎng)后分離獲得144株革蘭氏陰性菌,144株革蘭陰性菌再經(jīng)生化鑒定確定其中大腸桿菌60株,克雷伯菌40株,陰溝腸桿菌,沙雷菌18株,柯氏枸櫞酸桿菌3株,產(chǎn)氣腸桿菌2株,河生腸桿菌2株,??他菌屬13株(見表9)。??
DNA?37.638?0.735?0.457?1.647?1.781?50.0DNA?50.170?1.003?0.605?1.659?1.484?50.0〇NA?33.165?0.663?0.422?1.571?1.193?50.0制備結(jié)果??管電泳結(jié)果??倍稀釋的DNA樣品和未經(jīng)稀釋的DNA樣品進(jìn)行毛細(xì)管電未經(jīng)稀釋的DNA樣品因濃度較大,無法直接觀察到具體的無法測得濃度結(jié)果。5倍稀釋過的DNA樣品得到了理想的,有相對集中的DNA片段存在,泳道3在341?bp處有最高369.91?ng/pL,泳道4在314?bp和333?bp處有最高濃度,濃L和24.39?ng/隊(duì)。泳道6在242?bp-317?bp區(qū)域有分散的D在86.74?ng/pL。泳道7在290?bp和306?bp處有最高濃度,?32.53?ng/^L。泳道?9?在?322?bp?處有最高濃度,為?216.74?ng9?bp處有最高濃度,為22.85?ng/叫。??ncc????mmm??.二?“??
本文編號:3221661
本文鏈接:http://sikaile.net/yixuelunwen/dongwuyixue/3221661.html
最近更新
教材專著