在反芻動(dòng)物瘤胃中,細(xì)菌脲酶水解尿素生成氨的速率過快,無法與揮發(fā)性脂肪酸（碳架）的生成速度匹配,導(dǎo)致氨在瘤胃中不能及時(shí)被微生物利用而吸收入血,降低了反芻動(dòng)物對(duì)尿素氮的利用率,嚴(yán)重時(shí)造成動(dòng)物氨中毒,同時(shí)污染環(huán)境。因此,降低瘤胃細(xì)菌脲酶活性在反芻動(dòng)物營養(yǎng)領(lǐng)域具有研究意義。本文利用同源建模獲得高豐度瘤胃細(xì)菌脲酶的三維結(jié)構(gòu),通過基于分子對(duì)接的虛擬篩選技術(shù),篩選化合物庫并評(píng)價(jià)其抑制脲酶活性效果。利用酶動(dòng)力學(xué)、瘤胃微生物厭氧培養(yǎng)及Caco-2細(xì)胞培養(yǎng)評(píng)價(jià)化合物的抑制類型、對(duì)微生物氮代謝的影響、穩(wěn)定性及細(xì)胞毒性。通過分子對(duì)接研究化合物與脲酶的作用模式,通過化合物-靶標(biāo)蛋白間的藥效團(tuán)模型解析化合物的有效化學(xué)基團(tuán)。為獲得瘤胃高豐度脲酶蛋白結(jié)構(gòu)及其抑制劑,以實(shí)驗(yàn)室前期獲得的瘤胃高豐度脲酶基因?yàn)榘袠?biāo)序列,以產(chǎn)氣克雷伯氏菌脲酶蛋白為模板,利用SWISS-MODEL server對(duì)瘤胃高豐度脲酶蛋白進(jìn)行同源建模,利用SAVES 5.0對(duì)瘤胃脲酶蛋白結(jié)構(gòu)進(jìn)行合理性評(píng)價(jià)。結(jié)果表明,靶標(biāo)序列與產(chǎn)氣克雷伯氏菌脲酶蛋白（PDB＿ID 4EP8）的氨基酸序列相似度為69.56%。以該蛋白為模板,生成瘤胃脲酶蛋白結(jié)構(gòu)模型的GM... 

【文章來源】：中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京市

【文章頁數(shù)】：77 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

基于類黃酮結(jié)構(gòu)的理想型氧肟酸d

活性脲酶（左圖）、磷酰胺類化合物（Fig.1-2Schematicstructuresoftheactivesiteofnativ

中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院碩士學(xué)位論文第二章瘤胃脲酶蛋白三維結(jié)構(gòu)的建模與虛擬篩選20表2-1（續(xù)）PDB編號(hào)PDB_ID脲酶來源Ureasesources分辨率（）Resolution（）結(jié)構(gòu)位置Structurelocation相似度（%）Identity（%）1A5M產(chǎn)氣克雷伯氏菌2C鏈69.261A5L產(chǎn)氣克雷伯氏菌2.2C鏈69.261EJT產(chǎn)氣克雷伯氏菌2C鏈69.141EJV產(chǎn)氣克雷伯氏菌2.4C鏈69.141EJU產(chǎn)氣克雷伯氏菌2C鏈69.141EJR產(chǎn)氣克雷伯氏菌2C鏈69.141EJS產(chǎn)氣克雷伯氏菌2C鏈69.144GY7刀豆脲酶1.492A鏈65.784H9M刀豆脲酶1.52A鏈65.781E9Z幽門螺旋桿菌3β亞基64.851E9Y幽門螺旋桿菌3β亞基64.67圖2-1產(chǎn)氣克雷伯氏菌脲酶蛋白結(jié)構(gòu)1EJX（左圖）和4EP8（右圖）Fig.2-1Klebsiellaaerogenesureaseproteinstructure1EJX(left)and4EP8(right)圖2-2瘤胃脲酶蛋白靶標(biāo)氨基酸序列與產(chǎn)氣克雷伯氏菌脲酶蛋白4EP8的序列比對(duì)圖Fig.2-2SequencealignmentoftargetedrumenureaseaminoacidsequenceandKlebsiellaaerogenesureaseprotein4EP8

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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本文編號(hào)：3208802