Y染色體雄性特異區(qū)基因在性別決定和雄性繁殖力方面具有重要的作用。先前的研究表明ZNF280AY、ZNF280BY和PRAMEY基因是�？苿�(dòng)物特有的Y染色體多拷貝基因,在睪丸中高表達(dá)或特異性表達(dá),其拷貝數(shù)變異與公牛繁殖性狀顯著相關(guān)。由于綿羊Y染色體測(cè)序沒(méi)有完成,故尚未有研究對(duì)綿羊Y染色體多拷貝基因進(jìn)行報(bào)道。本研究基于牛ZNF280AY、ZNF280BY和PRAMEY基因的序列以及本課題組前期綿羊睪丸組織RNA-Seq數(shù)據(jù)設(shè)計(jì)雄性特異性引物,采用cDNA末端快速擴(kuò)增技術(shù)（Rapid amplification of cDNA ends,RACE）和實(shí)時(shí)定量PCR（quantitative PCR,qPCR）技術(shù)獲得綿羊ZNF280BY和PRAMEY基因cDNA全長(zhǎng)以及它們?cè)诓煌M織和睪丸不同發(fā)育階段的表達(dá)特征,并利用相關(guān)軟件對(duì)序列進(jìn)行生物信息學(xué)分析,預(yù)測(cè)基因結(jié)構(gòu)和功能;同時(shí)利用qPCR技術(shù)檢測(cè)ZNF280AY、ZNF280BY和PRAMEY基因在8個(gè)品種723只綿羊中的拷貝數(shù)變異（Copy number variation,CNV）,并分析CNV與湖羊睪丸大小相關(guān)指標(biāo)的相關(guān)性。主要研究結(jié)果... 

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【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
中文摘要
Abstract
縮略表
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1.1 Y染色體的特征
    1.2 Y染色體的生物學(xué)功能
    1.3 �？苿�(dòng)物特有Y染色體多拷貝基因的研究進(jìn)展
        1.3.1 ZNF280AY基因的研究進(jìn)展
        1.3.2 ZNF280BY基因的研究進(jìn)展
        1.3.3 PRAMEY基因的研究進(jìn)展
    1.4 拷貝數(shù)變異的研究概述
        1.4.1 CNV的形成機(jī)制和作用機(jī)理
        1.4.2 拷貝數(shù)變異的檢測(cè)技術(shù)
        1.4.3 拷貝數(shù)變異的研究進(jìn)展
    1.5 RACE技術(shù)概述
        1.5.1 RACE技術(shù)的原理
        1.5.2 RACE技術(shù)的特點(diǎn)
        1.5.3 RACE技術(shù)的應(yīng)用前景
    1.6 生物信息學(xué)概述
        1.6.1 生物信息學(xué)的發(fā)展歷程
        1.6.2 生物信息學(xué)的應(yīng)用前景
    1.7 本研究的目的和意義
    1.8 研究?jī)?nèi)容與技術(shù)路線
        1.8.1 主要研究?jī)?nèi)容
        1.8.2 技術(shù)路線
第二章 綿羊ZNF280BY和 PRAMEY基因cDNA的克隆及生物信息學(xué)分析
    2.1 引言
    2.2 試驗(yàn)材料、試劑及儀器
        2.2.1 試驗(yàn)材料
        2.2.2 試驗(yàn)試劑和儀器
    2.3 試驗(yàn)方法
        2.3.1 湖羊睪丸和卵巢組織DNA和 RNA的提取與檢測(cè)
        2.3.2 綿羊ZNF280BY和 PRAMEY基因中間片段的擴(kuò)增
        2.3.3 PCR產(chǎn)物TA克隆測(cè)序
        2.3.4 綿羊ZNF280BY和 PRAMEY基因5'/3'RACE
        2.3.5 RACE產(chǎn)物TA克隆測(cè)序
        2.3.6 ZNF280BY和 PRAMEY基因的生物信息學(xué)分析
    2.4 結(jié)果與分析
        2.4.1 組織DNA和 RNA的檢測(cè)
        2.4.2 綿羊ZNF280BY基因c DNA全長(zhǎng)擴(kuò)增及序列分析
        2.4.3 綿羊PRAMEY基因c DNA全長(zhǎng)擴(kuò)增及序列分析
    2.5 討論
    2.6 小結(jié)
第三章 綿羊3個(gè)�？苿�(dòng)物特有Y染色體多拷貝基因的表達(dá)特征分析
    3.1 引言
    3.2 材料與方法
        3.2.1 試驗(yàn)動(dòng)物
        3.2.2 試劑與儀器
    3.3 試驗(yàn)方法
        3.3.1 DNA和 RNA提取與檢測(cè)
        3.3.2 cDNA的合成
        3.3.3 引物設(shè)計(jì)
        3.3.4 半定量PCR鑒定基因組織表達(dá)譜
        3.3.5 Quantitative PCR
        3.3.6 數(shù)據(jù)分析
    3.4 結(jié)果與分析
        3.4.1 半定量PCR鑒定基因組織表達(dá)譜
        3.4.2 ZNF280BY基因表達(dá)特征分析
        3.4.3 PRAMEY基因表達(dá)特征分析
    3.5 討論
    3.6 小結(jié)
第四章 綿羊Y染色體3個(gè)多拷貝基因CNV與公羊睪丸大小相關(guān)指標(biāo)的關(guān)聯(lián)研究
    4.1 引言
    4.2 材料與方法
        4.2.1 樣品采集及繁殖性狀數(shù)據(jù)收集
        4.2.2 DNA和 RNA的提取及c DNA合成
        4.2.3 引物設(shè)計(jì)與合成
        4.2.4 實(shí)時(shí)熒光定量PCR(qPCR)
        4.2.5 拷貝數(shù)檢測(cè)與計(jì)算
        4.2.6 mRNA表達(dá)量檢測(cè)與計(jì)算
        4.2.7 數(shù)據(jù)分析
    4.3 結(jié)果與分析
        4.3.1 引物雄性特異性檢驗(yàn)
        4.3.2 標(biāo)準(zhǔn)曲線與引物效率
        4.3.3 綿羊ZNF280AY、ZNF280BY和 PRAMEY拷貝數(shù)評(píng)定
        4.3.4 ZNF280AY、ZNF280BY和 PRAMEY基因拷貝數(shù)變異的關(guān)系
        4.3.5 ZNF280AY、ZNF280BY和 PRAMEY基因拷貝數(shù)變異與湖羊睪丸大小相關(guān)指標(biāo)的關(guān)聯(lián)分析
        4.3.6 ZNF280BY和 PRAMEY基因mRNA表達(dá)量與拷貝數(shù)及睪丸大小性狀的相關(guān)性分析
    4.4 討論
    4.5 小結(jié)
第五章 結(jié)論與展望
    5.1 結(jié)論
    5.2 展望
參考文獻(xiàn)
附錄
    附錄1 組織樣品總RNA的提取
    附錄2 PCR產(chǎn)物回收純化
    附錄3 連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)化
    附錄4 綿羊ZNF280BY基因c DNA序列
    附錄5 綿羊ZNF280BY基因CDS序列
    附錄6 綿羊PRAMEY基因c DNA序列
    附錄7 綿羊PRAMEY基因CDS序列
在學(xué)期間的研究成果
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]KRTCAP3基因多態(tài)性與細(xì)毛羊產(chǎn)毛及生長(zhǎng)性狀的相關(guān)性分析[J]. 王麗,胡瑞雪,李發(fā)弟,樂(lè)祥鵬.  農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào). 2020(01)
[2]畜禽拷貝數(shù)變異研究進(jìn)展[J]. 金美林,盧曾奎,李青,費(fèi)曉娟,儲(chǔ)明星,魏彩虹.  農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào). 2019(10)
[3]生物信息學(xué)在動(dòng)物遺傳育種中的應(yīng)用[J]. 王嘯林.  廣東蠶業(yè). 2019(07)
[4]蛋白質(zhì)的糖基化作用及其在生物制藥中的應(yīng)用[J]. 周芳,秦麗靜.  臨床醫(yī)藥文獻(xiàn)電子雜志. 2018(48)
[5]基因拷貝數(shù)變異與人類(lèi)疾病[J]. 胡力文,楊康.  生命科學(xué). 2017(04)
[6]cDNA末端快速擴(kuò)增技術(shù)及其方法的改進(jìn)[J]. 賀斌,黃興奇,余騰瓊,鐘巧芳,王玲仙,張秀,程在全.  浙江農(nóng)業(yè)科學(xué). 2012(09)
[7]動(dòng)物遺傳育種方法研究進(jìn)展[J]. 屈小平,寧美艷,武琳,段茂林.  家畜生態(tài)學(xué)報(bào). 2012(01)
[8]生物信息學(xué)在醫(yī)藥學(xué)領(lǐng)域中的應(yīng)用[J]. 孫紅,殷作群,孫妍,丁瑜.  醫(yī)學(xué)信息(上旬刊). 2011(09)
[9]生物信息學(xué)技術(shù)研究[J]. 馮思玲.  信息技術(shù). 2009(05)
[10]應(yīng)用生物信息學(xué)方法篩選幽門(mén)螺桿菌疫苗候選抗原[J]. 王濤,陶好霞,王令春,袁盛凌,展德文,王芃,王艷春,張微,姜娜,張兆山,劉純杰.  生物技術(shù)通訊. 2009(02)

博士論文
[1]整合RNA-seq和全基因組測(cè)序數(shù)據(jù)解析控制湖羊睪丸發(fā)育的基因和調(diào)控網(wǎng)絡(luò)[D]. 孫武.蘭州大學(xué) 2019
[2]雞喙畸形性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析及拷貝數(shù)變異研究[D]. 白皓.中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2017
[3]奶山羊擴(kuò)繁技術(shù)、XY精子分選及Y染色體ZNF280BY基因拷貝數(shù)變異研究[D]. 王維.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2015
[4]Y染色體遺傳變異及其與公牛繁殖性能的關(guān)系研究[D]. 樂(lè)祥鵬.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2014

碩士論文
[1]普通牛、牦牛和犏牛Y染色體基因表達(dá)模式及全基因組DNA甲基化差異分析[D]. 吳雨徽.西南大學(xué) 2019
[2]Y染色體多態(tài)性與公牛父系起源及繁殖性狀的關(guān)系研究[D]. 裴生偉.蘭州大學(xué) 2019
[3]綿羊Y染色體基因的鑒定和SNPs篩選[D]. 曹學(xué)濤.蘭州大學(xué) 2019
[4]Dmrt1/7和Boule/Dazl在綿羊睪丸中的表達(dá)與定位[D]. 李討討.甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué) 2018
[5]雙峰駝CYP2J全長(zhǎng)cDNA的克隆、生物信息學(xué)分析及其原核表達(dá)[D]. 賈志鵬.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2018
[6]基于代謝組學(xué)與生物信息學(xué)技術(shù)探索中藥寒熱屬性分類(lèi)的分子機(jī)制[D]. 韓森.北京中醫(yī)藥大學(xué) 2018
[7]湖羊多胎性狀候選基因BMPR-IB多態(tài)性研究及檢測(cè)技術(shù)優(yōu)化[D]. 祝振碩.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2016
[8]鵝褪黑素受體Mel-1c基因的克隆和血清褪黑素含量的研究[D]. 盧斯.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2013
[9]曼氏無(wú)針烏賊SCD基因克隆與生物信息學(xué)分析[D]. 馬明華.浙江海洋學(xué)院 2013
[10]杜泊羊種質(zhì)特性初步研究[D]. 王建剛.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2006



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