動物體長性狀作為經(jīng)典的數(shù)量性狀,受到遺傳學(xué)家的廣泛關(guān)注,其差異是由一系列復(fù)雜而精細(xì)的生物代謝過程而產(chǎn)生的,產(chǎn)生差異的調(diào)控機(jī)制一直是國際上的研究熱點(diǎn)。體長性狀是豬最重要的經(jīng)濟(jì)性狀之一,直接影響著豬生產(chǎn)的經(jīng)濟(jì)效益。Mikawa等通過對豬的全基因組測序分析發(fā)現(xiàn)NR6A1、PLAG1和LCORL這三個基因與豬的體長性狀呈顯著相關(guān),并公布了17個候選SNPs位點(diǎn)。民豬是我國珍貴的動物種質(zhì)資源,是我國國家級保護(hù)豬種。依其體型差異分為大民、二民和荷包豬三個群體類型,大民已基本消失。目前民豬的體長形成機(jī)理尚無報道。本研究依據(jù)二民和荷包豬兩個類群的體長性狀差異,進(jìn)行了豬體長性狀形成的分子機(jī)理研究和分析。本研究利用直接測序法,以民豬的兩個群體二民和荷包豬為對象,對NR6A1、PLAG1和LCORL三個基因上的部分基因序列進(jìn)行測序,通過判讀測序峰圖,明確SNPs的發(fā)生情況及其頻率;通過Hardy-Weinbery平衡分析、單倍型推測和連鎖不平衡分析,確定三個基因影響體長性狀的主要單倍型,得到的結(jié)果和結(jié)論如下:1、共篩查到62個候選SNPs位點(diǎn),其中17個為已公布的,45個為本研究新發(fā)現(xiàn)的。在已知17個候選S... 

【文章來源】：東北農(nóng)業(yè)大學(xué)黑龍江省 211工程院校

【文章頁數(shù)】：69 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
英文摘要
1 前言
    1.1 我國民豬資源
        1.1.1 體型外貌
        1.1.2 體重體長
    1.2 豬的馴化與體長性狀的變異
        1.2.1 豬體長性狀的育種意義
        1.2.2 豬體長性狀遺傳學(xué)基礎(chǔ)的前期研究
    1.3 控制豬體長性狀的研究進(jìn)展
        1.3.1 多形性腺瘤基因 1
        1.3.2 生殖細(xì)胞核因子
        1.3.3 配體依賴的核受體輔阻遏物-like
    1.4 SNPs及其應(yīng)用
        1.4.1 SNPs的概念及特點(diǎn)
        1.4.2 SNPs的檢測方法
    1.5 連鎖不平衡分析
        1.5.1 連鎖不平衡的概念
        1.5.2 單倍型和BLOCK
        1.5.3 連鎖分析的基本原理
        1.5.4 影響連鎖不平衡的因素
    1.6 本研究的目的和意義
2 材料與方法
    2.1 實(shí)驗(yàn)材料
        2.1.1 研究對象
        2.1.2 試劑及耗材
        2.1.3 主要儀器設(shè)備
        2.1.4 緩沖液及主要溶液的配制
        2.1.5 主要分子生物學(xué)軟件
        2.1.6 相關(guān)生物信息學(xué)網(wǎng)站
    2.2 實(shí)驗(yàn)方法
        2.2.1 基因組DNA的提取
        2.2.2 質(zhì)量和濃度檢測
        2.2.3 單核苷酸多態(tài)位點(diǎn)選擇
        2.2.4 引物的設(shè)計與合成
        2.2.5 PCR擴(kuò)增
        2.2.6 PCR產(chǎn)物的純化
        2.2.7 測序
3 結(jié)果與分析
    3.1 耳組織DNA提取結(jié)果
        3.1.1 DNA基因組的紫外吸收光譜分析
        3.1.2 DNA基因組的瓊脂糖凝膠電泳分析
    3.2 PCR擴(kuò)增結(jié)果
    3.3 PLAG1基因與體長性狀的連鎖不平衡分析
        3.3.1 PLAG1基因的多態(tài)性SNPs位點(diǎn)
        3.3.2 PLAG1各位點(diǎn)基因頻率
        3.3.3 PLAG1基因的SNPs位點(diǎn)的連鎖不平衡構(gòu)建和單倍型分析
        3.3.4 PLAG1基因的候選SNP位點(diǎn)在民豬群體中的檢驗(yàn)
    3.4 NR6A1基因與體長性狀的連鎖不平衡分析
        3.4.1 NR6A1基因的多態(tài)性遺傳標(biāo)記
        3.4.2 NR6A1各位點(diǎn)基因頻率
        3.4.3 NR6A1基因的SNPs位點(diǎn)的連鎖不平衡構(gòu)建和單倍型分析
        3.4.4 NR6A1基因的候選SNP位點(diǎn)在民豬群體中的檢驗(yàn)
    3.5 LCORL基因與體長性狀的連鎖不平衡分析
        3.5.1 LCORL基因的多態(tài)性遺傳標(biāo)記
        3.5.2 LCORL各位點(diǎn)基因頻率
        3.5.3 LCORL基因的SNPs位點(diǎn)的連鎖不平衡構(gòu)建和單倍型分析
        3.5.4 LCORL基因的候選SNP位點(diǎn)在民豬群體中的檢驗(yàn)
    3.6 合并基因型分析
4 討論
    4.1 SNPs和LD block構(gòu)建及研究意義
    4.2 PLAG1的連鎖不平衡分析結(jié)果討論
    4.3 NR6A1的連鎖不平衡分析結(jié)果討論
    4.4 LCORL的連鎖不平衡分析結(jié)果討論
5 結(jié)論
致謝
參考文獻(xiàn)
攻讀碩士學(xué)位期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]雞IGFBP-3基因遺傳多態(tài)性及其對京海黃雞體重和產(chǎn)蛋量的遺傳效應(yīng)[J]. 俞亞波,王金玉,顧玉萍,顧云飛,金崇富.  揚(yáng)州大學(xué)學(xué)報(農(nóng)業(yè)與生命科學(xué)版). 2013(02)
[2]東北地區(qū)養(yǎng)豬史與民豬的發(fā)展演化分析[J]. 孫志茹,劉娣.  農(nóng)業(yè)考古. 2013(01)
[3]NR6A1過表達(dá)腺病毒載體構(gòu)建及在血管平滑肌細(xì)胞中的表達(dá)[J]. 張亞輝,錢航,張志峰,楊漢東,閔新文,郎明健,張鵬.  湖北醫(yī)藥學(xué)院學(xué)報. 2012(03)
[4]67個X-SNP位點(diǎn)的分型檢測和連鎖不平衡檢驗(yàn)[J]. 李莉,柳燕,林源,李成濤,張素華,邵偉波.  法醫(yī)學(xué)雜志. 2011(05)
[5]北京漢族人群ROR2基因SNPs等位基因及單體型頻率研究[J]. 趙凱平,袁長征,王紅.  中國優(yōu)生與遺傳雜志. 2011(06)
[6]藍(lán)塘×長白豬F2資源群1、4和8號染色體活體性狀的QTL定位[J]. 凌飛,張豪,蔡更元,陳瑤生,李加琪,王翀.  中國農(nóng)業(yè)科學(xué). 2011(08)
[7]pcDNA3.1-GCNF真核表達(dá)載體構(gòu)建及其對HeLa細(xì)胞凋亡的影響[J]. 陳芳,王菊,宋勇,周宗瑤.  石河子大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版). 2011(02)
[8]ActRⅡB基因單核苷酸多態(tài)性與小尾寒羊多脊椎變異的關(guān)聯(lián)研究[J]. 劉建明,孫少華,韓立霞,李雪梅,孫志穎.  畜牧獸醫(yī)學(xué)報. 2010(08)
[9]腮腺復(fù)發(fā)性多形性腺瘤二次復(fù)發(fā)的多因素分析[J]. 劉杰,黃建濤,姜蕾,趙云富.  中國口腔頜面外科雜志. 2010(01)
[10]家養(yǎng)動物的起源與馴化研究進(jìn)展[J]. 李晶,張亞平.  生物多樣性. 2009(04)

博士論文
[1]SNP標(biāo)記定位豬4號染色體QTLs及DECR1基因SNPs與豬經(jīng)濟(jì)性狀關(guān)聯(lián)研究[D]. 黃生強(qiáng).湖南農(nóng)業(yè)大學(xué) 2010

碩士論文
[1]IGFBP-6對豬體長性狀的遺傳效應(yīng)分析及其對細(xì)胞增殖作用的初步研究[D]. 房希碧.吉林大學(xué) 2014
[2]家兔IGFBP-5基因SNP多態(tài)性及其與生長性能的關(guān)聯(lián)分析[D]. 李月英.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012
[3]豬7號染色體上影響脊椎數(shù)變異的VRTN因果突變位點(diǎn)的篩選與驗(yàn)證[D]. 歐陽子璇.江西農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012
[4]豬7號染色體上位置候選基因PROX2在西方商業(yè)豬群中對脊椎數(shù)變異影響效應(yīng)的分析[D]. 范寅.江西農(nóng)業(yè)大學(xué) 2011
[5]河北小尾寒羊多脊柱調(diào)控基因Btg2和NR6A1的多態(tài)性分析[D]. 韓立霞.河北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2009
[6]糯稻背景下淀粉合成相關(guān)基因遺傳網(wǎng)絡(luò)初步探析及功能驗(yàn)證[D]. 房玉偉.揚(yáng)州大學(xué) 2009



本文編號：3195815