本文通過(guò)EST生物信息學(xué)的應(yīng)用，對(duì)已構(gòu)建的新吉細(xì)毛羊cDNA文庫(kù)進(jìn)行活化，期望能夠挖掘影響新吉細(xì)毛羊相關(guān)毛用性狀的基因亦或可能選出起主導(dǎo)作用的主效基因。運(yùn)用菌落PCR、菌液PCR、質(zhì)�？焖勹b定等三種方法對(duì)cDNA文庫(kù)進(jìn)行評(píng)價(jià)，通過(guò)測(cè)序，在NCBI上BLASTn搜索、比對(duì)及運(yùn)用DNAstar等軟件進(jìn)行分析。初步鑒定的結(jié)果：cDNA文庫(kù)的庫(kù)容量（滴度）為1.57×106pfu·ml-1，菌落PCR、菌液PCR陽(yáng)性克隆的小片段率在80%-90%，克隆的片段大小在0.6kb-2.0kb，cDNA在300bp-500bp，而質(zhì)�？焖勹b定的在90%，克隆的片段大小載體帶3.5kb-5.0kb。質(zhì)粒快速鑒定的效果稍好于其它兩種方法，耗時(shí)相對(duì)短，同時(shí)小片段率稍高一些；cDNA文庫(kù)保存完好，符合基因文庫(kù)的質(zhì)量要求，有足夠大的庫(kù)容量來(lái)保證篩選目的基因。通過(guò)對(duì)篩選的陽(yáng)性克隆5’端隨機(jī)測(cè)序，隨后獲得可讀序列474條，經(jīng)過(guò)相關(guān)生物信息學(xué)分析之后，發(fā)現(xiàn)其中可能含有完整基因，為進(jìn)一步發(fā)現(xiàn)毛性狀相關(guān)新基因奠定基礎(chǔ)。利用DNAstar軟件的SeqMan程序?qū)Λ@得了474條可讀EST序列首先進(jìn)行初步篩選和分析，進(jìn)行前處理... 

【文章來(lái)源】：新疆農(nóng)業(yè)大學(xué)新疆維吾爾自治區(qū)

【文章頁(yè)數(shù)】：47 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

來(lái)自NCBI網(wǎng)站上的統(tǒng)計(jì)信息[2]

2圖 1-2 來(lái)自 NCBI 網(wǎng)站上的部分統(tǒng)計(jì)信息[2]Figure 1-2 From the NCBI website statistics一個(gè) EST 是一個(gè) cDNA 克隆的一部分序列，所有的 cDNA 克隆測(cè)序，因而產(chǎn)生的 EST 數(shù)據(jù)都來(lái)源于特定的 RNA 源，常見(jiàn)的如動(dòng)物的肌肉組織或者皮膚組織等。RNA 被轉(zhuǎn)換成更穩(wěn)定的 cDNA 分子，許多 cDNA 分子組成一個(gè) cDNA 文庫(kù)。EST序列通常是隨機(jī)從 cDNA 克隆中選出，然后對(duì)一條鏈進(jìn)行快速地測(cè)序。EST 的長(zhǎng)度通常是 300~800bp。在最早的 EST 測(cè)序工作中，Adams 等共發(fā)現(xiàn)了幾百個(gè)在當(dāng)時(shí)還未知的基因[3]。EST 序列的長(zhǎng)度直接決定了 cDNA 和 mRNA 的信息含量。GenBank 所接受的EST 序列最短要在 100 bp 以上，因?yàn)橛醒芯空J(rèn)為 EST 序列的長(zhǎng)度在 150 bp 以上時(shí)信息含量最高[3]。EST 序列自身有的優(yōu)勢(shì)是由于在 GenBank 中大量的數(shù)據(jù)庫(kù)做后盾，

圖 2-2 藍(lán)白斑篩選結(jié)果注：右側(cè)為左側(cè)圖中局部放大顯示，黃色三角標(biāo)示的是白斑，藍(lán)色方框標(biāo)示的是藍(lán)斑Figure 2-2 The result of white-blue plaque selectionNote: Partial zoom in right to left, yellow triangle marked white spots, blue box marked blue spotcDNA 文庫(kù)的庫(kù)容量作為文庫(kù)質(zhì)量評(píng)定的主要參數(shù)之一，依據(jù)公式計(jì)算得 1.57×106pfu·mL-1，一般要求文庫(kù)的容量應(yīng)不小于 1.7×105pfu·mL-1，因此，從庫(kù)容量來(lái)講該文庫(kù)符合要求，還未見(jiàn)明顯退化現(xiàn)象。白斑不一定就是陽(yáng)性重組子，因?yàn)樵囼?yàn)中將生色底物 x-gal 涂于固體培養(yǎng)基表面，并不能保證每個(gè)區(qū)域都涂上 x-gal，沒(méi)有生色底物的地方不管是陽(yáng)性還是陰性菌落都不會(huì)顯藍(lán)色，所以有一小部分的白色菌落可能是假陽(yáng)性需要進(jìn)一步驗(yàn)證。2.2.1.2 三種篩選方法鑒定插入片段的大小及小片段率

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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博士論文
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[3]內(nèi)蒙古絨山羊毛囊發(fā)育、生長(zhǎng)周期及相關(guān)基因的研究[D]. 尹俊.內(nèi)蒙古大學(xué) 2004

碩士論文
[1]綠盲蝽氣味降解酶相關(guān)基因的鑒定及功能初步研究[D]. 沈忱.山西師范大學(xué) 2012
[2]遼寧新品系絨山羊角蛋白家族四個(gè)基因在皮膚中的表達(dá)及分析[D]. 邢孟欣.遼寧師范大學(xué) 2010
[3]草魚(yú)肝腎cDNA文庫(kù)構(gòu)建及部分功能基因的序列分析[D]. 王麗坤.南昌大學(xué) 2008
[4]草魚(yú)腸道組織cDNA文庫(kù)構(gòu)建及部分ESTs分析[D]. 張學(xué)俊.四川大學(xué) 2007
[5]新疆荒漠昆蟲(chóng)光滑鱉甲（Anatolica Polita borealis）cDNA文庫(kù)的構(gòu)建及相關(guān)功能基因篩選[D]. 楊長(zhǎng)庚.新疆大學(xué) 2006



本文編號(hào)：3141772