選擇信號是物種在進化過程中,經(jīng)歷長期的自然和人工選擇在基因組上所留下的印跡。通過綿羊全基因組選擇信號檢測,不僅能夠?qū)ふ沂苷蜻x擇（positive selection）相關(guān)的候選基因,還能為綿羊品種培育過程中受正向選擇的性狀所經(jīng)歷過長期的人工選育提供遺傳學(xué)證據(jù)。本研究對蘇尼特羊、德國肉用美利奴羊（德美羊）和杜泊羊三個品種,利用Illumina OvineSNP50K芯片數(shù)據(jù)進行連鎖不平衡分析和有效群體大小估計,并利用整合單倍型得分（integrated haplotype score, iHS）方法對綿羊進行全基因組選擇信號檢測。對SNP芯片數(shù)據(jù)進行質(zhì)控后,蘇尼特羊、德美羊和杜泊羊分別剩余42616、41371和40734個SNP標記用于LD分析和單倍型推斷。利用r2計算LD值,其中蘇尼特羊、德美羊和杜泊羊相鄰標記之間的平均r2值分別為0.13、0.20和0.22,并構(gòu)建了基于r2的連鎖不平衡衰減圖譜。結(jié)果表明r2隨著標記間距離的增大而減小,但也發(fā)現(xiàn)某些遠距離標記之間存在較高水平的連鎖不平衡。其中蘇尼特羊的LD下降的最快；杜泊羊的r2值要略高于德美羊,但是明顯的大于蘇尼特羊的r2值。在... 

【文章來源】：中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京市

【文章頁數(shù)】：78 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

綿羊基因組DNA瓊脂糖凝膠電泳圖（M為15000的標記）

估計標記間距離>10 Mb的連鎖不平衡系數(shù)。將10 Mb劃分為100 kb的間隔，分別計算位于這些標記間距中的所有標記間的連鎖不平衡系數(shù)的均值。綿羊全基因組范圍內(nèi)的連鎖不平衡如圖3.4所示，LD隨著標記間距離增大而減小，不同品種之間LD下降的程度不同，其中蘇尼特羊的LD下降最明顯，隨后依次是德美羊和杜泊羊；標記間距相同的情況下，不同品種的LD也有所差別，從圖中可以看出LD最高的是杜泊羊，其次是德美羊，蘇尼特羊的LD最低。I - ? SUN? GMM? DORir>CNi _do ?CNJ -d <m ?■I^,,,■■■■,J0 2000 4000 6000 8000 10000t'liiclfnj距(kb)圖3.4三個綿羊品種的連鎖不平衡衰減圖譜Fig 3.4 Decay map of linkage disequilibrium of three sheep breeds在本研究中，我們也繪制了蘇尼特羊的全基因組連鎖不平衡分布圖，具體信息見圖3.5。從圖中可以看出綿羊全基因組不同距離SNP間的連鎖不平衡變化規(guī)律。總體而言

Fig 3.4 Decay map of linkage disequilibrium of three sheep breeds在本研究中，我們也繪制了蘇尼特羊的全基因組連鎖不平衡分布圖，具體信息見圖3.5。從圖中可以看出綿羊全基因組不同距離SNP間的連鎖不平衡變化規(guī)律。總體而言，隨著標記之間物理距離的增加，LD呈遞減趨勢，并且LD的變異程度隨著標記間物理距離的增大而減小。但是距離較遠的SNP之間也存在著較強的連鎖不平衡，這說明不僅近距離的標記存在著連鎖不平衡，遠距離的某些標記也存在著強連鎖不平衡(Famir et al. 2000; Smith et al. 2006)。表3.2三個綿羊品種中不同標記距離之間的r2Table 3.2 Average at different intervals in three sheep breeds19

【參考文獻】：
期刊論文
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本文編號：3131173