發(fā)布時(shí)間：2021-04-01 04:40

　　利用病毒宏基因組學(xué)（Viral Metagenomic）方法,構(gòu)建林麝和麋鹿糞便病毒宏基因組學(xué)文庫,解析二者糞便樣本內(nèi)病毒群落,挖掘新型病毒并分析其遺傳特征。主要內(nèi)容及結(jié)論如下:1.糞便病毒群落解析:林麝糞便病毒群落主要有圓環(huán)病毒科（Circoviridae）12.6726%、微小噬菌體科（Microviridae）42.7562%、擬態(tài)病毒科（Mimiviridae）1.2180%、野田村病毒科（Nodaviridae）5.7245%、未分類的病毒（None）占比25.8715%、藻類去氧核糖核酸病毒科（Phycodnaviridae）占比2.5980%、長尾噬菌體科（Siphoviridae）2.1163%、其他病毒科（Others）7.0429%。感染脊椎動(dòng)物能力的病毒較多,其中星狀病毒科（Astroviridae）、圓環(huán)病毒科、野田村病毒科和小RNA病毒科（Picornaviridae）構(gòu)成了其主體部分,圓環(huán)病毒科占比最大。麋鹿糞便樣本中病毒群落主要包括:圓環(huán)病毒科12.5612%、微小噬菌體科36.1924%、擬態(tài)病毒科3.6175%、未分類病毒科33.7381%、藻類去氧核... 

【文章來源】：江蘇大學(xué)江蘇省

【文章頁數(shù)】：85 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

技術(shù)路線示意圖

林麝和麋鹿腸道內(nèi)病毒群落解析及遺傳特征研究122.1.12文庫測序結(jié)果分析高通量測序得到原始數(shù)據(jù)（RawData）后，利用生物信息學(xué)分析平臺(tái)分析對(duì)原始數(shù)據(jù)去除雜質(zhì)導(dǎo)出測序結(jié)果并生成網(wǎng)頁。利用序列分析軟件對(duì)發(fā)回的文庫結(jié)果結(jié)合其原始數(shù)據(jù)，進(jìn)行拼接和組裝，深入分析病毒文庫中的群落分布情況，并獲得完整的病毒株。2.2病毒宏基因組學(xué)文庫的質(zhì)量檢測和結(jié)果分析2.2.1病毒宏基因組學(xué)文庫質(zhì)量檢測1.0%瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果能夠展示文庫質(zhì)量，如圖2.1A-C所示林麝和麋鹿腸道文庫經(jīng)過篩選純化前后的電泳結(jié)果。圖2.2代表的是林麝和麋鹿腸道病毒宏基因組文庫質(zhì)量分析結(jié)果。電泳結(jié)果顯示我們構(gòu)建的林麝和麋鹿腸道文庫質(zhì)量符合測序要求的。圖2.1（A）林麝文庫篩選純化前電泳結(jié)果；（B）麋鹿文庫篩選純化前電泳結(jié)果；（C）文庫純化后電泳結(jié)果Figure2.1(A)Electrophoresisresultsofforestmuskdeerlibrarybeforepurification;(B)Electrophoresisresultsofelklibrarybeforepurification;(C)Electrophoresisresultsafterlibrarypurification

江蘇大學(xué)碩士學(xué)位論文13圖2.3病毒DNA文庫分析結(jié)果Figure2.2TheresultsofthequalityofviralDNAlibraryfrommuskdeerandelkfeces2.2.2林麝腸道病毒群落解析病毒文庫的結(jié)果是一種網(wǎng)頁形式。如圖2.3中展示的是Lin1文庫截圖，有病毒的各種分類，每種病毒的最大重疊序列（Contig）、病毒序列條數(shù)（Reads），比對(duì)后病毒的最大和最小的E-value值。圖2.3林麝文庫結(jié)果展示圖Figure2.3forestmuskdeerlibraryresultsdisplay2.2.2.1林麝腸道病毒群落組成基于林麝腸道病毒文庫分析林麝腸道病毒群落的組成情況。由圖2.4可知，林麝8個(gè)腸道樣本文庫主要的病毒群落有：星狀病毒科（Astroviridae）、桿狀病


本文編號(hào)：3112681