牛卵泡AGTR2序列結(jié)構(gòu)及表達(dá)特性分析
發(fā)布時間:2021-03-31 14:36
【目的】研究牛卵泡發(fā)育過程中關(guān)鍵調(diào)控蛋白CART的候選受體AGTR2的分子特征和立體結(jié)構(gòu),并結(jié)合AGTR2在不同生理狀態(tài)牛卵泡的表達(dá)特性分析其功能!痉椒ā客诎l(fā)情處理后,經(jīng)B超聲波連續(xù)監(jiān)測(每12h一次)采集牛雙側(cè)卵巢,分離優(yōu)勢卵泡(dominant follicles, DF)和從屬卵泡(subordinate follicles, SF);其中3頭牛DF和SF分別分離顆粒細(xì)胞(granulosa cells, GCs),抽提總RNA后,經(jīng)反轉(zhuǎn)錄、引物特異性擴(kuò)增、膠回收及測序,獲得AGTR2基因全CDS區(qū);生物信息學(xué)方法對其序列結(jié)構(gòu)、親緣關(guān)系及立體結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析;設(shè)計AGTR2和內(nèi)參基因RPLP0 qRT-PCR引物,分析AGTR2在牛DF和SF的差異表達(dá)情況;另1頭牛DF和SF經(jīng)4%多聚甲醛固定后,設(shè)定陽性、陰性對照組和試驗(yàn)組,應(yīng)用免疫組織化學(xué)技術(shù)對AGTR2進(jìn)行表達(dá)和定位分析!窘Y(jié)果】AGTR2 CDS區(qū)全長1 089 bp,編碼362個氨基酸;牛卵泡AGTR2氨基酸序列與NCBI數(shù)據(jù)庫獲得的其他24種動物對應(yīng)的氨基酸序列BLAST分析表明,該序列與印度水牛序列相似性最高(99....
【文章來源】:中國農(nóng)業(yè)科學(xué). 2020,53(07)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】:9 頁
【部分圖文】:
目的片段RT-PCR電泳圖
將牛卵泡AGTR2全CDS區(qū)序列翻譯為氨基酸序列,經(jīng)NCBI數(shù)據(jù)庫搜索獲得其他24種動物對應(yīng)的氨基酸序列,BLAST分析軟件對序列進(jìn)行比對。結(jié)果表明,該序列與印度水牛序列相似性最高(99.4%),與其他動物序列相似性為92.0%—98.9%,表明AGTR2在物種進(jìn)化過程中保守性較強(qiáng)(圖3);诓煌瑒游铮òㄅ继泐、奇蹄類、鯨魚、靈長類、食肉類和嚙齒類)AGTR2氨基酸序列聚類分析,應(yīng)用遺傳距離鄰近法系統(tǒng)發(fā)育分析(圖4)表明,牛與印度水牛(Bubalus bubalis)遺傳距離最近,與野豬(Sus scrofs)遺傳距離最遠(yuǎn)。
由PDB數(shù)據(jù)庫和CDD數(shù)據(jù)庫預(yù)測AGTR2立體結(jié)構(gòu)和功能結(jié)構(gòu)域(圖5),結(jié)果顯示:氨基酸序列45—321之間共形成7個平行排列的螺旋結(jié)構(gòu)(圖5-A),并7次橫跨胞膜;功能域分析也進(jìn)一步表明7次跨膜結(jié)構(gòu)(7tm)對AGTR2功能的決定作用,是典型的GPCRs(圖5-B)。圖4 AGTR2氨基酸序列構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹
本文編號:3111608
【文章來源】:中國農(nóng)業(yè)科學(xué). 2020,53(07)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】:9 頁
【部分圖文】:
目的片段RT-PCR電泳圖
將牛卵泡AGTR2全CDS區(qū)序列翻譯為氨基酸序列,經(jīng)NCBI數(shù)據(jù)庫搜索獲得其他24種動物對應(yīng)的氨基酸序列,BLAST分析軟件對序列進(jìn)行比對。結(jié)果表明,該序列與印度水牛序列相似性最高(99.4%),與其他動物序列相似性為92.0%—98.9%,表明AGTR2在物種進(jìn)化過程中保守性較強(qiáng)(圖3);诓煌瑒游铮òㄅ继泐、奇蹄類、鯨魚、靈長類、食肉類和嚙齒類)AGTR2氨基酸序列聚類分析,應(yīng)用遺傳距離鄰近法系統(tǒng)發(fā)育分析(圖4)表明,牛與印度水牛(Bubalus bubalis)遺傳距離最近,與野豬(Sus scrofs)遺傳距離最遠(yuǎn)。
由PDB數(shù)據(jù)庫和CDD數(shù)據(jù)庫預(yù)測AGTR2立體結(jié)構(gòu)和功能結(jié)構(gòu)域(圖5),結(jié)果顯示:氨基酸序列45—321之間共形成7個平行排列的螺旋結(jié)構(gòu)(圖5-A),并7次橫跨胞膜;功能域分析也進(jìn)一步表明7次跨膜結(jié)構(gòu)(7tm)對AGTR2功能的決定作用,是典型的GPCRs(圖5-B)。圖4 AGTR2氨基酸序列構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹
本文編號:3111608
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