家雞是生物學(xué)基礎(chǔ)研究中十分重要的模式動(dòng)物,目前其研究熱點(diǎn)主要集中于基因組遺傳變異的鑒定和影響經(jīng)濟(jì)性狀的功能基因的挖掘。而二代測(cè)序技術(shù)的飛速發(fā)展為雞的結(jié)構(gòu)和功能基因組學(xué)的研究提供了一個(gè)強(qiáng)有力的工具。本研究基于二代測(cè)序技術(shù)主要進(jìn)行了兩方面的研究。（一）全基因組重測(cè)序檢測(cè)雞基因組拷貝數(shù)變異CNVs廣泛存在于人和其他物種的基因組中,并與部分表型變異和疾病易感性有關(guān)。由于SNP和aCGH芯片的敏感性和分辨率并不高,因此本研究利用全基因組重測(cè)序方法檢測(cè)了雞全基因組范圍的CNVs。本研究以12只雞作為試驗(yàn)群體,包括1只紅色原雞,7只地方雞種和4只國(guó)外雞種。經(jīng)分析,我們共檢測(cè)到8840個(gè)CNV區(qū)域（CNVR）,覆蓋98.2Mb雞基因組序列,占其總長(zhǎng)的9.4%。CNVR長(zhǎng)度從1.1kb至268.8kb不等,平均為11.1kb。分別利用aCGH芯片和qPCR方法驗(yàn)證了測(cè)序預(yù)測(cè)的結(jié)果。在aCGH試驗(yàn)中,發(fā)現(xiàn)相關(guān)系數(shù)在0.435到0.755之間,而qPCR試驗(yàn)發(fā)現(xiàn)陽性驗(yàn)證率為91.71%,假陰性率為22.43%。本研究發(fā)現(xiàn)2216個(gè)RefSeq基因與2214個(gè)CNVRs重疊,這些基因涉及到一些重要的分子功能。... 

【文章來源】：中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)北京市 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：113 頁

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

Ilhunina側(cè)序原理流程圖

Chromosome圖1 - 4 CNV的類型Figure 1 - 4 Class of CNVs (Estivill & Armengol 2007)后代基因組CNV的形成過程中，絕大多數(shù)CNV來自于父母的遺傳，只有小部分是從頭突成的新CNV?隨著人們對(duì)CNV研究的深入，發(fā)現(xiàn)其主要由以下四種分子機(jī)制產(chǎn)生，并且絕大多數(shù)CNV的形成，如下圖1-5所示。(1)非等位基因同源重組（Non-allelic Homologous Recombination, NAHR):據(jù)研宄發(fā)現(xiàn)非因同源重組主要是由于兩個(gè)非等位配對(duì)且相似性很高的序列發(fā)生交換所導(dǎo)致的，其主要來拷貝重復(fù)序列（Low copy repeats, LCRs)和片段重復(fù)序列（Segmental duplications, SDs)y and Eichler 2006, Stankiewicz and Lupski 2002)。當(dāng)重復(fù)序列位于相同染色體上時(shí)，非同源導(dǎo)致重復(fù)片段的擴(kuò)增、缺失和倒位，而在不同染色體上時(shí)則會(huì)導(dǎo)致形成染色體易位(Lupski。這一過程中，CNV的形成會(huì)受到重復(fù)序列長(zhǎng)度，同源性，距離及方向的影響。因而很多重復(fù)序列所導(dǎo)致的CNV常常由于技術(shù)平臺(tái)的分辨率不夠而被低估。NAHR產(chǎn)生的CNVs個(gè)重要的特性，就是它們能復(fù)發(fā)并且會(huì)造成相似的斷點(diǎn)。此外有研宄發(fā)現(xiàn)NAHR與等位基重組一樣，并不是隨機(jī)分布在基因組上的，即有重組熱點(diǎn)(Myers, et al. 2008, Jeffreys, et al.,且兩者的熱點(diǎn)區(qū)域一般較為接近，表明兩者可能具有類似的形成機(jī)制。大量的NAHR事在減數(shù)分裂階段，可以形成含有CNV的配子傳遞給下一代，具有可遺傳性和相對(duì)穩(wěn)定性，

變而形成的新CNV?隨著人們對(duì)CNV研究的深入，發(fā)現(xiàn)其主要由以下四種分子機(jī)制產(chǎn)生，并且能解釋絕大多數(shù)CNV的形成，如下圖1-5所示。(1)非等位基因同源重組（Non-allelic Homologous Recombination, NAHR):據(jù)研宄發(fā)現(xiàn)非等位基因同源重組主要是由于兩個(gè)非等位配對(duì)且相似性很高的序列發(fā)生交換所導(dǎo)致的，其主要來源是低拷貝重復(fù)序列（Low copy repeats, LCRs)和片段重復(fù)序列（Segmental duplications, SDs)(Bailey and Eichler 2006, Stankiewicz and Lupski 2002)。當(dāng)重復(fù)序列位于相同染色體上時(shí)，非同源重組會(huì)導(dǎo)致重復(fù)片段的擴(kuò)增、缺失和倒位，而在不同染色體上時(shí)則會(huì)導(dǎo)致形成染色體易位(Lupski1998)。這一過程中，CNV的形成會(huì)受到重復(fù)序列長(zhǎng)度，同源性，距離及方向的影響。因而很多由于短重復(fù)序列所導(dǎo)致的CNV常常由于技術(shù)平臺(tái)的分辨率不夠而被低估。NAHR產(chǎn)生的CNVs擁有一個(gè)重要的特性，就是它們能復(fù)發(fā)并且會(huì)造成相似的斷點(diǎn)。此外有研宄發(fā)現(xiàn)NAHR與等位基因同源重組一樣，并不是隨機(jī)分布在基因組上的，即有重組熱點(diǎn)(Myers, et al. 2008, Jeffreys, et al.2005),且兩者的熱點(diǎn)區(qū)域一般較為接近


本文編號(hào)：3101297