流感病毒是一種RNA病毒,它能夠引發(fā)季節(jié)性流感甚至全球大范圍的流感,造成人類和動物的急性呼吸道感染。2009年,由新型豬源甲型H1N1病毒引發(fā)的流感疫情在全球大規(guī)模蔓延,嚴重影響了人類健康和社會經(jīng)濟的發(fā)展。因此,對甲型H1N1流感病毒感染宿主致病機制的研究具有重要的意義。甲型HIM病毒感染宿主能夠引起宿主miRNA的差異表達,本文通過對甲型H1N1病毒感染仔豬0d、4d、7d后其肺泡巨噬細胞的小RNA深度測序數(shù)據(jù)進行分析,挖掘出感染后4d與0d有70個差異表達miRNA,其中8個上調(diào),62個下調(diào)；7d與0d有16個差異表達miRNA,6個上調(diào),10個下調(diào)；7d與4d有56個差異表達miRNA,49個上調(diào),7個下調(diào)。通過整合miRNA實驗證實的靶標和預測靶標,分別得到感染H1N14d與0d、7d與Od、7d與4d的差異miRNA把標調(diào)控網(wǎng)絡,并對樣本間的差異表達miRNA靶標進行GO功能注釋和KEGG通路分析。結(jié)果表明,與0d相比,感染4d后的差異miRNA靶標功能主要集中在轉(zhuǎn)錄、信號轉(zhuǎn)導、代謝、細胞增殖、細胞凋亡、防御應答、免疫以及炎癥反應等,主要參與MAPK信號通路、黏著斑、細胞因子... 

【文章來源】：西北農(nóng)林科技大學陜西省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：69 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
本研究由
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摘要
ABSTRACT
目錄
文獻綜述
    第一章 甲型H1N1流感與miRNA研究進展
        1.1 甲型H1N1流感病毒研究進展
        1.2 miRNA研究進展
            1.2.1 miRNA的發(fā)現(xiàn)
            1.2.2 miRNA的產(chǎn)生及作用機制
            1.2.3 miRNA的功能和相關(guān)疾病研究
            1.2.4 miRNA的主要研究手段
            1.2.5 miRNA相關(guān)數(shù)據(jù)庫
        1.3 生物復雜網(wǎng)絡研究進展
            1.3.1 miRNA-mRNA靶標調(diào)控網(wǎng)絡
            1.3.2 miRNA介導的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡
            1.3.3 TF-miRNA調(diào)控網(wǎng)絡
        1.4 研究目的及意義
實驗研究
    第二章 甲型H1N1感染仔豬肺泡巨噬細胞的深度測序數(shù)據(jù)處理
        2.1 材料
        2.2 方法
            2.2.1 小RNA深度測序數(shù)據(jù)初步處理
            2.2.2 與已知miRNA的比對
            2.2.3 已知miRNA的差異分析
            2.2.4 差異表達miRNA的聚類分析
        2.3 實驗結(jié)果
            2.3.1 小RNA深度測序數(shù)據(jù)初步處理
            2.3.2 與已知miRNA的比對
            2.3.3 已知miRNA的差異分析
            2.3.4 差異表達miRNA的聚類分析
        2.4 討論
        2.5 小結(jié)
    第三章 甲型H1N1病毒感染仔豬肺泡巨噬細胞差異表達miRNA的系統(tǒng)生物學分析
        3.1 材料
        3.2 方法
            3.2.1 差異miRNA相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子
            3.2.2 差異miRNA靶標預測
            3.2.3 差異miRNA靶標的GO功能富集分析
            3.2.4 差異miRNA靶標的通路分析
            3.2.5 差異miRNA介導的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡網(wǎng)絡
            3.2.6 差異miRNA介導的蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡的拓撲屬性
        3.3 實驗結(jié)果
            3.3.1 差異miRNA相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子
            3.3.2 差異miRNA靶標預測
            3.3.3 差異miRNA靶標GO功能富集
            3.3.4 差異miRNA靶標通路富集分析
            3.3.5 差異miRNA調(diào)控的蛋白質(zhì)網(wǎng)絡
            3.3.6 差異miRNA介導的蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡的拓撲屬性分析
        3.4 討論
        3.5 小結(jié)
結(jié)論
參考文獻
致謝
作者簡介



本文編號：3094765