流感病毒是一種RNA病毒,它能夠引發(fā)季節(jié)性流感甚至全球大范圍的流感,造成人類(lèi)和動(dòng)物的急性呼吸道感染。2009年,由新型豬源甲型H1N1病毒引發(fā)的流感疫情在全球大規(guī)模蔓延,嚴(yán)重影響了人類(lèi)健康和社會(huì)經(jīng)濟(jì)的發(fā)展。因此,對(duì)甲型H1N1流感病毒感染宿主致病機(jī)制的研究具有重要的意義。甲型HIM病毒感染宿主能夠引起宿主miRNA的差異表達(dá),本文通過(guò)對(duì)甲型H1N1病毒感染仔豬0d、4d、7d后其肺泡巨噬細(xì)胞的小RNA深度測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,挖掘出感染后4d與0d有70個(gè)差異表達(dá)miRNA,其中8個(gè)上調(diào),62個(gè)下調(diào)；7d與0d有16個(gè)差異表達(dá)miRNA,6個(gè)上調(diào),10個(gè)下調(diào)；7d與4d有56個(gè)差異表達(dá)miRNA,49個(gè)上調(diào),7個(gè)下調(diào)。通過(guò)整合miRNA實(shí)驗(yàn)證實(shí)的靶標(biāo)和預(yù)測(cè)靶標(biāo),分別得到感染H1N14d與0d、7d與Od、7d與4d的差異miRNA把標(biāo)調(diào)控網(wǎng)絡(luò),并對(duì)樣本間的差異表達(dá)miRNA靶標(biāo)進(jìn)行GO功能注釋和KEGG通路分析。結(jié)果表明,與0d相比,感染4d后的差異miRNA靶標(biāo)功能主要集中在轉(zhuǎn)錄、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、代謝、細(xì)胞增殖、細(xì)胞凋亡、防御應(yīng)答、免疫以及炎癥反應(yīng)等,主要參與MAPK信號(hào)通路、黏著斑、細(xì)胞因子... 

【文章來(lái)源】：西北農(nóng)林科技大學(xué)陜西省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：69 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
本研究由
提供資助
摘要
ABSTRACT
目錄
文獻(xiàn)綜述
    第一章 甲型H1N1流感與miRNA研究進(jìn)展
        1.1 甲型H1N1流感病毒研究進(jìn)展
        1.2 miRNA研究進(jìn)展
            1.2.1 miRNA的發(fā)現(xiàn)
            1.2.2 miRNA的產(chǎn)生及作用機(jī)制
            1.2.3 miRNA的功能和相關(guān)疾病研究
            1.2.4 miRNA的主要研究手段
            1.2.5 miRNA相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)
        1.3 生物復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)研究進(jìn)展
            1.3.1 miRNA-mRNA靶標(biāo)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
            1.3.2 miRNA介導(dǎo)的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)
            1.3.3 TF-miRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
        1.4 研究目的及意義
實(shí)驗(yàn)研究
    第二章 甲型H1N1感染仔豬肺泡巨噬細(xì)胞的深度測(cè)序數(shù)據(jù)處理
        2.1 材料
        2.2 方法
            2.2.1 小RNA深度測(cè)序數(shù)據(jù)初步處理
            2.2.2 與已知miRNA的比對(duì)
            2.2.3 已知miRNA的差異分析
            2.2.4 差異表達(dá)miRNA的聚類(lèi)分析
        2.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
            2.3.1 小RNA深度測(cè)序數(shù)據(jù)初步處理
            2.3.2 與已知miRNA的比對(duì)
            2.3.3 已知miRNA的差異分析
            2.3.4 差異表達(dá)miRNA的聚類(lèi)分析
        2.4 討論
        2.5 小結(jié)
    第三章 甲型H1N1病毒感染仔豬肺泡巨噬細(xì)胞差異表達(dá)miRNA的系統(tǒng)生物學(xué)分析
        3.1 材料
        3.2 方法
            3.2.1 差異miRNA相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子
            3.2.2 差異miRNA靶標(biāo)預(yù)測(cè)
            3.2.3 差異miRNA靶標(biāo)的GO功能富集分析
            3.2.4 差異miRNA靶標(biāo)的通路分析
            3.2.5 差異miRNA介導(dǎo)的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)網(wǎng)絡(luò)
            3.2.6 差異miRNA介導(dǎo)的蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)的拓?fù)鋵傩?br>        3.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
            3.3.1 差異miRNA相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子
            3.3.2 差異miRNA靶標(biāo)預(yù)測(cè)
            3.3.3 差異miRNA靶標(biāo)GO功能富集
            3.3.4 差異miRNA靶標(biāo)通路富集分析
            3.3.5 差異miRNA調(diào)控的蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)
            3.3.6 差異miRNA介導(dǎo)的蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)的拓?fù)鋵傩苑治?br>        3.4 討論
        3.5 小結(jié)
結(jié)論
參考文獻(xiàn)
致謝
作者簡(jiǎn)介



本文編號(hào)：3094765