不同纖維源日糧下東北梅花鹿瘤胃微生物功能基因的宏基因組分析
發(fā)布時(shí)間:2021-03-10 22:30
為了研究不同粗纖維源日糧對梅花鹿瘤胃微生物區(qū)系的影響,選擇10頭健康公鹿分成JG、ZS 2組,每組5頭,分別以玉米秸葉和柞樹葉作為粗纖維源,試驗(yàn)時(shí)期為2個(gè)月,提取梅花鹿瘤胃液中微生物總基因,構(gòu)建文庫并測序及基因功能注釋分析。結(jié)果表明:JG和ZS 2組樣本的總堿基數(shù)量和總序列數(shù)量分別為11150909160和12540742633、75018396和84518090。在JG和ZS 2組樣品中約1/2以上的纖維素糖苷水解酶(glycoside hydrolases,GHs)來自于瘤胃球菌屬(Ruminococcus)(JG和ZS 2組樣品分別為52.79%和51.07%)和纖維桿菌屬(Fibrobacter)(JG和ZS 2組樣品分別為14.22%和15.49%)。而很大一部分半纖維素酶由Ruminococcus(分別為39.20和37.55%)、普雷沃菌屬(Prevotella)(分別為22.68%和20.66%)、Fibrobacter(8.86%,9.48%)、梭狀芽孢桿菌屬(Clostridium)(2.27%,1.94%)分泌。此外,共有24個(gè)GHs家族參與植物細(xì)胞壁多糖的降解,...
【文章來源】:中國獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2020,40(07)北大核心
【文章頁數(shù)】:6 頁
【部分圖文】:
2組梅花鹿瘤胃液樣品的eggNOG功能分類分布圖
基因KEGG 生物通路數(shù)據(jù)庫注釋分析結(jié)果見圖1。從圖1可以看出,不同的代謝途徑在JG和ZS 2組差異很大,但2種樣品代謝途徑的模式總體上相似。其中新陳代謝強(qiáng)度ZS組顯優(yōu)于JG組。圖2 2組梅花鹿瘤胃液樣品的CAZy功能分類分布圖
圖1 2組梅花鹿瘤胃液樣品的KEGG pathway功能分類分布圖CAZy功能注釋分析結(jié)果結(jié)果見圖2?梢钥闯,雖然JG和ZS 2組的碳水化合物活性酶多樣性總體上相似,但各碳水化合物活性酶的豐度卻存在差異。JG和ZS 2組中GHs的含量最高,分別占總碳水化合物活性酶的49.44%,42.54%,其次為糖基轉(zhuǎn)移酶(glycosyl transferases,GTs)(23.38%,32.67%)、碳水化合物結(jié)合模塊(carbohydrate-binding modules,CBMs)(21.59%,15.78%)、碳水化合物酯酶(carbohydrate esterases,CEs)(3.4%,6.79%)和多糖裂合酶(polysaccharide lyases,PLs)(1.95%,2.13%),而輔助氧化還原酶(auxiliary activities,AAs)豐度最低,分別僅占總碳水化合物活性酶的0.24%,0.09%。
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]海子水牛瘤胃微生物的宏基因組學(xué)分析[J]. 張慧敏,夏海磊,黃強(qiáng),緒欣,毛永江,岑寧,楊章平. 動物營養(yǎng)學(xué)報(bào). 2017(11)
[2]云南大額牛瘤胃微生物多樣性分析[J]. 周熊艷,王松明,顧招兵,吳錫川,冷靜,毛華明,李清,馮勵,楊舒黎. 中國畜牧獸醫(yī). 2016(05)
[3]利用元基因組學(xué)方法從瘤胃中篩選的功能酶及酶基因研究進(jìn)展[J]. 張俊,趙圣國,王加啟,金迪,卜登攀. 生物技術(shù)通報(bào). 2015(05)
[4]牛瘤胃未培養(yǎng)細(xì)菌中一個(gè)β-葡萄糖苷酶基因umbgl3A的克隆及鑒定[J]. 趙廣存,段承杰,龐浩,封毅,許躍強(qiáng),莫新春,唐紀(jì)良,馮家勛. 西南農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2005(04)
博士論文
[1]堆肥過程N(yùn)2O減排控制與木質(zhì)纖維素降解微生物學(xué)機(jī)理研究[D]. 王成.浙江大學(xué) 2014
碩士論文
[1]不同纖維源日糧對梅花鹿瘤胃微生物和營養(yǎng)利用的影響[D]. 魏園.吉林農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[2]魯西黃牛瘤胃高效降解纖維素機(jī)制初步研究[D]. 王金蘭.山東大學(xué) 2011
本文編號:3075388
【文章來源】:中國獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2020,40(07)北大核心
【文章頁數(shù)】:6 頁
【部分圖文】:
2組梅花鹿瘤胃液樣品的eggNOG功能分類分布圖
基因KEGG 生物通路數(shù)據(jù)庫注釋分析結(jié)果見圖1。從圖1可以看出,不同的代謝途徑在JG和ZS 2組差異很大,但2種樣品代謝途徑的模式總體上相似。其中新陳代謝強(qiáng)度ZS組顯優(yōu)于JG組。圖2 2組梅花鹿瘤胃液樣品的CAZy功能分類分布圖
圖1 2組梅花鹿瘤胃液樣品的KEGG pathway功能分類分布圖CAZy功能注釋分析結(jié)果結(jié)果見圖2?梢钥闯,雖然JG和ZS 2組的碳水化合物活性酶多樣性總體上相似,但各碳水化合物活性酶的豐度卻存在差異。JG和ZS 2組中GHs的含量最高,分別占總碳水化合物活性酶的49.44%,42.54%,其次為糖基轉(zhuǎn)移酶(glycosyl transferases,GTs)(23.38%,32.67%)、碳水化合物結(jié)合模塊(carbohydrate-binding modules,CBMs)(21.59%,15.78%)、碳水化合物酯酶(carbohydrate esterases,CEs)(3.4%,6.79%)和多糖裂合酶(polysaccharide lyases,PLs)(1.95%,2.13%),而輔助氧化還原酶(auxiliary activities,AAs)豐度最低,分別僅占總碳水化合物活性酶的0.24%,0.09%。
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]海子水牛瘤胃微生物的宏基因組學(xué)分析[J]. 張慧敏,夏海磊,黃強(qiáng),緒欣,毛永江,岑寧,楊章平. 動物營養(yǎng)學(xué)報(bào). 2017(11)
[2]云南大額牛瘤胃微生物多樣性分析[J]. 周熊艷,王松明,顧招兵,吳錫川,冷靜,毛華明,李清,馮勵,楊舒黎. 中國畜牧獸醫(yī). 2016(05)
[3]利用元基因組學(xué)方法從瘤胃中篩選的功能酶及酶基因研究進(jìn)展[J]. 張俊,趙圣國,王加啟,金迪,卜登攀. 生物技術(shù)通報(bào). 2015(05)
[4]牛瘤胃未培養(yǎng)細(xì)菌中一個(gè)β-葡萄糖苷酶基因umbgl3A的克隆及鑒定[J]. 趙廣存,段承杰,龐浩,封毅,許躍強(qiáng),莫新春,唐紀(jì)良,馮家勛. 西南農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2005(04)
博士論文
[1]堆肥過程N(yùn)2O減排控制與木質(zhì)纖維素降解微生物學(xué)機(jī)理研究[D]. 王成.浙江大學(xué) 2014
碩士論文
[1]不同纖維源日糧對梅花鹿瘤胃微生物和營養(yǎng)利用的影響[D]. 魏園.吉林農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[2]魯西黃牛瘤胃高效降解纖維素機(jī)制初步研究[D]. 王金蘭.山東大學(xué) 2011
本文編號:3075388
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