流感病毒是一種RNA負(fù)鏈病毒，在世界各地引發(fā)季節(jié)性流感，嚴(yán)重時(shí)引起全球范圍內(nèi)的流感大流行。將動(dòng)態(tài)的基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)和靜態(tài)的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行整合分析的方法得到快速發(fā)展，更適合分析具體的生物醫(yī)學(xué)問(wèn)題。借助差異表達(dá)基因獲得生物標(biāo)記物方法表現(xiàn)不佳，而以差異通路作為生物標(biāo)志物的方法則能提高穩(wěn)定性和準(zhǔn)確性。借助對(duì)生物通路之間的相互作用的分析能夠從新的角度認(rèn)識(shí)疾病過(guò)程。首先，我們以GSE27131人感染H1N1的樣本為原始數(shù)據(jù)，對(duì)SAMVB、GSEA、主成分分析、Bioconductor、及基于通路相互作用網(wǎng)絡(luò)篩選差異通路的方法（PIN）的準(zhǔn)確性進(jìn)行比較。其中，SAMVB，PCA和Bioconductor三種方法以統(tǒng)計(jì)學(xué)為基礎(chǔ)，而另兩種方法融合了更多的生物學(xué)知識(shí)。通過(guò)標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)集方法進(jìn)行比較驗(yàn)證，可知PIN方法的準(zhǔn)確性最高為80.6%，而敏感性也較高，為81.3%；以交叉驗(yàn)證的方法進(jìn)行可靠性分析，獲取ROC的曲線下面積，PIN方法具有最大的ROC曲線下面積，即相比較具有最高的可靠性。隨后，我們從GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中篩選出雞感染禽流感的四組數(shù)據(jù)。分別為GSE32378，雞感染H5N1；GSE31476，雞... 

【文章來(lái)源】：西北農(nóng)林科技大學(xué)陜西省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：98 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

SAMVB的對(duì)話框Figure2-1TheSAMVBdialogbox

該項(xiàng)目主要由 Dana Farber 癌癥研究所生物統(tǒng)計(jì)組負(fù)責(zé)，始于 2001 年秋季，現(xiàn)已包含有 824 個(gè)安裝包，功能已經(jīng)包含序列分析（Sequence Analysis），RNA 序列差異表達(dá)分析（RNAseq Differential Expression），寡核苷酸陣列分析（OligonucleotideArrays），遺傳變異分析（Genetic Variants），分子注釋（Annotation），高能量數(shù)據(jù)分析（HighThroughput Assays）和通過(guò)序列匹配查找轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點(diǎn)等。在本文中，先采用 affy 包(Gautier, Cope et al. 2004)對(duì)基因表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)處理，對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行背景校正、歸一化、探針值校正等處理。用limma包(Diboun, Wernisch et al. 2006)進(jìn)行數(shù)據(jù)分析，使用線性模型來(lái)設(shè)計(jì)和評(píng)估差異表達(dá)的基因，識(shí)別差異分析。2.2.5 基于通路相互作用網(wǎng)絡(luò)篩選差異通路的方法本方法相較于生物標(biāo)記識(shí)別法（Biomarker identifier)(Baumgartner and Baumgartner2006, Lee and Lee 2013)和通過(guò)條件反應(yīng)基因活性推斷通路活性的方法(Chuang, Lee et al.2007)有更高的可靠性和準(zhǔn)確性，后期的功能分析及文獻(xiàn)也證明其識(shí)別致病途徑的生物合理性及有效性(Liu, Liu et al. 2012)。該方法分為三步：首先，基于基因表達(dá)譜、蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)和細(xì)胞通路構(gòu)建通路的相互作用網(wǎng)絡(luò)；其次，利用特征選擇識(shí)別失調(diào)的通路；第三，將失調(diào)的通路作為子網(wǎng)，篩選重要的蛋白質(zhì)。(Liu, Liu et al. 2012)

圖 2-3 文獻(xiàn)挖掘方法得到的差異基因的維恩圖2-3 The venn diagram of differentially expressed gene by literature m 結(jié)果數(shù)據(jù)集的方法來(lái)驗(yàn)證該方法的可靠性，可證當(dāng) q-value=0出的差異基因 67.5%都在標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)集中，共得到 822 個(gè)差外，其余的都起下調(diào)作用。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]Role of JNK activation in apoptosis:Adouble-edged sword[J]. Jing LIU, Anning LIN* Ben May Institute for Cancer Research, The University of Chicago, 5841 S. Maryland Avenue, MC 6027, Chicago, IL 60637, USA.  Cell Research. 2005(01)



本文編號(hào)：3039821