沙門氏菌是一類革蘭氏陰性致病菌,可以導(dǎo)致小鼠,小牛,雞和豬的系統(tǒng)性疾病,而且也可以潛伏在家禽和成年牛的體內(nèi),在人體內(nèi),會(huì)導(dǎo)致腸胃炎,包括發(fā)燒,腹瀉和腹痛。沙門氏菌的致病性主要由鞭毛,菌毛和沙門氏菌致病島基因決定。沙門氏菌Typhimurium LT2的致病島主要包括五個(gè)致病島,其中沙門氏菌感染宿主的侵染能力主要是由SPI-1來介導(dǎo)的。SPI-1編碼一個(gè)三型分泌系統(tǒng),可以形成一個(gè)將細(xì)菌效應(yīng)蛋白注射入宿主細(xì)胞質(zhì)的針狀復(fù)合體結(jié)構(gòu)。SPI-1分泌效應(yīng)蛋白可以導(dǎo)致宿主細(xì)胞內(nèi)的許多生理學(xué)改變,包括肌動(dòng)蛋白重排導(dǎo)致的吞噬細(xì)菌。沙門氏菌Typhimurium LT2的SPI-2是沙門氏菌在宿主細(xì)胞內(nèi)復(fù)制和系統(tǒng)性感染小鼠必須的。SPI-2編碼的三型分泌系統(tǒng)運(yùn)送的效應(yīng)蛋白,通過改變細(xì)胞成分,包括細(xì)胞支架結(jié)構(gòu),信號傳導(dǎo)途徑,囊泡運(yùn)輸,來促進(jìn)沙門氏菌在宿主細(xì)胞的生存和復(fù)制。在細(xì)菌中,核酸結(jié)合蛋白Fis是一個(gè)全局調(diào)控因子,可以參與到基因組結(jié)構(gòu)與基因調(diào)控等過程。Fis蛋白是同源二聚體結(jié)構(gòu),在對數(shù)期大量表達(dá),在對數(shù)早期,Fis在細(xì)胞內(nèi)拷貝數(shù)高達(dá)50000,然后逐漸減少。之前的研究認(rèn)為,Fis抑制轉(zhuǎn)錄的起始,主要是通... 

【文章來源】：南開大學(xué)天津市 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：178 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 引言
    第一節(jié) 沙門氏菌的研究現(xiàn)狀
        1.1.1 沙門氏菌的生物學(xué)特征及分類
        1.1.2 多重抗藥性沙門氏菌的威脅
        1.1.3 沙門氏菌的致病性及致病機(jī)制
        1.1.4 鈷胺素在沙門氏菌中的合成
    第二節(jié) 高通量測序與轉(zhuǎn)錄組學(xué)
        1.2.1 RNA
        1.2.2 高通量測序技術(shù)
    第三節(jié) 原核轉(zhuǎn)錄組研究現(xiàn)況
        1.3.1 轉(zhuǎn)錄組研究方法
        1.3.2 轉(zhuǎn)錄組的復(fù)雜性
        1.3.3 宏轉(zhuǎn)錄組
    第四節(jié) 核酸結(jié)合蛋白FIS的研究背景
        1.4.1 核酸結(jié)合蛋白
        1.4.2 Fis蛋白
        1.4.3 Fis影響沙門氏菌與大腸桿菌的DNA超螺旋化
        1.4.4 Fis蛋白在轉(zhuǎn)錄調(diào)控中的作用
        1.4.5 Fis蛋白在基因組上結(jié)合位點(diǎn)的研究進(jìn)展
    第五節(jié) 本課題的研究內(nèi)容及意義
第二章 材料與方法
    第一節(jié) 實(shí)驗(yàn)材料
        2.1.1 菌株與細(xì)胞株
        2.1.2 基因組與引物
        2.1.3 儀器和設(shè)備
        2.1.4 試劑及試劑盒
    第二節(jié) 實(shí)驗(yàn)方法
        2.2.1 細(xì)菌培養(yǎng)
        2.2.2 基因克隆,敲除與插入
        2.2.3 RT-PCR
        2.2.4 染色體免疫共沉淀（ChIP-Seq）樣品制備
        2.2.5 轉(zhuǎn)錄組測序樣品制備
        2.2.6 文庫構(gòu)建與測序
        2.2.7 細(xì)胞侵染實(shí)驗(yàn)
        2.2.8 膠遷移實(shí)驗(yàn)
        2.2.9 預(yù)測的sRNA 5’末端測定
        2.2.10 生物信息學(xué)分析
第三章 實(shí)驗(yàn)結(jié)果與討論
    第一節(jié) FIS在沙門氏菌中結(jié)合位點(diǎn)分析
        3.1.1 測序數(shù)據(jù)
        3.1.2 結(jié)合位點(diǎn)特征 #,92
        3.1.3 統(tǒng)計(jì)motif
        3.1.4 與大腸桿菌差異
    第二節(jié) 對數(shù)中期轉(zhuǎn)錄組測序及FIS調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析
        3.2.1 轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果
        3.2.2 Fis轉(zhuǎn)錄調(diào)控基因COG分類
        3.2.3 Fis轉(zhuǎn)錄調(diào)控基因與已報(bào)道數(shù)據(jù)比較
        3.2.4 調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析
        3.2.5 Fis蛋白調(diào)控沙門氏菌LT2毒性的機(jī)制
    第三節(jié) FIS對沙門氏菌致病島基因的調(diào)控機(jī)制
        3.3.1 Fis蛋白在沙門氏菌致病島上的結(jié)合位點(diǎn)
        3.3.2 Fis蛋白調(diào)控致病島基因的分子機(jī)制
    第四節(jié) FIS蛋白在對數(shù)早期調(diào)控基因
        3.4.1 對數(shù)早期Fis的調(diào)控基因
        3.4.2 對數(shù)早期和中期Fis調(diào)控基因的比較
        3.4.3 對數(shù)早期Fis調(diào)控基因與已報(bào)道基因的比較
    第五節(jié) 預(yù)測SRNA及驗(yàn)證
        3.5.1 預(yù)測sRNA的標(biāo)準(zhǔn)
        3.5.2 對數(shù)早期轉(zhuǎn)錄組中預(yù)測的sRNA
        3.5.3 對數(shù)中期轉(zhuǎn)錄組中預(yù)測的sRNA
        3.5.4 實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證預(yù)測的sRNA
第四章 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
致謝
個(gè)人簡歷 在學(xué)期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文與研究成果


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]減毒鼠傷寒沙門菌體內(nèi)定位分析[J]. 張輝,胡茂志,顧志強(qiáng),焦新安,耿士忠,張曉明,潘志明.  微生物學(xué)報(bào). 2008(01)

博士論文
[1]基于RNA-Seq技術(shù)的米曲霉RIB40轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究[D]. 王斌.華南理工大學(xué) 2010

碩士論文
[1]基于RNA-seq測序的梅花轉(zhuǎn)錄組分析[D]. 石文芳.北京林業(yè)大學(xué) 2012
[2]基于RNA-Seq技術(shù)的人轉(zhuǎn)錄組分析研究[D]. 陳超.中南大學(xué) 2011



本文編號：3034292