胸膜肺炎放線桿菌（Actinobacillus pleuropneumoniae,App）為革蘭陰性的小球桿菌,可引起豬傳染性胸膜肺炎,乃集約化豬場(chǎng)常見(jiàn)傳染病之一。胸膜肺炎放線桿菌App6菌株,是本實(shí)驗(yàn)室前期分離于典型性豬傳染性胸膜肺炎病例、血清型為5b型的強(qiáng)毒力菌株。經(jīng)藥敏試驗(yàn)發(fā)現(xiàn),該菌株具有多重耐藥性,包括氟苯尼考、氯霉素、四環(huán)素、阿米卡星、卡那霉素、鏈霉素、替米考星、紅霉素、克林霉素、林可霉素和磺胺甲噁唑等。為解析該強(qiáng)毒力菌株的多重耐藥性,并為后續(xù)該強(qiáng)毒力菌株的研究提供資料,對(duì)該菌株進(jìn)行了全基因組完成圖測(cè)序分析。App6基因組全長(zhǎng)2409072bp,平均GC含量為41.49%,與其他已報(bào)道的App菌株相似;共預(yù)測(cè)得到2265個(gè)可讀框、61個(gè)tRNA和19個(gè)rRNA操縱子;未發(fā)現(xiàn)質(zhì)粒DNA的存在。此外,在App6基因組中發(fā)現(xiàn)了SXT/R391類(lèi)型的整合性接合元件,命名為ICEAplChn1,該元件包含8個(gè)可變插入?yún)^(qū),包括VRII、VRIII、HS1、HS2、HS3、HS4、HS5和一個(gè)新的插入?yún)^(qū),命名為VRVI;ICEAplChn1攜帶了7個(gè)抗生素耐藥基因tet（A）、erm（42... 

【文章來(lái)源】：中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京市

【文章頁(yè)數(shù)】：114 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

胸膜肺炎放線桿菌的獲鐵系統(tǒng)(Bosse,etal.,2002)

論文 （tandem DNA repeats）與 App 血清 1 型的 4074 菌2008）對(duì)我國(guó)流行的 App 血清 3 型的 JL03 菌株進(jìn)行03 菌株無(wú) ApxI 毒素，并鑒定了 apxIVA 中的無(wú)義突力特性。英國(guó)學(xué)者 Bosse 等（2016）公布了 App 血清圖，鑒于 MIDG2331 菌株適合自然轉(zhuǎn)化(natural基因操作，使得該菌株成為研究 App 基因功能的理登錄基因組進(jìn)行 BLAST 構(gòu)建系統(tǒng)樹(shù)狀圖，見(jiàn)圖 1.2，ncbi.nlm.nih.gov/genome/genomes/163）。

已在γ-變形菌門(mén)（γ-Proteobacteria）的多種細(xì)菌中得到鑒定，包括奇異變形桿菌（Proteusmirabilis）、Providencia alcalifaciens、腐敗希瓦氏菌(Shewanella putrefaciens)等(Li et al., 2018)。目前，已構(gòu)建了 ICEs 元件的數(shù)據(jù)庫(kù)(http://db-mml.sjtu.edu.cn/ICEberg) ，其中包含了已知 ICEs 的相關(guān)詳細(xì)特征。截至 2018 年 5 月，該數(shù)據(jù)庫(kù)中收納了 89 個(gè) SXT/R391 成員，其中 66 個(gè)成員通過(guò)試驗(yàn)方法得到確定。1.2.2.2 SXT/R391 元件的結(jié)構(gòu)及轉(zhuǎn)移SXT/R391家族ICEs長(zhǎng)度可達(dá)79kb-110kb，均呈現(xiàn)出典型的“馬賽克式”結(jié)構(gòu)特征，即在保守的骨架序列中插入多種多樣的可變區(qū)序列。SXT/R391家族的保守骨架區(qū)基因/序列有大于95%的同源性，長(zhǎng)度約50kb大小，其編碼的52個(gè)保守核心基因可完全實(shí)現(xiàn)其自身的整合/剪切、接合轉(zhuǎn)移和調(diào)控的功能(Ceccarelli et al., 2008; Poulin-Laprade and Burrus, 2015; Poulin-Laprade et al., 2015;Wozniak,etal.,2009)。以上述保守區(qū)50kbDNA片段為基礎(chǔ)骨架，插入名為可變區(qū)（VRI-V）和“熱點(diǎn)（hotspots）”(HS1-5)的可變插入?yún)^(qū)，包含了細(xì)菌應(yīng)對(duì)不同環(huán)境的適應(yīng)性基因，如抗生素和重金屬離子的抗性、生物被膜的形成、細(xì)菌的運(yùn)動(dòng)能力、毒素-抗毒素系統(tǒng)（toxin-antitoxin systems）、限制修飾系統(tǒng)（restriction modification systems）以及替代代謝途徑(alternative metabolic pathways)等基因(Bordeleau etal., 2010;Rodríguez-Blanco etal., 2012;Wozniak,etal.,2009;Wozniak andWaldor,2009)。Wozniak 等（2009）比較分析了13個(gè)SXT/R391元件的結(jié)構(gòu)特點(diǎn)，并確定了SXT/R391元件的保守骨架區(qū)和可變插入?yún)^(qū)，見(jiàn)圖1.3，圖中箭頭表示基因及其轉(zhuǎn)錄方向。


本文編號(hào)：3020584