旨在對遼寧絨山羊和內(nèi)蒙古絨山羊的基因組選擇信號進(jìn)行篩選。本研究利用Illumina 50K的山羊芯片,對內(nèi)蒙古絨山羊、遼寧絨山羊和黃淮山羊進(jìn)行基因型檢測,質(zhì)控后獲得50 010個共同SNPs位點。通過群體分化系數(shù)Fst和XP-EHH,以黃淮山羊為參考群體分別對內(nèi)蒙古絨山羊和遼寧絨山羊進(jìn)行選擇信號檢測,Fst和XP-EHH值的top 5%作為閾值。結(jié)果,利用Fst在絨山羊基因組中篩選到501個候選基因,利用XP-EHH在絨山羊基因組中篩選到145個候選基因。其中有12個SNPs在絨山羊基因組中受到較強(qiáng)選擇。通過基因注釋篩選到21個候選基因,包括EXOC4、ASIC2、PCDH9、RHBDD1、IRS1和PDE10A等。這些基因主要富集在PI3K-Akt信號通路、蛋白質(zhì)消化吸收和松弛素信號通路等。研究結(jié)果發(fā)現(xiàn),絨山羊在馴化過程中其基因組很多與毛囊相關(guān)的基因受到了強(qiáng)烈的選擇。這些發(fā)現(xiàn)也有助于更好地了解絨山羊的選擇進(jìn)展,為中國絨山羊品種的種質(zhì)資源保護(hù)和利用提供重要參考。 

【文章來源】：畜牧獸醫(yī)學(xué)報. 2020,51(12)北大核心

【文章頁數(shù)】：10 頁

【部分圖文】：

3個山羊品種的主成分分析

用Genepop4.2.2軟件對質(zhì)控后的50 010個SNPs位點進(jìn)行計算,得到3個群體之間所有成對的遺傳分化指數(shù)Fst值。并繪制了絨山羊與非絨山羊兩個群體間每個位點的Fst值經(jīng)驗分布圖,見圖2所示。有很多位點位于Fst分布的尾端(Fst>0.25),表明絨山羊與非絨山羊之間存在很強(qiáng)的群體分化。在全基因組水平分別取內(nèi)蒙古絨山羊和遼寧絨山羊前5%的SNPs作為受選擇位點,分別有2 400個(Fst值>0.281 5)和2 396個(Fst值> 0.321 1)SNPs位點高于閾值線。2.2.2 XP-EHH分析

將HHG作為參考群體,兩個絨山羊品種分別作為試驗群體,對絨山羊和非絨山羊群體進(jìn)行選擇信號分析。其中內(nèi)蒙古絨山羊和遼寧絨山羊XP-EHH值的頻率分布直方圖見圖3和圖4,可以看出,絨山羊與非絨山羊群體間XP-EHH統(tǒng)計量近似服從正態(tài)分布。取前5%作為絨山羊群體中受選擇的SNPs位點,分別有2 446(XP-EHH值>1.157 6)和2 445(XP-EHH值>1.451 2)個SNPs位點高于閾值線。圖4 遼寧絨山羊與黃淮山羊的XP-EHH頻數(shù)分布

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]Effects of melatonin implantation on cashmere yield,fibre characteristics,duration of cashmere growth as well as growth and reproductive performance of Inner Mongolian cashmere goats[J]. Chunhui Duan,Jianhai Xu,Changmian Sun,Zhihai Jia,Wei Zhang.  Journal of Animal Science and Biotechnology. 2015(04)



本文編號：2993896