我國某地H5亞型禽流感分子流行病學(xué)調(diào)查及變異分析
發(fā)布時間:2021-01-19 10:21
在過去的二十年中,我國養(yǎng)禽業(yè)經(jīng)歷了快速發(fā)展的階段,規(guī);、集約化程度進一步提高。1996年,H5N1亞型高致病性禽流感病毒(High Pathogen Avian Influenza Virus, HPAIV)首次出現(xiàn)于廣東省。2003年,H5N1亞型HPAIV在亞洲再次暴發(fā),嚴(yán)重影響了養(yǎng)禽業(yè)的發(fā)展。目前,我國防治HPAIV主要通過大規(guī)模疫苗接種以及對病禽進行撲殺和隔離,該策略已經(jīng)成功地降低了我國HPAIV暴發(fā)次數(shù)。然而,H5N1亞型AIV一直存在于我國的家禽群中,并給人類健康構(gòu)成了威脅。因此,我們必須對家禽中的H5N1亞型AIV的流行和基因變異情況進行調(diào)查研究。2011年-2012年間,本試驗從我國某省的7個地區(qū)的家禽交易市場和養(yǎng)殖場采集棉拭子和組織樣品共2110份,并運用RT-PCR方法對樣品進行H5亞型AIV檢測,檢測結(jié)果表明總的陽性率為7.25%。其中,鴨的陽性率較高,約為14.83%,其次為雞(3.32%)和鴿子(2.50%),鵪鶉和鵝的臨床樣品全部為陰性。再者,我們分析了AIV感染率與季節(jié)的關(guān)系。與其他季節(jié)相比,在春季和秋季采集的樣品中AIV陽性率較高,分別為7.50%和7...
【文章來源】:華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:81 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
縮略語表(Abbreviation)
1 前言
1.1 禽流感的歷史
1.2 臨床癥狀
1.3 傳播和流行性
1.4 禽流感病毒的形態(tài)和結(jié)構(gòu)
1.5 禽流感病毒的基因組
1.6 禽流感病毒基因組的編碼產(chǎn)物
1.6.1 血凝素(Hemagglutinin,HA)
1.6.2 神經(jīng)氨酸酶(Neuraminidase,NA)
1.6.3 核蛋白(Nucleoprptein,NP)
1.6.4 基質(zhì)蛋白(Matix proteins,M)
1.6.5 非結(jié)構(gòu)蛋白(Nonstructural proteins,NS)
1.6.6 聚合酶蛋白(Polymerase,P)
1.7 禽流感病毒的抗原性變異
1.8 禽流感病毒的復(fù)制
1.9 禽流感病毒的分子診斷
1.9.1 血清學(xué)診斷檢測技術(shù)
1.9.2 反轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)技術(shù)
1.9.3 熒光RT-PCR技術(shù)
1.9.4 轉(zhuǎn)錄環(huán)介導(dǎo)等溫擴增技術(shù)(RT-LAMP)
1.9.5 核酸探針技術(shù)
1.10 禽流感病毒的防治
1.10.1 綜合防治
1.10.2 藥物治療
1.10.3 疫苗接種
1.11 研究的目的和意義
2 材料與方法
2.1 材料
2.1.1 樣品
2.1.2 主要試劑及實驗儀器
2.1.3 培養(yǎng)基與抗生素的配制
2.1.4 禽流感參考毒株
2.2 方法
2.2.1 H5亞型禽流感病毒病原檢測
2.2.2 全基因組的基因克隆
3 結(jié)果與分析
3.1 H5亞型禽流感病毒病原檢測結(jié)果
3.1.1 樣品病原檢測
3.1.2 RT-PCR的擴增
3.2 基因克隆樣品
3.2.1 病毒分離
3.2.2 克隆樣品
3.2.3 禽流感病毒擴增電泳圖
3.3 基因序列分析
3.3.1 HA基因序列分析
3.3.2 NA基因序列分析
3.3.3 NS基因序列分析
3.3.4 M基因序列分析
3.3.5 NP基因序列分析
3.3.6 PA基因序列分析
3.3.7 PB2基因序列分析
3.3.8 PB1基因序列分析
4 討論
4.1 H5亞型禽流感病毒的流行情況
4.2 H5亞型禽流感檢測
4.3 HA基因的進化分析
4.4 NA基因的進化分析
4.5 NS基因的進化分析
4.6 M、NP、PA、PB1、PB2基因的進化分析
4.7 5株H5N1亞型禽流感病毒的遺傳進化分析
5 結(jié)論
參考文獻
致謝
碩士期間發(fā)表論文情況
【參考文獻】:
期刊論文
[1]禽流感病毒及其疫苗研究進展[J]. 王雪蓮,袁萍,林淑玲. 新疆畜牧業(yè). 2012(07)
[2]基于顏色判定的環(huán)介導(dǎo)逆轉(zhuǎn)錄等溫擴增技術(shù)檢測人甲型H1N1流感病毒基因[J]. 聶凱,王大燕,秦萌,高榮保,王淼,鄒淑梅,韓峰,趙翔,李希妍,舒躍龍,馬學(xué)軍. 病毒學(xué)報. 2010(02)
[3]H5亞型禽流感病毒RT-LAMP快速檢測方法的建立[J]. 侯佳蕾,羅開健,樊惠英,焦培榮,亓文寶,曹偉勝,廖明,任濤. 中國獸醫(yī)科學(xué). 2008(12)
[4]HA基因322位和329位氨基酸對H5N1亞型禽流感病毒毒力的影響[J]. 唐應(yīng)華,吳培培,孫慶,彭大新,張文俊,李彥芳,汪文斌,龍進學(xué),張評滸,劉秀梵. 病毒學(xué)報. 2008(05)
[5]H5亞型禽流感病毒一步法RT-PCR檢測方法的建立[J]. 包紅梅,王秀榮,劉麗玲,王昱,李一經(jīng),陳化蘭. 中國生物工程雜志. 2007(05)
[6]神經(jīng)氨酸酶莖部氨基酸缺失對H5N1亞型禽流感病毒生物學(xué)特性的影響[J]. 王曲直,龍進學(xué),胡順林,吳艷濤,劉秀梵. 微生物學(xué)報. 2006(04)
[7]2006年全球禽流感流行形勢分析[J]. 高彥生,王沖. 檢驗檢疫科學(xué). 2006(02)
[8]H5N1亞型禽流感病毒NS第263277位核苷酸缺失提高病毒對雞的致病力[J]. 龍進學(xué),薛峰,彭宜,顧敏,劉秀梵. 微生物學(xué)報. 2006(02)
[9]利用反向遺傳技術(shù)研究H9N2亞型AIV傳播途徑的分子機制[J]. 石火英,劉秀梵. 微生物學(xué)報. 2006(01)
[10]禽流感病毒M2蛋白跨膜區(qū)基因的缺失[J]. 李永清,姚四新,韋莉,楊漢春. 中國獸醫(yī)雜志. 2004(05)
本文編號:2986812
【文章來源】:華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:81 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
縮略語表(Abbreviation)
1 前言
1.1 禽流感的歷史
1.2 臨床癥狀
1.3 傳播和流行性
1.4 禽流感病毒的形態(tài)和結(jié)構(gòu)
1.5 禽流感病毒的基因組
1.6 禽流感病毒基因組的編碼產(chǎn)物
1.6.1 血凝素(Hemagglutinin,HA)
1.6.2 神經(jīng)氨酸酶(Neuraminidase,NA)
1.6.3 核蛋白(Nucleoprptein,NP)
1.6.4 基質(zhì)蛋白(Matix proteins,M)
1.6.5 非結(jié)構(gòu)蛋白(Nonstructural proteins,NS)
1.6.6 聚合酶蛋白(Polymerase,P)
1.7 禽流感病毒的抗原性變異
1.8 禽流感病毒的復(fù)制
1.9 禽流感病毒的分子診斷
1.9.1 血清學(xué)診斷檢測技術(shù)
1.9.2 反轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)技術(shù)
1.9.3 熒光RT-PCR技術(shù)
1.9.4 轉(zhuǎn)錄環(huán)介導(dǎo)等溫擴增技術(shù)(RT-LAMP)
1.9.5 核酸探針技術(shù)
1.10 禽流感病毒的防治
1.10.1 綜合防治
1.10.2 藥物治療
1.10.3 疫苗接種
1.11 研究的目的和意義
2 材料與方法
2.1 材料
2.1.1 樣品
2.1.2 主要試劑及實驗儀器
2.1.3 培養(yǎng)基與抗生素的配制
2.1.4 禽流感參考毒株
2.2 方法
2.2.1 H5亞型禽流感病毒病原檢測
2.2.2 全基因組的基因克隆
3 結(jié)果與分析
3.1 H5亞型禽流感病毒病原檢測結(jié)果
3.1.1 樣品病原檢測
3.1.2 RT-PCR的擴增
3.2 基因克隆樣品
3.2.1 病毒分離
3.2.2 克隆樣品
3.2.3 禽流感病毒擴增電泳圖
3.3 基因序列分析
3.3.1 HA基因序列分析
3.3.2 NA基因序列分析
3.3.3 NS基因序列分析
3.3.4 M基因序列分析
3.3.5 NP基因序列分析
3.3.6 PA基因序列分析
3.3.7 PB2基因序列分析
3.3.8 PB1基因序列分析
4 討論
4.1 H5亞型禽流感病毒的流行情況
4.2 H5亞型禽流感檢測
4.3 HA基因的進化分析
4.4 NA基因的進化分析
4.5 NS基因的進化分析
4.6 M、NP、PA、PB1、PB2基因的進化分析
4.7 5株H5N1亞型禽流感病毒的遺傳進化分析
5 結(jié)論
參考文獻
致謝
碩士期間發(fā)表論文情況
【參考文獻】:
期刊論文
[1]禽流感病毒及其疫苗研究進展[J]. 王雪蓮,袁萍,林淑玲. 新疆畜牧業(yè). 2012(07)
[2]基于顏色判定的環(huán)介導(dǎo)逆轉(zhuǎn)錄等溫擴增技術(shù)檢測人甲型H1N1流感病毒基因[J]. 聶凱,王大燕,秦萌,高榮保,王淼,鄒淑梅,韓峰,趙翔,李希妍,舒躍龍,馬學(xué)軍. 病毒學(xué)報. 2010(02)
[3]H5亞型禽流感病毒RT-LAMP快速檢測方法的建立[J]. 侯佳蕾,羅開健,樊惠英,焦培榮,亓文寶,曹偉勝,廖明,任濤. 中國獸醫(yī)科學(xué). 2008(12)
[4]HA基因322位和329位氨基酸對H5N1亞型禽流感病毒毒力的影響[J]. 唐應(yīng)華,吳培培,孫慶,彭大新,張文俊,李彥芳,汪文斌,龍進學(xué),張評滸,劉秀梵. 病毒學(xué)報. 2008(05)
[5]H5亞型禽流感病毒一步法RT-PCR檢測方法的建立[J]. 包紅梅,王秀榮,劉麗玲,王昱,李一經(jīng),陳化蘭. 中國生物工程雜志. 2007(05)
[6]神經(jīng)氨酸酶莖部氨基酸缺失對H5N1亞型禽流感病毒生物學(xué)特性的影響[J]. 王曲直,龍進學(xué),胡順林,吳艷濤,劉秀梵. 微生物學(xué)報. 2006(04)
[7]2006年全球禽流感流行形勢分析[J]. 高彥生,王沖. 檢驗檢疫科學(xué). 2006(02)
[8]H5N1亞型禽流感病毒NS第263277位核苷酸缺失提高病毒對雞的致病力[J]. 龍進學(xué),薛峰,彭宜,顧敏,劉秀梵. 微生物學(xué)報. 2006(02)
[9]利用反向遺傳技術(shù)研究H9N2亞型AIV傳播途徑的分子機制[J]. 石火英,劉秀梵. 微生物學(xué)報. 2006(01)
[10]禽流感病毒M2蛋白跨膜區(qū)基因的缺失[J]. 李永清,姚四新,韋莉,楊漢春. 中國獸醫(yī)雜志. 2004(05)
本文編號:2986812
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