動(dòng)物的性狀受到遺傳因素和環(huán)境因素的共同影響。為了探討動(dòng)物性狀選育過(guò)程中的環(huán)境影響,本實(shí)驗(yàn)選用從美國(guó)引進(jìn)的同一批新西蘭兔,分別置于常規(guī)選育環(huán)境和SPF選育環(huán)境中連續(xù)培育十年。兩種環(huán)境下各選取6只45日齡的新西蘭兔,主要研究了腸道微生物菌群以及機(jī)體代謝等方面的差異,同時(shí)尋求兩種選育環(huán)境下的生長(zhǎng)免疫性狀、基因表達(dá)、代謝產(chǎn)物和腸道微生物構(gòu)成等存在的關(guān)聯(lián),分析探討選育環(huán)境對(duì)性狀形成的影響。本實(shí)驗(yàn)首先比較了兩種不同環(huán)境下新西蘭兔生長(zhǎng)、免疫等性狀的差異,然后進(jìn)行了微生物組,非靶向代謝組和轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的差異比較,最后,運(yùn)用熒光定量PCR的方法進(jìn)行驗(yàn)證。主要研究結(jié)果如下:（1）從屠宰指標(biāo)來(lái)看,SPF環(huán)境下的新西蘭兔胴體重等指標(biāo)高于常規(guī)環(huán)境下的新西蘭兔（21.65±1.54 g）,但是器官重量從整體來(lái)說(shuō)低于常規(guī)環(huán)境下的新西蘭兔。結(jié)合實(shí)驗(yàn)室前期對(duì)兩種不同環(huán)境下新西蘭兔血液生理生化指標(biāo)的測(cè)量,可以得出雖然SPF環(huán)境下的新西蘭兔生長(zhǎng)速度較常規(guī)環(huán)境下新西蘭兔快,但其免疫力卻低于常規(guī)環(huán)境下的新西蘭兔。（2）由16SrRNA測(cè)序結(jié)果可知,常規(guī)環(huán)境下的新西蘭兔腸道微生物多樣性顯著高于SPF環(huán)境下的新西蘭兔。分別對(duì)兩種不同... 

【文章來(lái)源】： 趙玉曉 山東農(nóng)業(yè)大學(xué)

【文章頁(yè)數(shù)】：66 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖1兩種不同環(huán)境下新西蘭兔的腸道菌群的門水平占比比較

新西蘭兔在SPF與常規(guī)選育環(huán)境下盲腸轉(zhuǎn)錄組與代謝組以及微生物菌群的比較30圖5兩種不同環(huán)境下新西蘭兔盲腸總RNA瓊脂糖凝膠電泳圖譜Fig5TotalRNAextractedfromcecumofNewZealandrabbits.由圖5可見，RNA的條帶清晰，亮度高，這說(shuō)明RNA純度高，無(wú)明顯蛋白質(zhì)等雜質(zhì)污染，可以用于后續(xù)的測(cè)序?qū)嶒?yàn)中。3.2.2.2轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)概述轉(zhuǎn)錄組測(cè)序使用BGISEQ-500平臺(tái)共測(cè)量6個(gè)樣本（常規(guī)環(huán)境下新西蘭兔3只，SPF環(huán)境下新西蘭兔3只），平均每個(gè)樣本有21.39M數(shù)據(jù)�；蚪M比對(duì)的平均比率為85.6%，基因集比對(duì)的平均比率為74%，均符合數(shù)據(jù)比率的要求，總共檢測(cè)到17793個(gè)基因。3.2.2.3兩種不同環(huán)境下新西蘭兔的差異表達(dá)基因本研究基于“數(shù)字基因表達(dá)譜的意義”，采用嚴(yán)謹(jǐn)?shù)乃惴ㄗR(shí)別兩組樣本中差異表達(dá)的基因。結(jié)果顯示共發(fā)現(xiàn)差異表達(dá)基因1678個(gè)，根據(jù)Rawreads和TMP（每百萬(wàn)cleantags中轉(zhuǎn)錄本數(shù)）的統(tǒng)計(jì)標(biāo)準(zhǔn)，與常規(guī)環(huán)境下新西蘭兔相比，SPF環(huán)境下新西蘭兔的結(jié)果中總共顯示下調(diào)基因有1292個(gè)，上調(diào)基因有386個(gè)。最后，我們通過(guò)GO分析和KEGGPathway的綜合分析篩選出了13個(gè)差異表達(dá)基因，其中包括上調(diào)基因7個(gè)，下調(diào)基因6個(gè)。3.2.2.4差異基因功能GO分析對(duì)篩選的差異基因進(jìn)行基因功能GO分析，結(jié)果顯示：在生物過(guò)程（BiologicalProcess）

山東農(nóng)業(yè)大學(xué)碩士學(xué)位論文31層面，常規(guī)環(huán)境下新西蘭兔和SPF環(huán)境下新西蘭兔的差異基因主要涉及的生理生化過(guò)程包括：免疫應(yīng)答（Immuneresponse）、腸平滑肌收縮（Intestinesmoothmusclecontraction）、防御反應(yīng)（Defenseresponse）、白細(xì)胞遷移正調(diào)控（Positiveregulationofleukocytemigration）、淋巴細(xì)胞遷移正調(diào)控（Positiveregulationoflymphocytemigration）以及刺激反應(yīng)（Responsetostimulus）等（如圖6所示）。圖6常規(guī)環(huán)境與SPF環(huán)境下新西蘭兔差異基因GO富集分析Fig6GOenrichmentanalysisofdifferentialgenesinNewZealandrabbitsoftwodifferentenvironments.3.2.2.5兩種不同環(huán)境下差異基因的KEGG通路富集分析將篩選得到的差異基因?qū)隟EGG數(shù)據(jù)庫(kù)中，結(jié)果表明富集的通路（P<0.05）包括以下幾條：信號(hào)分子和相互作用（細(xì)胞因子受體相互作用以及刺激神經(jīng)配體受體相互作用）、免疫疾病（炎癥性腸道疾并風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎和移植物抗宿主�。┎《緜魅拘约膊。ū透窝�、甲型流感和麻疹）、細(xì)菌傳染性疾�。ㄉ抽T氏菌感染、百日咳和肺結(jié)核）、免疫系統(tǒng)（胞質(zhì)DNA感應(yīng)通路、趨化因子信號(hào)通路和NOD樣受體信號(hào)通路）以及信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)（第二信使信號(hào)通路和核因子B信號(hào)通路）等（如表8所示）。

【參考文獻(xiàn)】：
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碩士論文
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