為研究RBP4基因單核苷酸多態(tài)性與貴州黑山羊產(chǎn)羔性狀之間的關(guān)系,本研究采用混合DNA池測(cè)序和直接測(cè)序法篩選SNPs位點(diǎn),進(jìn)行生物信息學(xué)和群體遺傳參數(shù)分析,并收集118頭貴州黑山羊母羊1～4胎產(chǎn)羔數(shù)據(jù),分析SNPs位點(diǎn)與產(chǎn)羔性狀之間的關(guān)聯(lián)性。結(jié)果顯示:共檢測(cè)到2個(gè)SNPs位點(diǎn),為g.4527G>T和g.4744C>T。生物信息學(xué)分析發(fā)現(xiàn)g.4744C>T位點(diǎn)變異會(huì)使mRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)最小自由能增大,結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性降低;群體遺傳參數(shù)分析發(fā)現(xiàn),g.4527G>T位點(diǎn)基因型頻率差異較大,G為優(yōu)勢(shì)等位基因;g.4744C>T位點(diǎn)C為優(yōu)勢(shì)等位基因;χ²檢驗(yàn)顯示兩位點(diǎn)均處于Hardy-Weinberg平衡�；蛐团c產(chǎn)羔數(shù)關(guān)聯(lián)性分析發(fā)現(xiàn),g.4527G>T位點(diǎn)在2、3、4胎次,野生型產(chǎn)羔數(shù)顯著高于突變型;g.4744C>T位點(diǎn)在第1胎次,突變型母羊產(chǎn)羔數(shù)顯著高于野生型。本研究揭示了RBP4基因?qū)F州黑山羊產(chǎn)羔數(shù)存在顯著影響,g.4527G>T和g.4744C>T可能是影響貴州黑山羊產(chǎn)羔性狀的重要SNPs位點(diǎn)。 

【文章來源】：中國畜牧雜志. 2020,56(10)北大核心

【文章頁數(shù)】：6 頁

【部分圖文】：

RBP4基因的PCR擴(kuò)增電泳圖

混池測(cè)序結(jié)果

圖3 單個(gè)樣本測(cè)序結(jié)果統(tǒng)計(jì)g.4527G>T和g.4744C>T位點(diǎn)各個(gè)基因型個(gè)體數(shù)量，計(jì)算基因型頻率、等位基因頻率、群體純合度、雜合度、多態(tài)信息含量以及HardyWeinberg平衡的卡方適合性檢驗(yàn)，結(jié)果如表2。由表2可知，g.4527G>T位點(diǎn)基因型頻率差異較大，G為優(yōu)勢(shì)等位基因，等位基因頻率為0.885 2，等位基因分布不均勻；雜合度低，表明群體內(nèi)變異程度小；多態(tài)信息含量小于0.25，為低度多態(tài)，能提供的遺傳信息較少；χ2檢驗(yàn)顯示該位點(diǎn)處于Hardy-Weinberg平衡。g.4744C>T位點(diǎn)C為優(yōu)勢(shì)等位基因，等位基因頻率為0.696 7，等位基因分布不均勻；雜合度較高，多態(tài)信息含量為中度多態(tài)，表明該位點(diǎn)可以提供一定的遺傳信息；χ2檢驗(yàn)顯示該位點(diǎn)處于Hardy-Weinberg平衡。

【參考文獻(xiàn)】：
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本文編號(hào)：2980752